Tom Roud

Je déménage !

2007-08-25T21:08:00.000-04:00

Après deux ans de bons et loyaux services, je quitte l'hébergement blogger.
Désormais, ce blog se poursuivra sur, roulement de tambour....

tomroud.com!

(facile à retenir, n'est-ce pas ?)

Il y aura désormais deux colonnes de billets, une colonne spécifiquement scientifique et une colonne plus légère ou plus personnelle.
Le flux RSS de la colonne scientifique sera :
http://tomroud.com/category/sciences/feed

Le flux RSS général du blog étant :

http://tomroud.com/feed

Le nouveau blog sent encore la peinture fraîche, je n'ai pas fini de tout traduire et il y a sûrement quelques bugs, n'hésitez pas à me les signaler en m'écrivant à tom point roud arobase gmail point com ou en laissant un commentaire ici.

tomroud.blogspot.com reste évidemment en ligne; je desactiverai les commentaires une fois que l'autre blog sera rodé.

Ajout 1er Septembre : c'est la rentrée, je ferme les commentaires ici.

Lecture : L'oeuf transparent et Jacques Testart

2007-08-24T12:00:00.000-04:00

Comme vous avez pu le constater, je m'intéresse beaucoup ces derniers temps à l'éthique dans les sciences, suite notamment aux polémiques récentes sur les OGM. J'avoue être très candide dans la matière; pour parfaire mon éducation, j'ai récemment lu le livre de Jacques Testart, L'oeuf transparent, dont je vous propose aujourd'hui un petit résumé suivi de quelques réflexions.

L'oeuf transparent est un livre ancien, puisqu'il est paru pour la première fois il y a plus de 20 ans, en 1986. Jacques Testart est le "père" du premier bébé éprouvette français, et il retrace dans ce livre l'histoire de ses recherches dans le domaine de la fécondation in vitro. L'ensemble est très pédagogique, parsemé d'anecdotes parfois cocasses (sur le recueil des échantillons de gamètes masculins notamment). Pourtant, derrière la petite histoire scientifique pointe l'interrogation philosophique, motivée par la possibilité de connaître et d'éventuellement sélectionner les caractéristiques génétiques de l'enfant à naître avant l'implantation de l'embryon. Dès le préambule, Testart annonce tout de go qu'en ce qui le concerne, il préfère arrêter toute recherche dans ce sous-domaine (p33) :

Moi "chercheur en procréation assistée" j'ai décidé d'arrêter. Non pas la recherche pour mieux faire ce que nous faisons déjà, mais celle qui oeuvre à un changement radical de la personne humaine là où la médecine procéative rejoint la médecine prédictive.

La thèse du livre est qu'il y a un danger imminent car lorsqu'une innovation scientifique apparaît, elle se trouve systématiquement appliquée en dépit de ses conséquences éthiques ou morales. Testart prétend que ce qui devient possible scientifiquement finit par être accepté, avant d'être être désiré et justifié par la société. En ce sens, ce livre est une critique féroce de la société de consommation occidentale, et les termes sont parfois très violents (p112-113) :

On sait la mutation introduite par nos sociétés industrialisées par le développement technologique récent. En même temps et à cause de ce développement s'est opérée la mutation des aspirations : la revendication n'est plus de satisfaire les besoins élémentaires mais d'exaucer les désirs fantasmatiques.
(...)
Pour la première fois, l'Occident développé ne donne plus à rêver que la quantité. La quantité dans l'ordre du nécessaire et, en conséquence, l'hérésie dans l'ordre du désir.
(...)
On sait bien que d'être réputé disponible l'objet use le désir, lui échappe. Les désirs communs, j'allais dire vulgaires, cèdent à la complétude des besoins. La mise à mort des fantasmes est de mieux en mieux possible, est de plus en plus éventuelle. A l'instant commence la cannibalisme de l'humain par l'homme civilisé.

Par exemple, dans le domaine de la reproduction, je dirais que Testart craint qu'au désir (légitime) d'enfant succède le désir d'un enfant fantasmatique (blond, brun, grand, intelligent...), et la science permet de mettre à mort le fantasme en le réalisant. D'où une interrogation sur le Progrès même : un progrès scientifique qui peut nous rendre "moins" humain, est-ce encore le Progrès ?

Vient alors la morale. Testart pense que l'innovation produit en fait sa propre éthique (p157):

A chaque pas, l'innovation sécrète de la morale puisque l'empreinte qui la suit est la marque de notre acquiescement, de nos habitudes, et chacun de ces pas contient le développement du pas à venir, inexorablement.

La conclusion s'impose donc : la société doit contrôler la production des connaissances, et non pas seulement son application.

D'où l'appel final à un moratoire sur le "progrès" (p 162):

Procréations assistées, technologies industrielles ou agricoles, informatisation, procèdent d'une idéologie commune qui est la religion du progrès technique. (...) L'innovation n'a pas pour réel moteur la recherche proclamée du bien-être et c'est ce qui rend irrémédiable sa marche en avant. Comment dire "on s'arrête, on réfléchit" alors que la moindre pause nous serait comptée comme un retard technologique, peut-être irréversible, par rapport aux avancées de nos concurrents. Comme le dit Marguerite Yourcenar, "le désir de faire le monde l'emporte sur celui de s'approprier le sens". Le monde qui vient sera partagé entre les pays qui se battent pour rester en course et ceux qui sont déjà battus, réserves ethniques où soulager nos relents de romantisme.

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J'avoue avoir été surpris par l'actualité des thématiques de ce livre, écrit il y a plus de 20 ans. Si on prend le débat sur les OGM, il me semble que les réactions face au progrès sont tout à fait identiques : par exemple comme le soulignait oldcola dans un commentaire d'un billet précédent, après des avertissements solennels et une inquiétude dans les années 70, la nouvelle génération est accoutumée à l'idée de l'utilisation des OGM dans l'agriculture (le fantasme devient possible). Pourtant, s'est on posé la question de savoir si les cultures OGM sont un véritable Progrès ? Les utilisations "humanitaires" minoritaires et inefficaces ne sont-elles pas des prétextes utilisés pour justifier l'emploi des OGM dans la guerre économique, en dépit des nombreux problèmes posés par ces cultures ? Ne rejoint-on pas parfois le scientisme dénoncé par Testart ?

Le point le plus critiquable du livre à mon sens est lié à cette question rebattue : si le progrès scientifique a des effets néfastes, il a aussi incontestablement des effets bénéfiques. Testart prétend qu'il faudrait concentrer les moyens de recherche sur des aspects vraiment progessistes (par exemple au but vraiment humanitaire: guérison des maladies, éradications des famines...) mais il peut être plus ou moins difficile de distinguer à l'avance ce qui est moral ou positif. Le vrai Progrès peut aussi passer a priori par des moyens détournés. Cependant, je pense qu'il est difficile de lui donner tort dans le contexte actuel : s'il est incontestable que les applications rentables nourrissent financièrement la recherche plus "progressiste", je doute très fortement qu'une orientation de la recherche à fin essentiellement économique (modèle vers lequel on tend à l'échelle mondiale) alloue les ressources de manière optimale d'un point de vue de la recherche du Progrès. En ce sens, Testart a raison lorsqu'il dit qu'on a récemment changé d'ère; mais il devrait expliquer encore plus clairement pourquoi certaines avancées (comme l'utilisation des cultures OGM par exemple) n'est pas l'équivalent en terme de Progrès de la découverte du feu - pour reprendre un métaphore courue dans le café du commerce sur les OGM.

Pour conclure, Testart est incontestablement un scientifique compétent et engagé (si j'en crois sa notice wikipedia, il a soutenu Bové à la présidentielle). J'apprécie cet engagement car il est argumenté et justifié; on a récemment reproché à certains scientifiques (notamment des économistes) d'abandonner une "neutralité" pour exprimer des opinions. Je ne vois pas pourquoi un chercheur devrait se taire s'il estime, à la lumière de ces connaissances, qu'il y a un quelconque danger. Testart lui-même balaie ces reproches de "confusion des genres" dans ce livre dans un contexte un peu différent (p155):

D'une façon générale, on constate que, quand le chercheur prétend assumer toutes les responsabilités, en agissant selon sa propre conception de l'éthique, l'opinion s'irrite de cet abus de pouvoir, tandis que quand il se retranche derrière des instances extérieures qui décideraient du bien-fondé de ses actions, la même opinion s'irrite de cette démission de responsabilité. Pourquoi le chercheur est-il condamné soit au rôle d'apprenti sorcier, soit à celui de technicien irresponsable ?

Pour finir, Testart vient d'ouvrir un site. On y trouve notamment quelques articles récents contre les OGM : je trouve celui-ci particulièrement éclairant pour montrer les distinctions entre les différents OGM. On trouvera dans un autre article une critique plus fouillée, notamment de l'aspect réductionniste souvent avancé dont j'avais déjà un peu parlé précédemment.

Traiter le cancer ... avec les nanotechnologies !

2007-08-16T19:04:00.000-04:00

Les nanotechnologies font parfois un peu peur. Pourtant, on arrive aujourd'hui à faire de très belles choses avec des nanoparticules. Pas besoin de nanoingéniérie ou de génétique compliquée : des recherches utilisant des principes de base de physique et de chimie permettent maintenant de soigner des cancers du sein chez les souris.

L'outil de base est la nanoparticule d'or. Il s'agit ni plus ni moins de grains d'or minuscules, qu'on est aujourd'hui capable de synthétiser avec une taille relativement contrôlée. Ces petites particules ont des propriétés très intéressantes du fait de leur taille : soumises à un champ électromagnétique, elles rentrent en résonance, les électrons de conduction de la particule se mettent à osciller et à émettre de la chaleur. Ce qui est très intéressant est que cette résonance se fait à une fréquence du champ électromagnétique très spécifique; c'est ce qu'on appelle le pic plasmon. En particulier, certaines nanoparticules d'or (en fait ici des nanocoquilles) réagissent uniquement à la lumière dans le proche infrarouge, fréquence à laquelle les tissus sont transparents.

La méthode de traitement du cancer est la suivante : on injecte des nanocoquilles dans les tumeurs, puis on irradie les tumeurs avec du proche infrarouge. Les nanoparticules se mettent alors à chauffer et "cuisent "littéralement les cellules environnantes. L'image ci-contre illustre ce procédé sur des cancers du sein chez la souris. La photo de gauche représente une tumeur traitée aux nanoparticules, celle de droite une tumeur sans nanoparticule. Plus on va dans le rouge, plus les cellules chauffent. On arrose les tumeurs en infrarouge, et on voit bien que seule la tumeur traitée chauffe [1].

La technique marche effectivement in vivo : on arrive vraiment à soigner des souris de cette façon [2]. L'étape suivante est de guider les nanoparticules directement dans les tumeurs. En effet, on est pour l'instant obligé d'injecter ces particules sur place; ce serait beaucoup mieux si elles y allaient d'elles-mêmes. Là encore, il est possible de traiter les nanoparticules pour qu'elles entrent uniquement dans ces cellules cancereuses. Il semble en effet que ces cellules (tout comme les cellules embryonnaires) aient des propriétés membranaires très particulières qui peuvent être reconnues chimiquement. Si on met la bonne substance "adhésive" à la surface des nanoparticules, celles-ci sont capables de pénétrer sélectivement dans les cellules cancereuses [3]. Un coup d'infrarouge, et la cellule entre en surchauffe et est détruite !

(Merci à ma Blonde préférée pour m'avoir initié au sujet)

Références :

[1] Nanoshell-mediated near-infrared thermal therapy of tumors under magnetic resonance guidance, Hirsch et al., PNAS (2003), source de la photo.

[2] Photo-thermal tumor ablation in mice using near infrared-absorbing nanoparticles, O'Neal et al., Cancer Letters (2004)

[3] Selective Entrance of Gold Nanoparticles into Cancer Cells, Krpetic et al, Gold Bulletin (2006)

Le cerveau a-t-il un sexe ?

2007-08-13T16:10:00.000-04:00

Le problème des différences innées et des discriminations associées est un sujet extrêmement sensible de ce côté de l'Atlantique. Lawrence Summers, ancien président d'Harvard, avait créé un énorme scandale il y a deux ans en affirmant lors d'une conférence qu'en gros, les femmes sont moins douées en sciences dures que les hommes, ce qui expliquait la domination masculine sur les maths et la physique théorique. S'il y a quelques exceptions, dont la désormais célèbre professeure de physique à Harvard Lisa Randall, citée parmi les 100 personnalités qui comptent cette année par Time Magazine, force est de constater que très tôt à l'université, la présence féminine dans les amphis de physique d'une année sur l'autre semble suivre une série géométrique de raison bien inférieure à 1 (pour parler comme un matheux ;) ).

C'est de nouveau à Harvard que ce sujet délicat rebondit sur une découverte scientifique tout à fait fascinante. Catherine Dulac et ses collaborateurs ont mené une étude sur le comportement sexuel des souris, et notamment sur l'influence des phéromones. Ils ont notamment produit des lignées de souris dont l'organe voméronasal est défecteux : les souris ne sont pas capable de détecter certaines phéromones. Les souris femelles changent alors complètement de comportement et adoptent en tout point les comportements des mâles : elles essaient de "monter" d'autres souris en faisant des mouvements de bassin éloquents (pour un film très cochon de souris, suivez ce lien sur le site de nature), et entonnent les chants caractéristiques des souris mâles cherchant à s'accoupler (que vous pouvez réécouter en suivant les liens sur ce blog).
Le plus fascinant suit : les chercheurs ont alors amputé l'organe voméronasal de souris femelles normales adultes ... qui ont adopté à leur tour ce comportement typiquement mâle. Cela signifie donc que le comportement sexuel mâle est "enterré" quelque part dans le cerveau des femelles, et qu'on peut potentiellement le brancher (ou le débrancher) par des modifications simples. Comme le dit C. Dulac :

"Instead of building a male brain and then a female brain, you build a mouse brain, and then there's a sensory switch that makes sure that the animal behaves appropriately according to its gender."

"Plutôt que de construire un cerveau mâle ou un cerveau femelle, la nature construit un cerveau de souris, puis il y a un interrupteur dont le rôle est d'assurer que l'animal se comporte de façon conforme à son sexe."

Le cerveau des souris n'a donc pas de sexe; sa structure est la même pour les deux sexes et le comportement sexuel est décidé par des signaux de toute évidence annexes et périphériques. Quant à l'homme, malheureusement ou heureusement, l'organe voméronasal semble non fonctionnel et essentiellement vestigiel, donc impossible de généraliser quoi que ce soit ...

Références :

Kimchi, T. et al. Nature doi:10.1038/nature06089 (2007)

La News correspondante sur le site de Nature.

Actualités

2007-08-10T11:01:00.000-04:00

Quelques petits trucs :

Lu dans le Monde aujourd'hui , cette introduction d'un goût douteux:

'Histoire est un éternel recommencement, sous des visages changeants. L'Europe, aujourd'hui envahie par les produits manufacturés venus d'Asie, a peut-être déjà été colonisée par cette dernière, voilà plusieurs centaines de milliers d'années.

Brrr... Tous ces petits chinois à la conquête notre économie nous ont déjà colonisés, ma bonne dame !
Passée cette introduction vaseuse, l'article du Monde est intéressant et reporte le fait que selon une étude publiée dans PNAS, homo sapiens aurait des origines asiatiques. Une analyse dentaire réalisée sur de nombreux fossiles permet de distinguer deux groupes : l'un comprenant des specimens trouvés en Eurasie (homo erectus et Néandertal), l'autre, africain, des australopithèques et homo habilis. Il faut lire l'article scientifique pour savoir où se place sapiens dans tout cela : apparemment, la seule analyse morphologique ne permet pas de le placer dans l'un ou l'autre groupe et il serait à égale distance de ceux-ci; mais les traits les plus "dérivés" sont communs entre sapiens et la branche eurasiatique. Donc si on met un poids plus important sur les traits modernes, sapiens serait plus proches des hommes eurasiatiques. Autant dire qu'à mon avis le débat est loin d'être clos !

Dernière remarque pour Le Monde : quand on cite une étude scientifique, c'est utile de donner le nom des auteurs et de ne pas se gourer sur la date de publication (14 Août et non pas 6 Août), cela peut aider les gens intéressés à retrouver l'article (je viens d'y passer 10 minutes). La référence est donc :
Dental evidence on the hominin dispersals during the Pleistocene, Martinón-Torres et al., PNAS.2007; 0: 0706152104v1

Autre article passionant dans le Figaro cette fois-ci : une forêt datant du Miocène vient d'être découverte en Hongrie. Le plus étonnant est que les arbres n'ont pas été fossilisés : le bois a été conservé ! A quand un Miocène Park ?
Ce blog a deux ans aujourd'hui, ce billet est le 251 ième. 125 billets par an, cela fait environ un billet tous les trois jours. Côté fréquentation, il y a des hauts et des bas comme vous pouvez le voir ici (fréquentation sur un an):

Il y a un an, seuls mes amis et quelques visiteurs perdus venaient ici. Puis tout a changé à partir de Décembre; il y a eu un net effet c@fé des sciences. La campagne électorale a été propice aux blogs en général et au mien en particulier (120 visites par jour en moyenne, avec un pic à 400 pour le premier billet sur les sondages grâce aux éconoclastes qui m'ont linké); la série de billets sur les sondages a beaucoup plu et me vaut encore plusieurs requêtes google par jour. Depuis, c'est l'été et les vacances et on est redescendu à 50 visites par jour. Je suis globalement très content des interactions sur ce blog; merci à mes collègues du c@fé, aux commentateurs réguliers, aux scientifiques établis qui traînent sur le net et n'hésitent pas à s'engager dans des discussions scientifiques parfois musclées; en résumé, merci beaucoup à tous les lecteurs qui passent par ce blog, cela fait évidemment super plaisir de savoir qu'on est lu ... Pour le futur, le blog continue bien évidemment, pendant encore au moins un an sous cette forme; après, cela dépendra si je trouve une position académique.

Peut-on être physicien et réservé sur la culture des OGM ?

2007-08-09T14:00:00.000-04:00

Quelques réflexions sur la polémique actuelle sur les OGM (Le Doc' m'a précédé sur le sujet hier).

De proche en proche, à partir d'un fait divers récent en passant par certains blogs, j'ai relu quelques billets d'Enro, en particulier celui-ci sur la corrélation entre culture épistémique des chercheurs et position sur les OGM. En résumé, l'article de Bonneuil dont parle Enro montre que la position des chercheurs sur le sujet dépend beaucoup de leur domaine de prédilection. Si je comprends bien, les biologistes plutôt axés "biologie moléculaire", donc travaillant au quotidien avec des OGM, utilisateurs de l'ingéniérie génétique, sont plutôt pour les OGM. Les biologistes intéressés aux effets collectifs, à la génétique des populations, sont eux plutôt contre. Les agronomes sont plus mesurés, mais plutôt contre aussi.

Les raisons profondes des positions des uns et des autres peuvent peut-être se comprendre. Les biologistes moléculaires sont, il me semble, des héritiers de ce qu'on appelle le "dogme central" de la biologie. C'est ce dogme central qu'on apprend à l'école lors d'une initiation à la génétique : à savoir un gène est codé sous forme d'ADN, puis transcrit sous forme d'ARN, avant d'être traduit pour donner une protéine. L'image grossière associée est celle d'un ingénieur du vivant: un gène est allumé ou éteint, pour le réguler correctement, il suffit juste d'ajuster correctement les briques génétiques (de faire une construction propre). C'est une approche très directement réductionniste.

Les agronomes ou les généticiens des populations travaillent sur à l'autre bout de l'échelle de la vie. Ils étudient des interactions, entre environnement, populations et espèces. En particulier ils manient des grands nombres et connaissent bien les systèmes complexes en interaction (ou plus probablement sont conscients de notre mauvaise compréhension générale du sujet).

Il est assez alors assez intéressant de constater que plusieurs physiciens français de tout premier plan mondial, à l'image des biologistes moléculaires, ont signé une des pétitions plutôt pro-OGM dont parle Bonneuil: Pierre-Gilles de Gennes, George Charpak, Edouard Brézin, Alain Aspect. Je suis rétrospectivement frappé de voir comment physique et biologie moléculaire partagent des communautés d'esprit. Cette communauté est d'abord historique : c'est un ancien physicien, Francis Crick, qui a énoncé le dogme central de la biologie, et aujourd'hui même, les pionniers de la biologie synthétique sont eux-mêmes d'anciens physiciens.

Les succès de la physique ont couronné l'approche réductionniste : on arrive à prédire mathématiquement de nombreux phénomènes en posant bien le bon hamiltonien. Le "dogme central" conçoit les gènes comme des objets simples, contrôlables relativement facilement, quasiment mathématiquement. Il me semble que les arguments pour les cultures OGM, au delà des aspects économiques ou humanitaires, insistent bien souvent sur cet aspect "gène modulaire et isolé". Les interactions sont plutôt considérées comme étant de second ordre.

Dans les positionnements des uns et des autres, il y a donc peut-être un effet de la culture commune en biologie chez les scientifiques et les physiciens en particulier, encore très axée "dogme central" à mon avis. Cette culture est même passée dans le grand public, sous une forme travestie : beaucoup de gens sont persuadés de l'existence de gènes uniques, spécifiques et indépendants pour tout un tas de choses, de la couleur des yeux jusqu'à l'orientation sexuelle... Pourtant, cette culture me semble évoluer en ce moment : c'est une tarte à la crème de dire qu'aujourd'hui, quel que soit le domaine, on pense que les interactions comptent peut-être plus que les objets eux-mêmes. En biologie moléculaire, on s'est aperçu que la complexité réside au moins autant dans les gènes que dans leurs régulations et interactions globales (qui restent encore largement inconnues quantitativement). Les concepts de la physique statistique peuvent permettre de faire des progrès dans la génétique des populations et l'écologie : voir sur ce blog - on peut voir que modifier un caractère d'une espèce peut modifier complètement la composition de l'écosystème associé (de façon encore assez imprévisible). La course aux armements sur les OGM peut aussi avoir le même effet que celle sur les antibiotiques, typique des effets à moyen terme des interactions complexes dans le vivant. Et puis on sait que le dogme central prend quelques coups en ce moment : de la découverte des micro ARN jusqu'à l'épigénétique et au "second" code génétique sur la chromatine...

Pour conclure (et caricaturer un peu), la position des uns et des autres sur les OGM est peut-être corrélée à deux visions de la biologie. Soit on pense que l'échelle d'étude pertinente est le niveau génétique, où le gène est comme un maître égoïste contrôlant tous les phénomènes en biologie. Dans cette vision, contrôler le gène, c'est contrôler le vivant : les OGM ne sont pas dangereux car l'homme est capable de bien contrôler le gène (en tous cas à l'ordre 0). Soit on pense que plus qu'un gène, c'est le réseau (génétique, écologique) dans lequel il est introduit qui compte. Dans cette image, le gène n'est qu'un rouage, en interaction avec le système global. Il est a priori impossible de savoir comment s'équilibrera cette interaction après la phase transitoire d'introduction de ce gène dans l'environnement, cette impossibilité n'exclut pas une "catastrophe biologique". Dans cette vision, les OGM sont des objets d'études intéressants, mais doivent être sévèrement contrôlés et ne pas être utilisés à grande échelle , en tous cas tant qu'on ne comprend pas beaucoup mieux les choses car les risques écologiques n'en valent actuellement pas la chandelle (qui appartient essentiellement à Monsanto aujourd'hui).

La préhistoire des chats

2007-08-07T18:00:00.000-04:00

Continuons notre petite balade dans l'univers des animaux domestiques en nous intéressant à l'évolution de mon animal de compagnie favori : le chat.

Sa domestication présente quelques petits mystères. Primo, comme on l'a dit dans le billet précédent et au contraire de la plupart des animaux domestiques, le chat ne présente pas de caractères néoténiques, ce qui signifie peut-être que la domestication ne s'est pas faite de la même façon que les autres animaux. Secondo, il existe de nombreuses espèces de chats sauvages (parfois interfertiles entre elles et avec le chat domestique), à l'exemple du chat du désert, Felis margarita (qui lui semble être une vraie espèce indépendante, mais dont la photo ci-dessus est bien impressionante ;) ). Dans un article récent de Science, Driscoll et al. ont relaté les résultats d'une étude phylogénétique menée sur 979 chats, dont le but était d'établir les liens de parenté entre toutes ces espèces de chats.

La Figure ci-contre montre la répartition des cinq sous-espèces de chats interfertiles. On voit très clairement que chaque espèce est bien localisée géographiquement. La Figure du bas représente un arbre phylogénétique de nos chats, calculé à partir de l'analyse de l'ADN de nos 979 matous. On voit sur cet arbre les proximités génétiques entre les différentes espèces de chats; par exemple, les données montrent que le chat du désert chinois n'est en fait qu'une sous-espèce du chat sauvage asiatique.
Le résultat le plus intéressant concerne le chat domestique : génétiquement, il ne peut être distingué du chat sauvage vivant dans le Proche Orient. L'origine géographique des chats domestiques ne fait donc aucun doute. De plus, lorsqu'on essaie, à partir de la comparaison des séquences, d'estimer la période à laquelle vivait l'ancêtre commun de tous ces chats (autrement dit, théoriquement, le premier chat domestiqué), on arrive à plus 100 000 ans. Tous les chats domestiques descendraient donc de cinq femelles ayant vécu à cette époque dans le Proche Orient.

Ce papier est étonnant à plus d'un titre (et pose autant de questions qu'il n'en résout). L'origine proche-orientale du chat est conforme avec l'hypothèse traditionnelle sur sa domestication : le chat se serait acoquiné à l'homme au moment de la découverte de l'agriculture, et donc dans le Croissant fertile. Le grain aurait attiré les petits rongeurs, et par conséquent leur prédateur honni. Le chat, pour disposer plus efficacement de cette nourriture abondante, aurait abandonné ses manières un tantinet agressives et adouci son caractère pour s'installer chez nous (non sans ayant conservé son indépendance farouche). L'homme aurait alors adopté ce compagnon et l'aurait emmené partout dans le monde : conformément à cette hypothèse, la première trace de domestication a été trouvée dans une tombe à Chypre datant de 9500 ans dans laquelle un homme s'est fait enterrer avec son minet favori.

Le seul petit problème, c'est que l'âge (calculé) du dernier ancêtre commun des chats domestiques ne me semble pas très bien coller : plus de 100 000 ans ! Si un bioinformaticien passant dans le coin peut m'expliquer...

Références :

Driscoll et al., Science, Vol. 317. no. 5837, pp. 519 - 523, lien vers l'article.
Source de la photo .
Un lien sur le chat des sables.
Un article de Times online sur ce papier.

Michael Behe au Colbert Report

2007-08-03T12:29:00.000-04:00

On n'a pas tous les jours l'occasion de voir le "père" de l'intelligent design interviewé dans une excellente émission satirique.
C'était hier sur Comedy Central; suivez le lien (attention, il y a une pub au début):

http://www.comedycentral.com/motherload/?lnk=v&ml_video=90952

Colbert est égal à lui-même, i.e. excellent dans son rôle de faux néo-con américain. Excellent également dans sa façon directe de dénoncer les partisans de l'ID, qui prétendent discourir sur les limites de la théorie darwinienne, en disant que la relativité einsteinienne avait montré les limites de la théorie newtonienne. Double imposture car :

Newton n'est qu'un "cas particulier" d'Einstein; la limite n'est pas dans le sens courant mais dans le sens mathématique
Behe n'est pas à Darwin ce qu'Einstein est à Newton; on pourrait au contraire le rapprocher de nombreux crackpots qui pulullent sur le web.

Mais Colbert est bien plus drôle que moi, je vous laisse regarder...

PS : pour les cinéphiles, il y avait aussi un hommage un peu spécial à Bergman

http://www.comedycentral.com/motherload/?lnk=v&ml_video=91011

De la néoténie (ou pourquoi toutou est un gros bébé à sa maman)

2007-08-01T00:00:00.000-04:00

D'aucuns prétendent que je serais complètement gaga de mon petit chat. C'est un mensonge éhonté bien sûr, ce qui ne m'empêche pas de m'intéresser à son histoire et de me pencher en ce moment sur l'évolution des animaux domestiques.

Vous savez peut-être que c'est en partie l'observation des différentes races d'animaux domestiques qui a inspiré la théorie de l'évolution à Darwin. Bétail et autre animaux de compagnie sont en effet des exemples idéaux d'animaux sélectionnés pour leurs qualités avantageuses pour nous, les hommes. J'ai appris récemment que la plupart des animaux domestiques présentaient des caractères de néoténie. Kesaco ? La néoténie est la conservation de traits juvéniles chez l'animal adulte [1]. Par exemple, le comportement du chien est plus proche de celui du louveteau que de celui du chef de meute . Certains chiens ont également les oreilles tombantes - ce qu'on n'observe jamais chez les animaux sauvages. Le raccourcissement du museau est également un trait néoténique, observé semble-t-il à la fois chez les chiens et chez les cochons .

On ne comprend pas très bien l'origine de cette sélection de traits juvéniles. On peut penser que l'homme a simplement cherché à sélectionner des animaux "mignons", et donc ayant des traits plus juvéniles. Une expérience de domestication apparemment assez fameuse a été réalisée pendant 40 ans en Sibérie. Un généticien russe nommé Belyaev pensait que la néoténie était due à la sélection par l'homme d'animaux au comportement docile. La docilité est un trait juvénile typique : en sélectionnant une immaturité comportementale, l'homme aurait favorisé la persistance d'une immaturité physique. Belyaev a donc tenté de domestiquer des renards argentés, en ne conservant d'une génération à l'autre que les animaux dociles (la sélection est drastique : environ 5% des mâles et 20% des femelles sont "conservés" à chaque génération). On voit alors apparaître des modifications rapides de comportement et de morphologie, proches de ce qu'on peut observer chez les chiens : volonté de contenter le maître, aboiements particuliers, mais aussi variation de teinte du pelage, oreilles tombantes, queue enroulée.

Un aspect amusant du domaine de la néoténie est que certains, dont Gould, pensent que l'homme est un singe néoténique. On peut trouver plusieurs arguments plus ou moins scientifiques : par exemple la structure du squelette (en particulier du crâne) du chimpanzé jeune serait très proche de celle de l'homme; le fait de "rester jeune" assurerait également une certaine plasiticité du cerveau et donc favoriserait l'intelligence. Difficile de se faire une idée précise là-dessus (on peut aussi imaginer d'autres hypothèses); mais si j'en crois certaines publications de psychologies post soixante-huitarde, l'homme ne sera bientôt qu'un ado attardé [2] !

La néoténie est donc un domaine de recherche très vaste mêlant la psychologie à l'évolution et au développement. En lisant ces références, on comprend également que tout n'est pas joué après la naissance, et que le développement ultérieur est tout aussi important pour déterminer les caractéristiques physiques (et psychologiques). Rappelons par exemple que les petits Néandertaliens ressemblaient comme deux gouttes d'eau aux petits Sapiens et n'acquéraient leur morphologie caractéristique qu'à la puberté; apparemment les chiens et les chats se développent également de façon très différente bien qu'ayant tous deux une face plate à la naissance. Le jeune chiot voit son museau grandir considérablement, tandis que la tête du chat garde ses proportions (et donc demeure "kawai" toute sa vie). En fait, il semble que le chat - peut-être parce qu'il est déjà mignon à l'état sauvage ? - soit l'un des rares animaux domestiques ne présentant pas de néoténie [3]! Nous reparlerons donc de l'évolution du chat dans un billet ultérieur...

[1] voir cette page wikipedia pour quelques traits néoténiques du chien.
[2] Comment ça c'est déjà le cas ?
[3] Oui, évidemment, si le chat était docile, cela se saurait...

Geekeries du dimanche VI : Harry Skywalker

2007-07-29T14:47:00.000-04:00

Avertissement : ce billet contient beaucoup de SPOILERS sur Harry Potter 1 à 7.

Maintenant que la série des Harry Potter est terminée, il nous est possible de faire une analyse un peu plus détaillée de la structure de l'histoire. Il me semble que l'évolution d'Harry Potter colle très bien avec le concept de "Monomythe", introduit par Joseph Campbell dans son livre "The Hero with a Thousand faces". Ce livre, écrit dans les années 40, et inspiré de la psychanalyse, montre comment de nombreux mythes fondateurs reposent sur la même structure. Georges Lucas s'est inspiré de ce livre pour écrire la saga Star Wars : de fait, les parallèles entre Harry Potter et Luke Skywalker sont nombreux, et je vais essayer, en me basant sur mes souvenirs de Star Wars, de les mettre en évidence.

Le monomythe débute par l'appel à l'aventure (comme d'ailleurs la plupart des contes de fée). Le héros, personnage lambda sans aucune vertu particulière, reçoit un message l'appelant à quitter le monde ordinaire pour rejoindre un monde nouveau et merveilleux. Cet appel s'accompagne en général d'une aide surnaturelle. Harry Potter, élevé par sa tante Muggle, découvre ainsi dans le tome 1 qu'il est en fait un magicien, et est invité à rejoindre Hogwarts par Dumbledore (via Hagrid). Luke Skywalker, élevé par des fermiers de Tattoine, est enrôlé par Obi Wan Kenobi, qui voit en lui le dernier Jedi.

Dans de nombreux mythes, la figure du père est centrale (Oedipe quand tu nous tiens). Le héros doit apprendre du père et, pour grandir, doit se détacher de lui, voire le tuer. C'est là à mon avis que l'analogie entre Star Wars et Harry Potter est la plus forte. Luke et Harry Potter ont chacun deux pères symboliques. Le premier père est leur mentor, le père nourricier qui leur apporte la connaissance : Obi Wan dans un cas, Dumbledore dans l'autre. Leur second père est en quelque sorte le miroir inversé du premier père, leur "mauvais père", qui a le statut de nemesis : Dark Vador dans un cas, et Snape dans l'autre. Le tome 7 montre ainsi incontestablement que Snape joue le rôle de père négatif pour Harry. L'alliance Snape-Dumbledore, explicitée dans le tome 7, montre bien que les deux personnages ne sont que deux faces d'une même pièce. L'analogie Snape=Vador se construit sur le rapport à la mère : Snape bascule du côté du bien lorsque Voldemort tue Lily, tandis que Dark Vador bascule du côté obscur après la mort de Padmé. Du coup ces "mauvais" pères ne sont pas les pères nourriciers comme Obi Wan ou Dumbledore, mais au contraire des pères tyrans, qui plus est "amants" de la mère. Leur motivation profonde est de retrouver leur amour perdu par l'intermédiaire du fils.

Luke et Harry Potter se construisent ensuite en suivant les traces de leur bon père et par opposition à leur mauvais père. La parallèle Luke=Harry, Dark Vador=Snape, Dumbedore=Obi Wan est d'autant plus flagrant lorsque le "bon" père se sacrifie lors d'un combat contre le "mauvais" père (combat auquel assiste le fils, impuissant). Symboliquement, dans le mythe, ce sacrifice permet au fils de se débarasser de l'encombrant "bon" père, dont la présence tutélaire empêche le héros de grandir.

La motivation profonde du fils sera ensuite de venger la meutre du bon père. Le but premier sera de tuer le mauvais père (au moins symboliquement); on s'apercevra ensuite que le cheminement du héros mu par la haine du père lui permettra de la dépasser. De façon intéressante dans le tome 7 d'Harry Potter, la haine contre le père s'exerce en fait, non pas contre Snape, mais bien plus contre Dumbledore, le bon père, qui n'est pas si bon que cela. Harry Potter se met de nombreuses fois en colère contre Dumbledore, qu'on découvre tenté par le pouvoir et la Magie Noire. Aussi est-il écoeuré lorsqu'il réalise que Dumbledore ne l'a préservé que pour mieux le sacrifier : le renversement est renforcé par le fait que cet écoeurement et cette révolte sont manifestement partagés par Snape, le mauvais père.

Avant de triompher, dans le monomythe, le héros doit arriver à réconcilier dans sa tête les deux aspect du père pour mieux se comprendre lui-même. Il passe ensuite par une phase d'apothéose dans laquelle il doit se sacrifier avant de renaître, ce qui lui permet de changer sa vision du monde et de revenir plus fort. Luke et Harry connaissent ainsi tous deux une expérience onirique les faisant grandir. Dans l'Empire contre-attaque, sur Dagobah, Luke mène un combat symbolique contre Dark Vador et le tue. Luke découvre alors en Dark Vador un autre lui-même, ce qui souligne le lien profond unissant les deux personnages. Luke combat ensuite Vador dans la réalité, apprend que ce dernier est son père, et choisit la mutilation (main coupée) plutôt que le côté obscur. A ce moment même, en choisissant le sacrifice plutôt que le chemin du père en toutes connaissances de cause, il rentre dans l'âge adulte, ce qui lui permettra de vaincre à la fin. Harry, de la même façon, se sacrifie, non sans colère contre Dumbledore. Mais c'est ce sacrifice même qui le fait évoluer, lui permet de se réconcilier symboliquement avec Dumbledore, avant de revenir d'entre les morts et de triompher finalement.

Je pense qu'en cherchant, on peut trouver d'autres parallèles : par exemple le trio Harry-Ron-Hermione n'est pas sans rappeler le trio Luke-Solo-Leia. Hermione est la soeur symbolique d'Harry : tous deux sont des magiciens doués, élevés par des Muggle. Solo et Ron sont les amis fidèles, les compagnons, qui draguent la petite soeur, feront défection à un moment ou un autre avant de revenir. Voilà, j'espère vous avoir bien distrait avec ce petit essai, mais quoi qu'il en soit, je pense que pour toutes ces raisons, l'histoire d'Harry Potter est bel et bien un mythe moderne !

Ajout 1er Août : Pour ceux que la discussion sur ce sujet intéresse, ce billet a aussi été publié sur agoravox : suivez le lien.

Miscellanées d'été

2007-07-27T09:36:00.000-04:00

L'été, les labos théoriques se vident, les étudiants vont dans des écoles aux quatre coins du monde, l'unversité se réforme en trois jours; quant à moi je me retrouve avec des tas d'articles à référer et un article (dont la première mouture remonte à Novembre) à resoumettre en espérant convaincre les referees !
Remis de ma lecture de Ripoteur comme dirait Chofie, deux petites choses glanées :

L'événement cinématographique "nerd" de l'été est la sortie du film des Simpsons (voir la polémique - compréhensible- suscitée par la photo ci-dessus). Nature (!) couvre cette sortie en interviewant Al Jean, scénariste des Simpsons et accessoirement docteur en mathématiques issu d'Harvard. Comme quoi les sciences mènent à tout, aux Etats-Unis en tous cas. Interview intéressante car on réalise que les Simpsons parlent régulièrement de sciences. Le film s'ouvre par exemple sur une conférence de Lisa avertissant la population sur les dangers environnementaux dans une conférence intitulée "An Irritating Truth" (voir aussi ce fameux extrait du film de Gore). Au delà des apparitions des deux Stephen les plus médiatiques (Jay Gould et Hawking), Nature donne son propre top 10 des meilleurs blagues scientifiques dans les Simpsons. Ma préférée est effectivement la dernière :

Perpetually funny: In "The PTA Disbands", Lisa gets so bored by a lack of schooling she builds a perpetual motion machine. Homer is not pleased: "Lisa, in this house we OBEY the laws of thermodynamics."

Absolument rien à voir, mais après la Turquie et la Pologne, l'intelligent design poursuit son offensive vers l'Ouest de l'Europe et atteint l'Allemagne. La ministre de l'éducation du Land de Hesse a en effet proposé , je cite, "que les questions théologiques concernant l'origine du monde soient abordées dans les écoles lors des cours de biologie". Rappelons qu'en son temps, Blair avait pris une position similaire - qui n'avait pas fait autant de bruit il me semble, à mon grand dam (voir ce billet). Je prends les paris : en ces temps de "décomplexation", combien de temps avant qu'un député français (de la majorité ?) ne fasse une proposition de loi similaire ? Un carambar qu'on y a le droit avant la fin de l'année scolaire 2007-2008. (Sur un sujet relié, voire ce billet chez le doc').

Total HS : Azkaban au Canada

2007-07-19T19:10:00.000-04:00

Attention, SPOILERS Harry Potter 1 à 6 !

The one with the power to vanquish the Dark Lord approaches…. Born to those who have thrice defied him, born as the seventh month dies… and the Dark Lord will mark him as his equal, but he will have power the Dark Lord knows not… and either must die at the hand of the other for neither can live while the other survives… The one with the power to vanquish the Dark Lord will be born as the seventh month dies….

Dans un peu moins de trente heures, j'aurai entre les mains les réponses à toutes ces questions... Quelle excitation de pouvoir vivre et lire dès sa sortie ce mythe moderne, ce nouveau classique ! Dans l'intervalle, j'essaie de ne pas me faire spoiler (à ce propos, je vous déconseille d'aller faire un tour sur paperblog). Quoi qu'il en soit, étant en ce moment de passage à Montréal, j'ai reservé mon volume pour demain à minuit et ronge mon frein.

- Histoire de patienter, je suis allé voir le dernier film sur IMAX. La bataille dans le ministère de la Magie était même en 3D ! Très bon film, très fidèle au livre je trouve. Même si on ne comprend pas trop d'où vient l'histoire de la prophétie. Je me demande comment sera le prochain film, qui devrait être assez singulier vu le bouquin.

- The Gazette de Montréal a publié samedi un numéro spécial. Cinq lecteurs spécialistes (écrivains pour enfants, journalistes ...) essaient de faire des prédictions sur l'issue de la saga. A mon tour d'essayer ! J'ai deux scénarii possibles en tête.

Scenario horrible numéro 1 : Ron et Hermione sont assassinés. Harry, ivre de colère, s'en trouve suffisamment perverti pour trucider Voldemort et toute sa bande d'un Avada Kedavra bien senti. Ayant perdu ses deux meilleurs amis, après son parrain et son protecteur, il reste marqué à vie, maussade et héritera plus tard (après un bref passage par Azkaban pour utilisation de sorts interdits) de la chaire de Défense contre la Magie Noire. Harry devient en quelque sorte un nouveau Snape. Tragique, non ?
Scenario horrible numéro 2 : Voldemort est tué, mais Hagrid succombe dans la bataille. Harry, qui est en fait est le dernier Horxcrux, est ivre de colère contre les Death Eaters, et s'en trouve suffisamment perverti pour que Voldemort ressucite en prenant possession de son corps et de son âme. Harry, dans un dernier instant de lucidité, réalise qu'il doit alors mourir pour que le Dark Lord disparaisse définitivement et se sacrifie héroïquement...

D'autres idées de scenariii catastrophes ?

- Sinon, quelques questions que je me pose :

qui est RAB ?
Sirius est-il vraiment mort ? Qu'est vraiment cette arche étrange ?
Harry est-il un Horxcrux vivant ? Si c'est le cas, pourquoi Voldemort essaie-t-il en permanence de le tuer ?
Snape est-il sorti avec la mère d'Harry Potter ?
Harry descend-il de Gryffindor ? Quel est le rapport avec Godric's hollow ?

Ah la la, j'ai trop hâte !

Ajout 20 Juillet : il paraît que le Parisien raconte la fin du livre aujourd'hui. C'est ce que JK Rowling doit appeler "pure evil". Je ne comprends pas l'intérêt de déflorer la fin du livre pour les milliers d'enfants (plus ou moins grands) dont on va ainsi gâcher le plaisir de la découverte. Harry Potter a fait oeuvre de salut public en faisant aimer la lecture à plein d'enfants à l'heure où chaque français passe près de 3 h par jour devant la télé. A ce titre, je trouve d'ailleurs particulièrement débile d'opposer Harry Potter à la "grande littérature", plus institutionnalisée (comme ont pu le faire certains hommes politiques, montrant ainsi qu'eux-mêmes ne sont manifestement pas sensibles au plaisir de lire). Hary Potter, Hermione et Ron, ce sont les trois Mousquetaires ou les hobbits d'aujourd'hui. En attendant, je suspends les commentaires pour ce billet pour ne pas gâcher mon propre plaisir.

Ajout 24 Juillet : ça y est, je vais pouvoir reprendre une vie normale. Toutes les pièces du puzzle se mettent en place, des surprises jusqu'au dernier moment, et une petite larme en refermant le livre. Je rétablis les commentaires, si d'aventure vous souhaitez réagir (Gaffe aux spoilers, je me réserve le droit d'effacer/de modifier si d'aventure vous en dites trop...)

Essai : Des contraintes de l'évolution

2007-07-18T20:39:00.000-04:00

Un petit essai pour résumer des lectures et réflexions récentes, des souvenirs de conférences de Davidson, et suscité notamment par certains messages personnels que j'ai reçus récemment. Je ressasse et reformule certaines idées exprimées ici ou là par d'autres; je rajouterai certainement des références par la suite. Tout commentaire est le bienvenu.

Vous avez sûrement appris à l'école que le code génétique est commun à toutes les espèces vivantes. De la bactérie à l'homme, des virus aux champignons, toutes les êtres vivants (et assimilés) traduisent leurs acides nucléïques exactement de la même façon. C'est ce qui permet de réaliser des OGM à peu de frais : on prend un gène d'une espèce, on l'introduit dans une autre. Comme la machinerie traduisant la séquence génétique en protéine est rigoureusement identique dans tout le vivant, on produit ainsi la protéine désirée.

Pourtant, une question se pose immédiatement : l'évolution a eu assez de temps pour passer, à coup de mutations successives, d'une bactérie à l'homme. Comment se fait-il alors que le code génétique chez tous les êtres vivants soit identique, malgré toutes les mutations potentielles de celui-ci ?

En fait, ce genre de question est en général retourné pour contrer la théorie de l'évolution darwinienne. J'avais par exemple écrit un billet parodique sur les kernels du Dr Davidson, sorte de modules génétiques répandus dans tout le vivant de manière identique. Comment ces modules ont-ils pu resister à des millions d'années de mutations ?

Dans les deux cas la réponse est identique. Elle est quasi-évidente dans le cas du code génétique. Imaginons que votre machinerie cellulaire mute et que vous ne puissiez plus interpréter correctement certaines séquences d'acides aminés, produisant systématiquement une protéine à la place d'une autre. Catastrophe sur toute la ligne : pas la moindre chance de vous développer, pas la moindre chance de même voir le jour. Il en est de même pour les kernels de Davidson : ces kernels sont impliqués dans des processus cruciaux, comme la différenciation des cellules du coeur. On imagine mal ce que donnerait un animal sans coeur.

Autrement dit ce qui est universel, robuste d'une espèce à l'autre (d'aucuns y voient même une certaine perfection), n'est peut-être pas ce qui est le plus efficace ou le plus optimisé, mais au contraire ce qui est le plus sensible, et donc partant le plus contraint [1]. Du coup, la sélection naturelle va jouer à plein contre toute modification de ces systèmes. La conservation et l'universalité de structures dans le vivant ne va pas du tout à l'encontre du processus de sélection darwinienne : il n'en est peut-être qu'une manifestation extrême.

Mais me direz-vous, comment ces systèmes ont-ils pu apparaître dans un premier temps, s'ils sont si immuables ? Je répondrai qu'un système très contraint aujourd'hui ne l'a peut-être pas toujours été. Prenons le code génétique. A priori, il aurait pu être largement aléatoire (même si certains travaux suggèrent que celui-ci aurait une part d'origine purement physique - les acides aminés auraient une affinité particulière avec leurs ARN de transferts). Mais une fois qu'un pré-animal a commencé à élaborer des structures complexes à partir de ce code génétique, ce dernier s'en est trouvé immédiatement gelé : impossible de modifier un tel élément de base sans casser tout la complexité élaborée en aval. Autrement dit, la vie a peut-être choisi au début une voie aléatoirement, puis une fois que ce chemin s'est révélé efficace, aucun retour en arrière n'était possible et les options sélectionnées à l'époque ont été définitivement fixées, ce qui explique finalement le partage du code génétique entre tous les êtres vivants. Dans un commentaire d'un billet précédent sur les motifs de Davidson, il me semble Simon décrivait un processus similaire ... dans des codes informatiques !

L'idée centrale du livre de Vincent Fleury est justement cette notion de contrainte physique pour le développement des tétrapodes. Du coup, il prétend que l'évolution du plan d'organisation des tétrapodes est plus ou moins unidirectionnelle : plus ou moins "enroulé" selon ses propres termes. On peut être d'accord ou pas avec cette idée, mais on peut s'interroger sur l'origine de cette contrainte. Je dirais qu'une fois qu'un processus amenant de la complexité est mis en place, s'il est bien exploité par l'évolution et s'il est difficile de le changer sans le dégrader, il peut se gèler et se fixer totalement dans l'évolution. Cela relève presque de la tautologie, mais du coup seuls les systèmes vraiment plastiques (i.e. potentiellement soumis à des mutations qualitativement neutres) peuvent évoluer.

Une question est donc d'identifier dans quelle mesure différents processus biologiques sont plastiques ou non. Cela permettrait d'identifier ce qui est "évoluable"; a contrario, plus un système est contraint, moins il a de solutions pour évoluer (et donc plus il est "facile" de prédire son évolution effective comme essaie de le faire V. Fleury dans son livre). J'ai cité dans ce billet plein d'exemples de chose peu ou pas "évoluables"; il existe aussi de nombreux exemples de systèmes qui évoluent drastiquement d'une espèce à l'autre. Mon exemple favori est là encore la segmentation des insectes. Il existe un stade du développement commun à tous les insectes (appelés stade phylotypique) : en gros il s'agit du stade de la larve ayant une tête et une quinzaine de segments. Ce stade est un passage obligé du développement de tous les insectes, et les mutations sur ce système sont assez délétères, voire létales [2](c'est en partie ce papier sur le sujet qui m'a inspiré ce billet). Pourtant, d'un insecte à l'autre, en amont et en aval de ce stade, les choses sont extrêmement variables - c'est ce qu'on appelle le "hourglass model" en illustration (tiré de [3]) : plus on s'éloigne du stade phylotypique, plus les mécanismes de développement sont différents. C'est à mon avis une illustration de l'"evoluabilité" : en amont d'un stade très contraint ont pu évoluer des processus très différents pour y parvenir. Et qui sait, ce n'est peut-être pas fini... Quoi qu'il en soit, seule la théorie de l'évolution inspirée par Darwin me paraît capable d'expliquer à la fois la raison du maintien de ces systèmes très contraints et la plasticité d'autres systèmes.

[1] Notons à ce stade qu'il existe d'autres types de contraintes, par exemple les contraintes issues des lois de la physique. Impossible bien sûr pour l'évolution d'agir dessus en aucune manière, contrairement a priori aux contraintes issues de l'histoire de l'évolution même.
[2] Galis F, van Dooren Tom JM , Metz Johan AJ (2002). Conservation of the
segmented germband stage: robustness or pleiotropy? Trends Genet, 18: 504-509
[3] Peel AD, Chipman AD , Akam M (2005). Arthropod segmentation: beyond
the Drosophila paradigm. Nat. Rev. Gen, 6: 905-916

Cruels dilemmes

2007-07-15T15:26:00.000-04:00

Le dernier numéro de Pour la Science contient un intéressant article de Kaushik Basu présentant un problème que je ne connaissais pas : le dilemme du voyageur (voir ici la version anglaise de l'article). Résumons ce dilemme en quelques mots :
deux voyageurs ayant acheté chacun le même objet sont victimes de la négligence d'une compagnie aérienne qui a brisé les dits objets. La compagnie aérienne se propose de dédomager les deux voyageurs sur la base de la règle suivante : chaque voyageur donne le prix de l'objet (compris entre 2 et 100 $). Si le prix donné par les voyageurs est identique, la compagnie verse la somme aux deux voyageurs. Si les prix sont différents, la compagnie considère qu'un des voyageurs est honnête tandis que l'autre se moque d'elle. Elle prend donc la somme minimale, verse cette somme + 2 $ au voyageur "honnête", et cette somme moins deux $ à l'autre. Par exemple, si le voyageur A dit 35 $ et le voyageur B 40 $, la compagnie verse 35+2=37 $ au voyageur A et 35-2=33 $ au voyageur B.

Ce problème n'est en fait qu'une variation sur le célèbre dilemme du prisonnier. Tout comme celui-ci, il se caractérise par une "instabilité" de l'équilibre maximisant le gain. Je m'explique : imaginons que A dise 100$. Si B dit 100$, les deux gagnent 100$. Mais si A dit 100$, B à tout intérêt à dire 99$, car dans ce cas, il gagne plus et empoche 101$. La stratégie rationnelle au sens de la théorie des jeux pour les deux joueurs serait alors de donner systématiquement 1$ de moins que la somme donnée par l'autre joueur. Cette stratégie rationnelle amène de proche en proche A et B à diminuer leurs estimations : si B dit 99$, A a intérêt à dire 98$, et ainsi de suite. En fait, tout est question d'anticipation de ce que dit l'autre voyageur, mais la seule situation d'équilibre est pour les deux joueurs de donner la somme minimale admise, i.e. 2$.

Evidemment, la stratégie semble un peu absurde, car si les deux joueurs donnent une somme conséquente, ils embaucheront bien plus. En fait, si on fait l'expérience en réalité, la plupart des gens donnent effectivement l'estimation maximale autorisée. Basuk en déduit que la "rationnalité" réellement raisonnable n'est pas la rationnalité de la théorie des jeux ou rationnalité économique [1].

La question qui m'est immédiatement venue à l'esprit est de savoir comment l'évolution pourrait sélectionner un comportement ou un autre (voir aussi ce billet sur un sujet similaire). Dans la nature, confronté à un problème type dilemme du voyageur, un animal a-t-il intérêt à être "égoïste", i.e. adopter un comportement équivalent à choisir 2$ pour s'assurer de ne pas "perdre" le jeu, ou "altruiste", i.e. adopter un comportement équivalent à miser gros en comptant sur ses partenaires pour que la coopération fasse émerger un gain maximal pour tous ? En fait, il semble qu'un certain nombre de travaux aient déjà été réalisés sur le sujet. Un site très intéressant (taumoda.com) propose simulations et contextes biologiques d'un problème d'évolution basé sur le dilemme du prisonier. En particulier, on peut voir sur cette page comment égoïstes et altruistes rentrent en compétition dans une population. La surprise est que pour certaines règles du jeu, on voit que les proportions d'altruistes et d'égoïstes se stabilisent dans la population. Intuitivement et dans le contexte "dilemme du voyageur", cela peut se comprendre : les égoïstes qui jouent entre eux se "détruisent" les uns les autres (en gagnant seulement 2$ à chaque fois), mais ceux-ci parviennent toutefois à survivre en se nourrissant sur le dos des altruistes (gagnant 4$ contre ceux-ci). Les altruistes, eux, survivent en coopérant : même si les égoïstes leur sucent le sang, ils parviennent à générer assez de coopération pour se maintenir à haute proportion dans la population. La conclusion majeure à mon avis, c'est que "l'évolution" ne favorise pas nécessairement l'un ou l'autre des comportements, mais plutôt un mélange des deux. Autremement dit, la sélection naturelle est efficace pour sélectionner à la fois les deux types de rationnalité !

[1] Une remarque à ce stade : en lisant l'article, on est bien vite convaincu que l'équilibre donné par la théorie des jeux n'est pas l'équilibre raisonnable. Rien n'est moins sûr : il semble pour moi qu'il faut aussi prendre en compte une sorte d'aversion au risque ou d'avidité au gain de certains joueurs. Imaginons par exemple qu'on parle ici non de dollars, mais de millions de dollars. Dans ce cas, jouer 2 vous assure d'avoir au moins 2 millions de dollars. Mais si vous tentez de jouer plus de 2, il suffit que l'autre joueur joue 2 pour que lui empoche 4 millions de dollars, tandis que vous-mêmes vous retrouvez avec 0. Dans cette situation, je pense que je jouerais 2 histoire d'être bien sûr de toucher quelque chose...

Carte postale

2007-07-09T17:04:00.000-04:00

Cher lecteur,
comme souvent, tu recevras cette carte postale bien après mon retour de vacances. Mais que veux-tu, c'est la loi du genre : aujourd'hui, les gens voyagent plus vite que les missives, surtout lorsque celles-ci doivent traverser les frontières. Il faut dire aussi que comme beaucoup, j'attends le dernier jour pour envoyer de mes nouvelles ...
Quoi qu'il en soit, j'ai mis ces quelques jours à profit pour remonter le temps et marcher sur les traces de nos ancêtres au coeur de la France (déjà ?) éternelle. Le climat et la géologie de celle-ci ont permis la conservation de nombreux vestiges, que nous pouvons admirer aujourd'hui de nos yeux ébahis.
Parlons donc de notre père à tous Cro-Magnon, portant le nom du lieu-dit où son squelette à été découvert aux Eyzies. Si l'on en croit la rumeur, "Cro" signifie en patois local "abri", quant à "Magnon", il semble qu'il s'agisse du nom de la personne ayant autrefois possédé ce lieu. Amusant, non ? Aux Eyzies s'est installé le Musée National de la Préhistoire, modernisé en 2004, et présentant de nombreux vestiges du passage de notre ancêtre. Si les explications sont parfois denses et obscures, le Musée présente de très pédagogiques films, et le débitage des lames de silex ou encore la fabrication de sagaie à base fendue en bois de cerf n'ont plus de secret pour moi. Les impressionnants graffitis de l'époque, dont certains très coquins, donnent aussi un aperçu des qualités artistiques de l'ancêtre.
Pour poursuivre cette plongée dans le passé, rien de tel que les peintures de Lascaux 2. La Chapelle Sixtine de la préhistoire est maintenant fermée aux visiteurs qui modifiaient l'écosystème de la grotte, abîmant sans le vouloir les peintures; mais une reproduction inaugurée dans les années 80 permet de se faire une idée de ce qui se tramait sous le crâne velu de Cro-Magnon. Un des meilleurs moments de ces vacances, assurément. Qualité technique des peintures (et de leur reproduction, on s'y croirait), beauté des représentations, utilisation astucieuse des reliefs locaux pour suggérer une croupe ou une jambe. Nul renne dans cette grotte mais des aurochs, chevaux, et une chimère gardienne des lieux, suscitant cette pensée énigmatique que notre guide attribuait à Claude Lévi-Strauss : il y a des animaux que l'on mange, d'autres que l'on pense... Une grotte qui vaut le détour.
Signalons également la Grotte de Pech-Merle, dans un style un peu différent. Mammouths velus, tête d'ours, dessins cochons et hommes blessés : on semble plus dans le quotidien que dans le religieux, et la technique est moins aboutie. Mais quelle émotion de visiter la grotte originale !
Voilà pour ces quelques vacances; tu l'auras compris, je n'ai pas beaucoup bronzé et j'ai attrappé froid dans toutes ces grottes, mais cela m'a permis de bien me ressourcer loin d'internet et de mes simulations informatiques !

Sacerdoce

2007-06-27T22:46:00.000-04:00

Je sais, j'ai écrit il y a trois heures que je tirais le rideau pour quelques jours, mais le dernier phD Comics colle tellement bien à mon sentiment actuel en cette période de réforme de la recherche... Peut-être suis-je juste blogaholic ;).

Vacances

2007-06-27T19:11:00.000-04:00

Je pars bientôt en vacances pour dix jours. Je suis bien cramé, j'ai besoin de complètement déconnecter. Avant de partir, j'ai pas mal de boulot, donc probablement pas de billets trop constructifs avant ma reprise, mi-juillet au plus tôt. Cela ne m'empêchera pas de suivre l'actualité, et en particulier la réforme de l'université.
Merci à tous les lecteurs de ce blog, et bonnes vacances !

En passant...

2007-06-26T09:46:00.000-04:00

Deux articles sur le recrutement à l'université française (merci Mawashi):

Recrutement, autonomie et clientélisme, par Olivier Godechot

Université : la foire à l'embauche, par François Clément

Où vous comprendrez à quel point l'autonomie des universités est déjà très grande pour les concours de recrutement, pour le meilleur et pour le pire...

Plus généralement, je crois qu'un point sur lequel tous les candidats s'accorderont est qu'il faut beaucoup plus de transparence et d'honnêteté dans les critères de choix. Il y a beaucoup de règles non écrites dans certaines commissions, dont les candidats n'ont pas conscience car elles ne sont pas explicitées. Ainsi, je suis personnellement tout à fait favorable à ce qu'on n'autorise pas les recrutements locaux, mais dans ce cas il faut le dire dès le début, pas pendant les délibérations du jury pour éliminer certains candidats qui ont fait le déplacement pour l'audition. Cette tendance est très générale et est à mon avis un véritable poison. Un ami me relatait récemment une aventure d'un chercheur qui avait déposé deux demandes de financement différentes dans deux endroits différents pour le même projet : les commissions avaient des membres en commun, qui avaient décidé de façon tacite qu'ils ne voulaient pas examiner deux fois la même demande et donc qu'une seule serait recevable. La recevabilité dans une commission équivalait dont au rejet par l'autre commission : n'est-ce pas totalement absurde ?

Réforme de l'université : quelques commentaires sur le projet

2007-06-24T07:40:00.000-04:00

Quelques trucs (pas forcément très originaux) sortis du projet de réforme sur l'université :

L'hyper-président... d'université ?

Le premier truc qui frappe lorsqu'on lit ce projet est de voir comment les pouvoirs se retrouvent quasiment concentrés entre les mains du seul Président. Certes, il est élu à la majorité absolue par un conseil d'administration de 20 membres, mais 7 membres de ce conseil sont nommés par ce même président . De plus, sa voix est prépondérante en cas d'égalité. Autant dire que le Président plus ses 7 amis nommés représentant quasiment tout le conseil (il y aura toujours un ou deux enseignants chercheurs pour les accompagner), ils feront ce qu'ils veulent. Là encore, conception très française du pouvoir où il faut que les décisionnaires "aient les mains libres" car ils savent mieux que tous ce qui est bon pour la collectivité. Aux Etats-Unis, même si le Président a un pouvoir fort, les choses me semblent plus collégiales et surtout plus concertées : par exemple, la communauté des post-doc dans mon université est invitée à s'investir dans le choix de recrutement des tenure track, le Président lui-même soutenant très fortement la communauté des post-doc. Autrement dit, aux US, il me semble qu'un fort pouvoir est aussi synonyme d'un devoir d'ouverture et de recherche du consensus, les contre-pouvoirs sont organisés; je ne suis pas sûr que cela soit l'esprit de cette réforme dont l'objectif avoué est de mettre un "coup de pied" aux fesses de l'université. Il faudra voir à l'usage, mais ça dépendra très fortement de la personnalité du Président; le seul problème c'est qu'une fois élu, il est virtuellement indéboulonnable, peut très bien monter les uns contre les autres et mener l'université droit dans le mur.

Pour conclure ce passage et comme le dit Monthubert :

Les pouvoirs confiés aux présidences universitaires doivent être contre-balancés par une évaluation sérieuse et une politique nationale de développement de la recherche.

Les personnels

Sans préjudice des compétences qui lui sont attribuées par la loi ou le
règlement, le conseil d'administration détermine la politique de l'établissement et délibère :
– sur proposition du président de l'établissement et dans le respect des priorités nationales, sur la répartition des emplois qui lui sont alloués par les ministres compétents.

Art. L. 712-10. – Le président peut recruter, sur les ressources propres de l’établissement, des agents contractuels pour occuper des emplois, permanents ou non, de catégorie A, notamment des emplois techniques administratifs de recherche et de formation.
Par dérogation aux dispositions de l’article L. 952-6, le président peut également recruter des agents contractuels pour occuper des emplois d’enseignement et des emplois scientifiques après avis du comité de sélection prévu à l’article L. 952-6-1.

Art. L. 712-11. – Par dérogation aux dispositions de l’article L. 952-4, le conseil d’administration définit, dans le respect des dispositions statutaires applicables et des missions de formation initiale et continue de l’établissement, les principes généraux de répartition des obligations de service des personnels enseignants et de recherche entre les activités d’enseignement, de recherche et les autres missions qui peuvent être confiées à ces personnels.

Art. L. 712-12. – Le président est responsable de l’attribution des primes aux personnels qui sont affectés à l’établissement. En outre, le conseil d’administration peut créer des dispositifs d’intéressement permettant d’améliorer la rémunération des personnels. Les
modalités d’application de cet alinéa sont précisées par décret.

Pour le recrutement des enseignants chercheurs en lui-même, cela ne me paraît pas très différent de la situation actuelle. Cela ne me réjouit guère; je crois qu'il faudrait attribuer les postes aux labos et leur déléguer tout le processus (ça éviterait d'avoir ces commissions de spécialistes pléthoriques, protéiformes et bien souvent incompétentes sur les sujets des candidats).

Par ailleurs, je suis dubitatif :

sur le recrutement d'enseignants contractuels vacataires. J'imagine que cela correspondra aux moniteurs, mais pas seulement. A tous les coups on va voir la même chose que dans l'éducation nationale : des jeunes docteurs ne trouvant pas de débouchés dans la recherche à qui on va donner des bouts de charges d'enseignement par ci par là, avant d'être jetés quand on n'aura plus besoin d'eux.
sur la modulation libre entre l'enseignement et la recherche, qui risque de se transformer et d'être vécu par les personnels comme la carotte (recherche) et le bâton (enseignement)
sur la tarte à la crème des primes au mérite (on récompensera quoi au juste ? et surtout qui ? les moniteurs auront-ils droit à ces primes par exemple?)

En d'autres termes, la guerre au statut est annoncée. Il est de bon ton dans certaines instances dirigeantes en France de critiquer toute idée de statut. Or, aux Etats-Unis par exemple, les chercheurs ont effectivement un statut. Les règles et les contrats sont extrêmement clairs : vous êtes par exemple recrutés pour 5 ans avec une grant , devez obligatoirement trouver une grant, et après ces 5 ans, vous êtes recrutés par l'université si elle est d'accord. Les charges d'enseignement sont également claires et définies à l'avance. Un truc qu'il faut voir est que les universités se font la guerre sur ce statut de chercheur aux Etats-Unis : les universités essaient d'attirer les profs là-dessus. Un ami par exemple avait le choix récemment entre une université lui proposant une tenure track classique (5 ans, demandes de grant à faire, puis évaluation pour devenir permanent) et une autre lui proposant des grants conséquentes de 7 ans, renouvelables, mais ne lui proposant aucune titularisation à terme. Il a choisi la première solution, choix d'une certaine stabilité - y compris familiale.
Pour conclure, rien n'est moins attractif qu'un flou artistique complet, sur le mode du "on peut vous virer, vous couper les vivres, vous doubler votre charge d'enseignement quand on veut". Moi, cela ne m'attire pas du tout.

Inscription des étudiants :

[Pour le premier cycle] Tout candidat est libre de s'inscrire dans l'établissement de son choix, sous réserve d’avoir préalablement sollicité une préinscription de façon qu’il puisse bénéficier du dispositif d’information et d’orientation dudit établissement.

L'admission dans les formations du deuxième cycle est ouverte, dans les conditions définies par le conseil d’administration, aux titulaires des diplômes sanctionnant les études de premier cycle ainsi qu'à ceux qui peuvent bénéficier des dispositions de l'article L. 613-5 ou des dérogations prévues par les textes réglementaires.

L'UNEF considère qu'avec la préinscription "le gouvernement ouvre une brèche au mieux inefficace et au pire dangereuse". Je ne suis pas opposé au principe d'une discussion sur les orientations tant qu'on n'oblige personne et que ce n'est pas un mode de sélection larvée, comme souvent pour les orientations en France malheureusement.
Enfin, l'UNEF dénonce le second paragraphe comme un principe de sélection local. Je remarquerai juste qu'à ma connaissance, la sélection existe déjà au niveau Master dans les faits.

Pour conclure, réforme bien française : un chef décide, les principaux acteurs exécutent (subissent ?), il faut que le Président ait accès à toutes les manettes, et plus on descend dans la hiérarchie, plus on est soumis aux aléas du niveau supérieur. C'est probablement intéressant quand le Président tout en haut sait ce qu'il fait.

Lab chronicles II

2007-06-21T20:09:00.000-04:00

Notre jeune professeur est aujourd'hui en visite à New York, au coeur de l'upper East Side. Tout le long de York Avenue s'alignent de célèbres insituts et hôpitaux : Rockefeller University, Cornell Medical School, et surtout le Memorial Sloan-Kettering spécialisé dans la recherche sur le cancer. Descendant la 68ième rue avec un bon ami, il voit un groupe de Dominicains rentrer dans une immense tour en verre, arborant fièrement le nom de la congrégation.
- Et bien, je croyais que seul l'opus Dei possédait des tours dans Manhattan !
- Tu te trompes, la tour n'appartient pas à l'Eglise. En fait, c'est la nouvelle tour du Memorial Sloan-Kettering (MSK).
- Mais c'est un institut de recherche non ? Comprends pas. En tous cas, mazette, ils ont des sous !
- Tu sais, ils se consacrent à la recherche sur le cancer. Beaucoup de riches californiens flippés donnent des fortunes. La tour a été entièrement financée par des dons. C'est sûr qu'on ne connaît pas ça en France ! Pasteur survit-il encore ?
- Difficilement je crois.... En tous cas, c'est impressionnant !
- Plutôt flippant je dirais. Certains l'appellent la tour de Sauron...
- Et pourquoi ces religieux ?
- C'est une longue histoire. Tu vois la petite Eglise à côté ? En fait, elle possédait une partie des terrains sur lesquels est construite la tour. Elle les a revendus au MSK pour qu'ils puissent construire le centre de recherche.
- Plutôt sympa...
- Attends, la suite est trop marrante. En 95, le MSK a donc pu acheter le terrain à prix d'ami. A deux conditions toutefois. La première, c'était que le MSK leur fasse de la place à l'intérieur en remplacement. C'est pour ça que tu peux lire le nom de la congrégation sur la tour.
- Et bien, ils ont le sens des affaires les Dominicains !
- La deuxième condition est hallucinante. Tu connais toute les polémiques sur les cellules souches ? Notamment le fait que comme l'embryon est sacré, c'est un pêché mortel d'utiliser les cellules souches.
- Ah oui, j'ai lu un truc là-dessus récemment. Mais c'est fini maintenant, ils ont réussi à faire des cellules souches que le Vatican approuve ?
- Ouh la, on verra... Mais toujours est-il qu'en 95 et encore aujourd'hui, on était obligé de détruire les embryons pour choper les cellules souches. Et bien les dominicains ont conditionné la vente au fait que le MSK ne fasse pas de recherche sur les cellules souches dans le nouveau bâtiment.
- Quoi ?
- Ouaip, sur les 23 étages de la tour, aucune équipe n'a le droit de travailler sur les cellules souches. L'Eglise te l'a interdit. C'est assez emmerdant, car ils ont transféré pas mal d'équipements dans le nouveau bâtiment. Les gens qui sont restés dans les anciens bâtiments et qui travaillaient sur les cellules souches n'ont plus le droit de se servir de ce matos qu'ils utilisaient quotidiennement. Et puis, rappelle-toi, c'est un centre de recherche contre le cancer. Et entre le cancer et les cellules souches, il y a plein de points communs...
Le plus hallucinant dans cette histoire est que la direction du MSK ait accepté le deal.

Source de l'histoire et de la photo : Natural selection (revue de Rockefeller University)
J'en profite pour mettre un sondage inspiré de celui-ci, dont les résultats sont bien flippants je trouve !

Alors comme ça, il faudrait relativiser le brain drain ?

2007-06-20T19:39:00.000-04:00

Le Monde d'aujourd'hui publie un article tout à fait intéressant sur la fuite des cerveaux. S'appuyant sur l'étude deux X-Mines, l'article affirme, chiffres à l'appui, que la France reste attractive.
Premier extrait intéressant :

Seulement 3 % des chercheurs français s'expatrient, le taux le plus faible d'Europe. Et 80 % reviennent au bout de quelques années, riches de cette expérience. Alors, pourquoi s'alarmer ?

J'ai cherché la source du premier chiffre auquel je ne croyais absolument pas, et suis tombé notamment sur le site d'Egide :

En 1999, 26,2% des doctorants ayant soutenu leur thèse se trouvaient dans un laboratoire étranger 6 mois après l’obtention de leur diplôme contre 23,7% l’année précédente, selon le dernier rapport sur les études doctorales publié par le ministère de l’Education nationale. 18 mois après la thèse, 21,1% des diplômés de 1997 étaient encore hors de l’Hexagone, précise l’étude. Le nombre de post-doc à l’étranger 6 mois ou 18 mois après la thèse varie peu car les séjours post-doctoraux sont généralement d’une durée de deux ans et peuvent durer jusqu’à cinq ans. Ces chiffres cachent toutefois de fortes disparités. Le nombre de jeunes chercheurs français dans les laboratoires étrangers était supérieur à la moyenne dans trois domaines : la chimie (27%), les sciences de la terre et de l’univers (33%) et en biologie, médecine, santé (42%). Après 18 mois, le ministère ne suit plus ces 4 000 post-doc éparpillés à travers le monde dont il est difficile de savoir ce qu’ils sont devenus. Dans une étude publiée en 1999, le CEREQ (Centre d’études et de recherche sur l’emploi et les qualifications) estimait que 3 ans après la thèse, 3% des jeunes chercheurs étaient encore à l’étranger.

Plus du quart des doctorants partent en post-doc à l'étranger (ça me paraît réaliste), n'oublions pas non plus ceux qui partent aussi dans le privé à l'étranger. Donc l'article est faux, au moins 25% des jeunes chercheurs s'expatrient temporairement. Ensuite, 18 mois après la thèse, ils sont encore 21% à l'étranger. A ce stade, le ministère lui-même reconnaît qu'il ne suit plus les post-doc, mais les 3% semblent venir d'une estimation sur les chercheurs à l'étranger 3 ans après la thèse.

J'ai continué mes recherches et suis tombé sur un nom : Philippe Moguérou, qui a apparemment étudié cela avec soin. Quelques extraits de sa thèse (p 192-193):

Globalement, 59% des docteurs de l’échantillon Irédu 2001 ont effectué un post-doctorat à l’issue de leur thèse et 21% deux post-doctorats (Tableau 60). Le post-doc est très courant en sciences de la vie puisque quatre docteurs sur cinq ont réalisé un post-doc dans ces disciplines. Dans les autres champs scientifiques, le post-doc concerne entre un tiers et la moitié des docteurs.

(...)
Le premier post-doc est effectués à l’étranger à 62% contre 43% pour le second post-doc.

Ces chiffres me paraissaient plus raisonnables. Si vous compilez les données, vous en déduisez qu'environ 10% des jeunes docteurs font un deuxième post-doc à l'étranger (donc on peut affirmer sans trop se tromper qu'au moins 10% sont à l'étranger 3 ans après la thèse).

Quelques remarques à ce stade :

ceux qui sont rentrés n'ont pas nécessairement des postes permanents dans la recherche. Sur une autre présentation de Philippe Guérigou, on voit que 20 % des doctorants sont encore en contrat à durée limitée trois ans après leur soutenance. 40% des doctorants en science de la vie sont encore en post-doc. Pour ceux en CDI, 10% des doctorants ayant un emploi sont par exemple enseignant dans le secondaire. La présentation du Monde est ambigue et pourrait laisser à croire que 97% des chercheurs français ont tranquilement des postes permanents de recherche en France trois ans après la thèse, c'est tout à fait faux.
ensuite, un point complètement passé sous silence dans cette article est que la situation a probablement changé ces toutes dernières années. Par exemple en ce qui concerne les recrutements : la limite d'âge au concours d'entrée du CNRS a sauté. La conséquence est que les post-doc sont en train de s'allonger de façon drastique, et qu'à mon avis ces chiffres d'expatriés vont exploser. N'oublions pas non plus les coupes budgétaires depuis 2002, les changements structurels en cours...

Le milieu de l'article nous explique que quand même, la France n'arrive pas à retenir les tout meilleurs (cherchez la contradiction). La fin est assez hallucinante et montre à mon avis un biais hyper élitiste très français :

En biologie, "les dix Français expatriés les plus productifs publient autant que tous les chercheurs de l'Institut Pasteur", (...)
La population à cibler est donc faible. Il doit être envisageable de leur offrir des salaires, une équipe de travail, un budget comparables à ce qui leur est offert outre-Atlantique, avancent les deux auteurs, qui, en tout cas, ne feront pas mentir leurs statistiques.

Cela me rappelle quand Claudie Haigneré avait dit qu'il fallait moins de chercheurs, mais des chercheurs de qualité. En France, on croit que pour avoir de la bonne recherche, il faut cibler les dix meilleurs chercheurs du monde, leur donner plein de sous pour les faire venir en France, et le tour sera joué. Les autres chercheurs sont des pièces rapportées, des nullards qu'il ne faut pas cibler. Autrement dit, on a une vision fondamentalement pyramidale de la recherche, où seul celui qui est en haut de la pyramide compte et passe son temps à produire des idées géniales que ses petites mains vont utiliser. C'est à mon avis une vision de technocrate qui ne sait pas ce que c'est que la recherche.

Car, à l'exception de certaines disciplines (où nous excellons, telles les mathématiques), la recherche ne marche pas comme ça. Les bonnes idées peuvent surgir de n'importe où, et peut-être pas des pointures déjà établies (rappelons qu'un Nobel a sa carrière derrière lui). De plus, une idée ne suffit pas, il faut non seulement l'équipe, mais les post-doc, étudiants de thèse, stagiaires, qui sont les véritables moteurs du labo et doivent eux aussi être très bons, fournir leurs propres idées, construire leur propre démarche. Comment recruter des bons étudiants si ceux-ci n'ont pas de débouchés raisonnables et si on les fout ensuite dehors en leur préférant systématiquement la nouvelle pointure du pays voisin ?

Sans compter que les idées ne surgissent pas en claquant des doigts: il faut des séminaires, des discussions avec les collègues, des synergies, des fertilisations réciproques, un vrai tissu scientifique compétent et réactif. Nos dix super cracks chercheurs permanents en France vont-ils se réunir tous les mois pour partager leurs idées géniales ?

En conclusion, pour avoir une bonne recherche, il faut un système dynamique, en interaction forte, et surtout massif pour ne pas laisser partir la bonne idée, plutôt que le bon chercheur (car de toutes façons, un chercheur a tout au plus une ou deux idées géniales dans sa vie). Tout le contraire du malthusianisme scientifique qu'on nous prescrit dans cette article.

PS: je finis en souscrivant à 100% à ce commentaire, qui a le mérite de rappeler que les chercheurs ne sont pas seulement des ressources qu'il s'agit de s'accaparer:

Morgane G.
20.06.07 | 17h08
Mais bien sûr Annie Kahn, arrêtons de nous alarmer puisqu'ils finissent par revenir! Quelle importance alors que l'on leur impose un exil de plusieurs années, qu'on perde leur fougue, qu'on déstabilise ou retarde leur vie famille et qu'on en perde certains en route? Ils finissent par revenir, c'est donc la preuve irréfutable que le système est bon, et absolument pas un signe qu'ils auraient aimé rester et sont prêts à tout pour que ce soit notre (ingrat?) pays qui profite de leur matière grise.

De final fantasy jusqu'à Einstein, un peu de géométrie

2007-06-19T22:24:00.000-04:00

L'un des jeux vidéos les plus marquants de la fin des années 90 était le cultissime Final Fantasy VII. Comme dans de nombreux RPG, la fine équipe de Cloud Strife fait assez tardivement l'acquisition d'aeronefs (ou, plus pratique, de chocobos dorés), lui permettant de voyager de part le monde. Peu de joueurs s'en sont probablement rendus compte, mais la géométrie du monde de Final Fantasy VII (comme de la plupart des Final Fantasy) est très étrange. Ci-contre, j'ai représenté la carte du monde de Final Fantasy VII avec trois chemins différents d'un point à un autre (vert, jaune et orange). Plusieurs aspects sont surprenants :

d'abord, le plus court chemin d'un point à un autre (géodésique en terme mathématique) est la ligne droite . Autrement dit, le monde de Final Fantasy VII est géométriquement tout plat. Exactement comme le disque-monde de Pratchett (ou comme la vision du monde d'avant Christophe Colomb)
seulement, il n'y a guère de Grande A-Tuin pour porter le monde de Final Fantasy. En effet, la plus grosse curiosité est que ce monde plat n'a pas de bord : sur la carte ci-dessus, les lignes bleues et rouges communiquent entre elles, comme indiqué par les chemins vert et jaune. Le monde de Final Fantasy VII est fermé et on peut revenir à son point de départ en allant tout droit.

Que se passerait-il si le monde de Final Fantasy était une sphère, comme notre bonne vieille Terre ? Sur la figure ci-contre, j'ai tenté de représenter (à peu près) les mêmes chemins :

D'abord, le pôle Nord et le pôle Sud sont séparés et distincts. On n'atteint pas le pôle Sud en remontant vers le pôle Nord.

sur la carte, les plus courts chemins ne sont pas des lignes droites, mais des lignes courbes. C'est dû au fait qu'on ne peut pas projeter une sphère sur un plan sans la déformer.

Concrètement, quand on projette la sphère sur un plan, plus on s'éloigne de l'équateur, plus les distances sont exagérées. Les cas extrêmes sont les pôles : un seul point, se retrouve "étalé" sur toute la longueur de la carte (bandes violettes et bleues). Sur une sphère, les géodésiques sont les arcs de grand cercle, c'est à dire les arcs des cercles à la surface de la sphère la divisant en deux hémisphères égaux. C'est pour cela que pour aller de Paris à New York, on ne reste pas à la même lattitude et on va vers le Nord, passant au large de l'Islande. Quand on projette la sphère sur un plan, ces arcs n'ont aucune raison d'être des lignes droites (sauf exception, comme les méridiens), d'où les lignes courbes ci-dessus. A ce stade, pour ceux que ces géométries non euclidiennes intéressent, je vous renvoie au blog d'eljj pour une petite présentation.

Revenons au monde de Final Fantasy VII. Si celui-ci n'est ni une sphère, ni une galette, qu'est-il donc ? On peut se livrer à l'exercice suivant : on sait que les lignes bleues et rouges de la carte doivent se recouvrir. Enroulons notre carte pour mettre les deux lignes bleues ensemble : on obtient un sympathique cylindre. Maintenant, recollons les deux lignes rouges : on obtient un espèce de beignet, ou encore une chambre à air, qu'on appelle tore en mathématiques. Oui, c'est le principal enseignement de ce billet : les mondes de Final Fantasy sont des beignets.

Un gros problème se pose alors : comme vous le savez sûrement, la force de gravitation exercée par une planète attire vers le centre (de gravité) de celle-ci. Or, pour un tore, le centre... est aussi le centre du trou. Les pauvres habitants de la face intérieure du tore n'ont d'autres choix que de s'accrocher comme des malades à la planète pour ne pas se retrouver flottant au milieu du beignet (voire pire, oscillant d'une paroi du tore à l'autre). On peut également penser que le tore lui-même étant soumis à cette gravité n'est guère stable, et que tôt ou tard, il s'effondrera sur lui-même vers son centre pour former une sympathique sphère.

En revanche, cette géométrie particulière a un avantage certain, surtout dans le contexte de Final Fantasy VII. En effet, l'infâme mais néanmoins classieux Séphiroth tente de précipiter un météore vers le centre de la planète, pensant la détruire. Or, la planète étant en fait un gigantesque anneau, il y a toutes les chances que le météore passe simplement à travers le centre de celui-ci, sans même effleurer la surface du tore. Aucun danger donc pour les habitants; Cloud Strife a probablement travaillé pour rien...

Géométrie, cartes, gravité... quel est le rapport avec Einstein ? On l'a vu plus haut, une même carte peut potentiellement représenter deux géométries fondamentalement différentes. On ne peut donc se contenter d'une simple carte (qui est bêtement un système de coordonnées) pour avoir des informations sur la surface qu'on explore. Il faut compléter en définissant sur la carte en chaque point une géométrie donnée (qui est en très grossier la donnée des géodésiques locales). Cette géométrie est encodée mathématiquement par un objet mathématique appelé tenseur métrique (ou métrique pour faire court). Si vous regardez la page wikipedia, vous verrez que ce tenseur métrique n'est en gros qu'une matrice permettant notamment de calculer les distances sur notre surface (ce qui permet par exemple à l'ordinateur de Cloud Strife de choisir le plus court chemin pour aller d'un point à un autre).

En fait, Einstein (et Hilbert) ont modélisé les interactions entre cette métrique, cette géométrie de l'espace, et ce qu'il contient, la matière. L'idée géniale est de dire :

que les objets physiques suivent toujours des géodésiques,
mais que la matière modifie la géométrie autour d'elle.

Imaginons un monde où la matière n'influe pas sur la géométrie : les objets suivent alors un mouvement rectiligne uniforme (géodésique de l'espace euclidien, comme dans le principe d'inertie de Galilée, bien connu des lycéens) et des objets "éloignés" ne se voient pas. En revanche, si la matière influence la géométrie, elle modifie les géodésiques localement. Si un objet suit une géodésique, il va alors se retrouver comme "attiré" par la matière locale. Cette attraction effective, qui est un effet purement géométrique, est ce qu'on appelle gravité.

L'équation d'Einstein, à la base de la relativité générale, contenant tout ce modèle, sépare de façon très claire les deux aspects :
Les termes à gauche du signe égal sont des termes purement géométriques (le grand lambda étant d'ailleurs la fameuse constante cosmologique), le terme à droite est le tenseur énergie impulsion, qui modélise la matière. Un simple signe égal couple matière et géométrie et invente la relativité générale...

Geekeries du dimanche V

2007-06-17T08:07:00.000-04:00

Quelques trucs plus ou moins stupides glanés ici ou là :

D'après le Monde, les Etats-Unis ont leur merveille du Monde... J'ai téléchargé l'itinéraire pour y aller depuis New York ! (Apparemment, ils l'ont modifié entre temps ;) )

Spéciale dédicace au bacterioblog : il existe désormais des peluches de vos bactéries favorites ! Elles sont très mignonnes...
Aujourd'hui, les français votent. Un truc qui m'a beaucoup étonné dans les résultats du premier tour (comme pour les présidentielles) est le poids des particularismes locaux : certaines régions votent à 60% UMP dès le premier tour là où d'autres régions sont beaucoup plus dans la moyenne nationale, et d'autres encore plus biaisées à gauche. Cela peut paraître peu surprenant de prime abord, mais quand on voit qu'Hervé Gaymard a obtenu plus de 24000 voix au premier tour représentant 51% des voix,
on peut légitimement se demander comment des sondages faits sur 900 électeurs "représentatifs" arrivent à être si fiables au niveau national. Cela signifie sans aucun doute qu'il y a en fait des déterminants extrêmement forts dans le vote (probablement la profession) car c'est la seule façon d'avoir des échantillons aussi petits fiables quand on voit à quel point des populations 25 fois plus grandes ne sont pas représentatives.
Cela vous a peut-être échappé, mais le football de sélection est peut-être mort vendredi. Si la FIFA décide de privilégier les clubs par rapport aux sélections, on peut dire adieu à la Coupe du Monde.
Dans un peu plus d'un mois sort l'ultime Harry Potter ! Moment historique ! J'aimerais bien faire quelque chose pour marquer le coup, mais je ne sais pas trop quoi... Peut-être du live blogging-reading ? En tous cas, la bande-annonce du nouveau film qui sort quelques jours plus tôt est bien flippante.

Voilà, c'est tout pour cette fois !

Lab chronicles I

2007-06-15T19:05:00.000-04:00

(Après son post-doc aux Etats-Unis, un jeune français a obtenu un poste de prof -tenure track- et a décidé de s'installer en Amérique du Nord. Avec lui, découvrons les moeurs du labo et de l'Amérique dans laquelle il vit au quotidien. Toute ressemblance avec une situation vécue... n'a rien de fortuit !)

Un jeune doctorant frappe à la porte. Le prof lève le nez de ses demandes de grants et le fait entrer, un peu surpris. Il faut dire que c'est l'une des premières fois qu'il parle avec le doctorant en question, qui n'est pas sous sa responsabilité.
- Qu'est-ce qui vous amène très cher ?
- Et bien, Docteur, c'est un peu délicat. Je suis très gêné de vous parler de ça, mais ...
- Quoi donc ?
- C'est à propos de votre post-doc.
Le jeune professeur fronce les sourcils. Pas évident de s'installer. L'enveloppe de base d'un professeur débutant lui a permis de recruter un post-doc, P. , un doctorant, D., et d'acheter un peu de matériel. Mais il faudra compter sur les futures grants pour développer le labo. Seulement, les demandes de grant sont aux chercheurs américains ce que la candidature au CNRS est au post-doc français : une épreuve qu'il faudra repasser chaque année jusqu'au succès éventuel. A la différence que les chances de succès à moyen terme sont plus conséquentes : il y a de fait pas mal de grants allouées. Mais revenons à nos moutons.
- euh... qu'est-ce qui se passe ? Il y a un problème ?
- c'est-à-dire que... comment dire... parfois ce n'est pas évident de travailler près de lui...
- ???
- et bien, en fait... il ne sent pas très bon.
- ah
Le professeur commence à se faire du souci. P. vient d'un pays moins développé, avec sa propre culture. En particulier, P n'est pas du genre à venir en tongues et en short au labo, comme tout le monde ici, mais préfère venir bien habillé. Ce qui peut poser effectivement problème durant les grosses chaleurs, ce que le jeune professeur avait en fait déjà constaté en travaillant à ses côtés. Mais il s'en était alors très bien accomodé...
- vous comprenez, c'est parfois un peu difficile. Cela n'a rien de personnel, mais ce serait bien de faire quelque chose
- Bien, je comprends, je vais lui parler.
Le jeune professeur, avant de prendre quelque décision que ce soit, décide de consulter.
Un prof venant de la même culture que P. est formel : "Pas de problèmes, il n'y a pas d'interdit culturel chez moi qui empêche une telle discussion, soyez franc, ca ira très bien."
Un ami prof bien implanté :" Qu'est-ce qu'il faut pas faire quand on est prof ! Essaie d'y aller avec tact".
L'avis d'un ami américain... le surprend un peu :
- Ah oui, je vois de quoi tu parles. Cela nous est arrivé aussi dans notre labo. On a alors eu une super idée : comme on ne voulait vexer personne, on a organisé une grande fête de bienvenue pour les étudiants gradués. On a alors offert à chacun... une trousse de toilette ! Mais attention, hein, il y avait aussi des barres chocolatées, des trucs comme ça, pour que cela ne soit pas trop bizarre. Et bien, cela a clairement amélioré les choses !!!
- mais... je ne crois pas que cela soit le problème ! Je suis sûr qu'il se lave tous les matins, simplement, comme il fait chaud et tout... Indépendamment de cela, de toutes façons, tu ne peux pas obliger les gens à se laver.
- détrompe-toi !
- quoi ??
- et bien, ici, dans certaines entreprises, les employés ont l'obligation de se laver et de se brosser les dents avant de venir.
- ah bon ? Et qu'est-ce qu'il se passe s'ils oublient de se brosser les dents ? Ils sont virés ?
- non non. Mais l'entreprise dispose d'un coach "hygiène". Celui-ci peut-être sollicité par les employés "incommodés", et faire un diagnostic en cas de problème...
- sans blague
- c'est arrivé dans l'entreprise de ma cousine. Un employé ne sentait pas très bon. Et bien, le coach hygiène a trouvé que c'était parce que l'employé cuisinait du poisson chez lui ! Et lui a recommandé de changer de vêtement avant de revenir travailler.
- génial...
- n'est-ce pas ?

Finalement, le jeune professeur joue une carte plus fine, et peut-être plus proche de la réalité.
- Cher P, tu sais que la culture ici est un peu différente
- Oh oui, effectivement, je trouve que c'est un peu le bordel globalement
- c'est vrai. Quoi qu'il en soit, les Américains sont particuliers, moi aussi j'ai du mal parfois.
- oui, je comprends
- donc en fait, ils sont particulièrement sensibles à certains aspects personnels... par exemple la moindre odeur corporelle les dérange.
- ?
- et en fait... certains se sont plaints auprès de moi te concernant.
- oh... Mais vous savez, c'est vrai que je ne me mets pas de déodorant, mais c'est parce que je suis allergique.
- ah OK. Je suis sûr qu'on peut trouver une solution. Il y a des trucs en pharmacie ici... En tous cas, ne t'en fais pas, et s'ils t'embêtent ... dis-le moi, je suis là pour te défendre !
- merci. Je vais essayer de faire quelque chose...
P. s'en retourne, pas trop vexé (en tous cas, c'est ce que le professeur espère). Notre jeune prof se rappelle alors que le jeune doctorant incommodé, en partant, s'était aussi plaint de l'odeur de son bureau...

Le père de la biologie synthétique est mort

2007-06-11T20:09:00.000-04:00

Je suis très en retard dans ma lecture de Time, j'apprends seulement aujourd'hui que deux jours après Pierre-Gilles de Gennes, une figure légendaire de la science s'est éteinte : il s'agit de Stanley Miller.

Vous avez probablement déjà entendu parler de Stanley Miller, très connu pour une expérience publiée en 1953, ouvrant, croyait-on alors, de belles perspectives pour l'étude des origines de la vie. Soumettant un mélange de gaz et d'eau à des décharges électriques, Miller observa l'apparition spontanée d'acides aminés, briques élémentaires des protéines. Son expérience montrait donc qu'il était possible de "créer" quasiment ex-nihilo des briques biochimiques, pouvant éventuellement se combiner en proto-organismes et être ensuite sélectionnés au cours de l'évolution pour (re)commencer l'histoire de la vie.

Comme l'explique bien l'article du New York Times, après ces débuts prometteurs, le domaine, probablement trop ardu, a malheureusement stagné. L'atmosphère primitive était probablement différente de ce que croyait Miller, et il semble impossible de produire spontanément de la même façon de l'ARN ou de l'ADN. Certains travaux théoriques et surtout expérimentaux -dont j'avais déjà parlé ici et là- ont fait avancer les choses récemment, mais il est clair que la création de la vie "in vitro" reste encore un graal inaccessible.

Responsabilité des scientifiques et confusion des ordres ?

2007-06-10T09:42:00.000-04:00

A la suite du dernier billet d'Enro, certains commentateurs s'interrogent sur la responsabilité des scientifiques. L'épouvantail préféré est encore une fois Axel Kahn, auquel on reproche d'avoir été payé par Rhône-Poulenc tout en défendant les cultures transgéniques [1].

La question est la suivante : quelle doit être alors l'attitude de la communauté scientifique en général et des scientifiques impliqués en particulier, face à des recherches dont l'utilisation peut-être contestable, moralement ou politiquement ?

Il se trouve que je suis en train de lire "Le capitalisme est-il moral ?" d'André Comte-Sponville dont Seven nous avait si bien parlé. Le billet de Seven résume la thèse centrale de l'oeuvre, qui divise la réalité en 4 ordres : ordre 1, technico-scientifique, ordre 2 politico-judiciaire, ordre 3 moral, ordre 4 éthique ou amour. Pour Comte-Sponville, chaque ordre doit être limité, complété par l'ordre suivant. Dans cette vision, le seul rôle du scientifique, c'est d'étudier ce qui est vrai ou faux, possible ou impossible. Il n'y a donc aucune dimension morale dans la science a priori. Voir aussi cet exemple donné par Benjamin à l'occasion de la polémique sur "le gène de la pédophilie" :

J'ai assisté à une conférence informelle par un professeur de génétique des populations, Pierre-Henri Gouyon, une sorte de Dawkins à la française, tout aussi provocateur mais se préoccupant d'éthique. Il rapportait les déclarations de généticiens quant au fondement génétique des races humaines, qui ressemblaient à: "de toutes façons, le racisme n'a aucune base scientifique, car on peut montrer que les races humaines n'existent pas, génétiquement parlant". C'est vrai, c'est un fait, on constate une importante diversité dans l'espèce humaine qui contredit tout regroupement par race. Mais, comme le dit mon conférencier: "et si on avait trouvé une base génétique? Il aurait fallu être raciste?".

S'ils existaient, faudrait-il que les scientifiques s'interdisent de travailler sur des gènes définissant "une race" pour prévenir l'exploitation que pourraient en faire certains racistes ?

L'histoire des sciences est constellée d'exemples de découvertes allant "à l'encontre" de la morale, en particulier en biologie. Rappelons que certains ne se sont toujours pas remis de l'énoncé de la théorie de l'évolution. Darwin aurait-il dû arrêter ces recherches au motif que celles-ci allaient à contre-courant de la morale dominante ?

Je pense également au Projet Manhattan. Les réactions après l'explosion de la première bombe atomique sont éloquentes :

Oppenheimer se rappela l'un de ses passages préférés d'un texte Sanskrit (le Bhagavad-Gita du dieu Shiva) : Maintenant je suis Shiva, le destructeur de mondes...
Plus prosaïquement, son adjoint Kenneth Bainbridge, responsable des essais répondra :
À partir de maintenant, nous sommes tous des fils de pute

Cet exemple souligne un autre point : ce qui nous semble contestable ou limite éthiquement peut sembler après réflexion tout à fait valide et justifié aux scientifiques impliqués. Les chercheurs du projet Manhattan savaient très bien qu'ils créaient une arme terrifiante et avaient probablement conscience de leurs responsabilités, mais ils pensaient alors qu'une bombe atomique US valait mieux qu'une bombe atomique nazie. Je suis pour ma part tout à fait certain que les scientifiques pro-OGM, pro-nanotechnologies ou pro-nucléaire sont la plupart du temps totalement convaincus des thèses qu'ils défendent, quand bien même ils seraient financés par tel ou tel lobby. C'est bel et bien Einstein lui-même, grand scientifique et pacifiste notoire, qui a mis en branle le projet Manhattan. Pour reprendre la distinction de Comte-Sponville, quand on pense que l'ordre 1 va dans la même direction que l'ordre 2 ou l'ordre 3, pourquoi s'interdire quoi que ce soit ?

Ma conclusion, c'est qu'en général, toute autorégulation est à la fois néfaste (car dans ce cas on peut potentiellement "s'aveugler" pour des raisons morales) et a priori impossible (car la politique ou la morale sont avant tout affaire d'opinions personnelles). Comme Comte-Sponville, je pense qu'il faut compléter l'ordre 1 avec l'ordre 2 : c'est au pouvoir politique de limiter, c'est aux citoyens d'imposer des règles et des limites dans lesquelles les scientifiques doivent évoluer.

Corollaires :

les scientifiques étant eux-mêmes des citoyens, ils ont tout à fait normalement leur rôle dans ces débats, et c'est normal qu'ils prennent position publiquement pour certains
les citoyens doivent absolument être suffisamment informés, éduqués et impliqués dans la science pour prendre des décisions en toute connaissance de cause,
on ne peut en appeler à "l'autorité des scientifiques" pour justifier des décisions comme allant de soi; au final, il appartient bien aux citoyens (par l'intermédiaire du pouvoir politique) de réguler et de trancher.

[1] A ce propos, il serait intéressant de faire une liste des scientifiques célèbres et de leurs liens avec l'industrie. Pourquoi tombe-t-on toujours sur A. Kahn ? Par exemple, les problèmes de mouillage étudiés par De Gennes et ses collaborateurs ont des applications industrielles directes, notamment dans l'application de pesticides. Pour citer un autre Nobel, Charpak, notoirement pro-nucléaire, a des liens très fort avec la COGEMA par exemple.

Lassitude du post-doc après les concours

2007-06-05T21:21:00.000-04:00

Le verdict est tombé, je suis rentré bredouille cette année et resterai en post-doc. Comme l'an dernier, j'ai été parfois classé, mais toujours du mauvais côté de la barrière.

J'ai déjà bien critiqué dans ces pages les concours de recrutement. Cette fois-ci, j'ai vraiment senti l'odeur des petites cuisines politiques, l'odeur d'un certain mépris pour les candidats (lapsus révélateur, j'avais écrit étudiants). Ah cette histoire terrible de la commission de "spécialistes" ayant convoqué un expérimentateur du bout du monde pour être auditionné sur un poste ... de théoricien ! Parfois le sentiment que nous ne sommes là que pour "faire du chiffre", que l'image des labos dépend du nombre de candidats et que donc ceux-ci sont parfois prêts à tout pour que vous candidatiez chez eux ... pour à la fin soutenir un autre candidat en vous disant le contraire.

Plus généralement, mes perspectives scientifiques en France me semblent troublées. Oui, je m'intéresse à l'interface physique-biologie, oui, la dernière fois que j'ai écrit un Lagrangien, j'étais en DEA, et oui, dans mon domaine, on publie très peu, moi le premier malheureusement. Mais ma dernière publication de thèse est typique "système dynamique", je m'intéresse à la morphogenèse en biologie, et j'essaie plus généralement de développer de vraies approches quantitatives dans un domaine quasiment vierge théoriquement. Alors, quand on me demande dans une audition "quel est l'intérêt de ce que je fais pour la physique ?", je tombe des nues. Je ne savais pas qu'il y avait un indice de pureté disciplinaire, que le corporatisme s'exerçait à l'intérieur des disciplines. Je ne peux m'empêcher de pester contre tous ces profils généraux, ouverts à tous, ce qui entraîne une masse de candidats, des commissions de spécialistes incompétentes dans tous les sujets "à la marge", et qui, par calcul ou par "sécurité", se retrouvent sur des critères un peu absurdes pour sélectionner. Ainsi, mieux vaut-il être troisième auteur d'un papier de Science que premier auteur d'un PNAS...

Sentiment d'absurdité. Des sacrifices personnels énormes (trois ans sans ma femme - et je ne suis pas le seul), après des études longues et difficiles, et des choix qui paraissent rétrospectivement un tantinet idéalistes - j'ai bien bradé mon parcours en école d'ingénieur. Un certain étonnement devant la légéreté de la plupart des chercheurs en place, qui mettent un petit mouchoir sur la masse des étudiants bien pratiques pendant leur thèse, mais qui se retrouvent dans la nature après des années consacrées à la recherche académique. Pas tous bien sûr; en ce qui me concerne, j'ai la chance d'avoir un directeur de thèse sympa qui me remonte le moral et m'encourage - mais c'est loin d'être la règle. Vous me direz peut-être que j'ai bien bénéficié du système méritocratique à la française jusque maintenant, et que je suis un peu hypocrite de m'en plaindre. Ce n'est pas entièrement faux, mais contrairement à la prépa ou à l'école d'ingé, c'est la première fois que j'ai le sentiment que l'échec serait dur à surmonter, qu'en dehors de la voie toute tracée, nous serions dans les limbes.

Maintenant que faire ? J'aime bien ce que je fais, j'y crois, et je ne crois pas être mauvais, donc l'option "tenure track" est à étudier. Mais ne devrais-je pas plutôt me recycler ? Dans ce cas, ne suis-je pas déjà hors course du fait de mes intérêts scientifiques un peu originaux ? Tant d'amis utilisant leurs compétences dans la finance ou ailleurs... Je rêve aussi d'écrire, de développer les sujets abordés sur ce blog, de vulgariser, d'enseigner. Mais se pose bien vite le problème de la localisation géographique : à bientôt 30 ans, aucune envie de passer des années loin de ma femme...

Je fais une dernière année en post-doc, j'ouvre grand les oreilles à toutes les possibilités, et l'an prochain probablement, je bouge.

Contre-arguments classiques contre le réchauffement climatique

2007-06-04T17:49:00.000-04:00

J'avais promis dans un commentaire d'un billet précédent de détailler un peu certaines erreurs dans les discours anti-réchauffement climatique . Je vais tenter de m'y atteler dans ce billet en faisant une liste des arguments régulièrement employés contre les preuves du réchauffement climatique, et des pistes pour les contre-arguments, la plupart tirées du remarquable site web de Jean-Marc Jancovici, www.manicore.com.

Catégorie d'arguments 1, le déni : Il n'y a pas de réchauffement climatique.

Peu de gens aujourd'hui restent sur cette ligne. L'exemple le plus récent est Allègre dans sa tribune de l'Express :

Après le mois d'août qu'a connu la moitié nord de la France, les Cassandre du réchauffement auront du pain sur la planche pour faire avaler leurs certitudes à nos compatriotes.

Notez la subtilité de l'agument...

Allègre dans cette tribune joue sur les mots. Il reconnaît un changement climatique, avec brusques fluctuations, mais insiste en fait sur deux points :

cela n'a pas de sens de parler de réchauffement général, le système climatique est quelque chose de très compliqué ("le climat est un phénomène capricieux")
corollaire : tout cela est trop compliqué, on n'est pas capable de dire quoi que ce soit, donc ne paniquons pas et surtout ne nous embarquons pas dans des mesures qui risquent de nuire à notre économie

Contre-argument : la température moyenne monte, c'est un fait, il suffit de regarder les graphes. Et monte très violemment lorsqu'on met en perspective aves les décennies et siècles précédents (source image : site de Jean-Marc Jancovici).

Catégorie 2, le déni des causes anthropiques :

Imaginons maintenant que votre interlocuteur reconnaisse la réalité du réchauffement climatique (ou comme Allègre des "changements climatiques"). La deuxième stratégie employée par les détracteurs du réchauffement climatique est d'affirmer que l'homme n'est pas la cause du réchauffement observé. Parmi les causes fréquemment évoquées, il y a des effets "célestes" : activités solaires inhabituelles, rayons cosmiques... Exemple, ce billet de DaveScot sur uncommondescent :

In a nutshell - cosmic rays induce particle formation in the atmosphere. Water droplets coalesce around these particles producing clouds. Clouds reflect sunlight back into space. The more clouds the cooler it is and the fewer clouds the hotter it is.

Autre argument : s'il y a corrélation parfaite historiquement entre température moyenne et concentration de CO2 (source image, entre apparemment les concentrations de gaz à effet de serre, et un indicateur de la température qui semble être la concentration de deuterium dans la glace), impossible de savoir si c'est le CO2 qui cause l'augmentation de la température... ou le contraire. Voir par exemple ce billet d'un physicien.

Conclusion immédiate: le CO2 n'a rien à voir, ne faisons rien, nous n'y sommes pour rien, et nous risquons de brider l'économie.

Les contre-arguments sont relativement simples. C'est parfaitement vrai que les changements de température entraînent des modifications de la composition en CO2 de l'atmosphère, c'est aussi parfaitement vrai qu'il y a des modifications de climat d'origine non humaine (voir un exemple ici sur ce blog). Seulement :

il est clair que l'activité humaine a une influence massive sur la composition de l'atmosphère en CO2. Depuis le début de l'aire industrielle, les concentrations de CO2 dans l'atmosphère ont cru exponentiellement (voir une explication détaillée sur le site de Jean-Marc Jancovici). Personne ne niant que le CO2 soit un gaz à effet de serre, on peut s'attendre à un réchauffement.
quand on regarde les ordres de grandeur avec attention, on s'aperçoit que les concentrations de CO2 observées aujourd'hui ne sont pas compatibles avec des variations naturelles. Jamais les concentrations de CO2 dans l'atmosphère n'ont été si élevées, et de très loin (380 ppm aujourd'hui, contre au plus 280 dans les millénaires passés, toujours d'après www.manicore.com). Il y a très très longtemps (plusieurs centaines de millions d'années), la concentration de CO2 était plus élevée, mais la tendance globale était très clairement à la baisse depuis, en gros, l'apparition des animaux, et en quelques années nous l'avons totalement inversée.
Enfin, toujours sur les ordres de grandeur, on peut évaluer avec des modèles "l'origine" du réchauffement. Il est alors très clair (figure ci-contre, toujours tirée du même site) que ce sont les gaz à effet de serre qui contribuent aujourd'hui le plus significativement au "forçage" climatique. Comme le dit Jean-Marc Jancovici :

C'est bien ce changement d'ordre de grandeur qui est la cause du problème
Ordre de grandeur ? Malheureusement, une notion quasi inconnue de la plupart des électeurs comme des décideurs, que ce soit en climatologie ou en économie...

Catégorie 3, les mécanismes de compensation vont nous sauver

Bien, une fois le réchauffement établi, comment nous sauver sans toucher à nos rejets de CO2 pour ne pas plomber l'économie ? Les détracteurs sortent du chapeau les fameux mécanismes de compensation:

effet de l'albédo : une Terre plus chaude entraîne plus d'évaporation, plus de nuages et donc plus de rayonnement solaire se réfléchissant à l'extérieur
absorption du CO2 dans l'océan
augmentation du CO2 qui entraînerait un développement compensatoire de la végétation qui stocke à son tour du CO2
...

Voir par exemple ce billet de DaveScot, toujours sur uncommondessent.
C'est beaucoup plus difficile de répondre à ce genre d'arguments qui deviennent très techniques (y compris pour ceux qui les mettent en avant). Cependant, l'étude des flux de carbone montre que si le changement de température change effectivement ces différents mécanismes, cela ne va pas nécessairement dans le bon sens. Il est possible qu'il y ait une "loi de Murphy" climatique, un effet d'emballement - à savoir que le réchauffement climatique soit suffisant pour déstabiliser le système et transformer les puits de carbone en source, menant alors à un effet "cocotte-minute". Par ailleurs, d'un simple point de vue de physicien "système-dynamique", si on considère le climat comme un équilibre, il n'y a aucune chance qu'en changeant un paramètre du système, on se retrouve à peu de choses près à la même position d'équilibre. Ce serait au contraire miraculeux si c'était le cas !

Catégorie 4, le réchauffement climatique, c'est bien.

Peu de gens sont assez gonflés pour oser ce genre de sortie. J'avais parlé récemment d'Eric Le Boucher qui, dans une tribune remarquée, suggérait que plus de soleil étant bon pour l'économie, il n'y avait rien à craindre du réchauffement. Mais l'exemple le plus extraordinaire est donné par mon homme de paille préféré, DaveScot :

More CO2 is a good thing. Every commercial greenhouse knows it and many of them artificially boost it by releasing CO2 from tanks. It’s important that everyone else knows it too.
For those friendly to intelligent design I’d ask if this relationship between fossil fuel, atmospheric CO2, increased plant growth, lengthening the growing season in higher latitude land masses, and better water efficiency is all just a happy coincidence that helps feed a growing human population or whether it’s not a coincidence at all but rather part of some larger plan for humanity.

Le largage de CO2 comme dessein divin pour rétablir le jardin d'Eden, il fallait oser...

Contre-argument : Difficile de savoir les conséquences exactes du réchauffement, qui pourraient être véritablement apocalyptiques. Outre les déplacements d'espèces animales et les épidémies qui peuvent s'en suivre, on peut s'inquiéter de futures guerres de l'eau, de déplacements massifs de populations, sources de tension et probablement de guerres. Par ailleurs, comme le dit très bien Jancovici dans son livre "Le plein, s'il vous plaît ?", il se trouve que la pénurie pétrolière risque de coïncider avec les premières conséquences sérieuses du réchauffement. Au moment où on aurait le plus besoin d'énergie pour résoudre les problèmes, le prix de celle-ci risque de flamber. Autant dire qu'on est très très mal barré, et que de mon côté, je suis converti à la seule solution qui me semble raisonnable à court terme, à savoir, payer l'énergie à son juste prix et taxer violemment les combustibles fossiles.

Grand opening : Creation Museum

2007-05-29T19:49:00.000-04:00

Un des titres de CNN ce matin : le musée de la Création est enfin ouvert ! Pour un tour virtuel, rendez vous sur le célèbre site answergenesis.org, où la couleur est clairement annoncée :

Explore the wonders of creation. The imprint of the Creator is all around us. And the Bible’s clear—heaven and earth in six 24-hour days, earth before sun, birds before lizards.

Other surprises are just around the corner. Adam and apes share the same birthday. The first man walked with dinosaurs and named them all!

God’s Word is true, or evolution is true. No millions of years. There’s no room for compromise.

Rappelons que ce musée fait partie de la stratégie globale du mouvement du dessein intelligent (intelligent design ou ID) visant à combattre la science "sur son terrain". Après le think tank estampillé ID, les revues ID (dont nous parlait récemment Enro), voici donc le premier musée ID. A quand l'université et les doctorats ?

Le New York Times nous convie à une visite guidée. Texte très intéressant à mon avis. Il permet notamment de comprendre la version que je qualifierais "d'officielle" du mouvement créationniste. En effet, le problème avec la non-science est qu'il est assez difficile de se mettre d'accord sur des faits scientifiques... qui n'en sont pas (ah le sexe des anges !). D'où plusieurs versions de la création, depuis l'interprétation littérale de la Genèse jusqu'à l'évolution théistique, défendue notamment par de rares scientifiques comme Francis Collins qui croient que Dieu peut intervenir ponctuellement dans l'univers (par exemple pour féconder la Vierge - voir ce billet )

Donc si vous visitez ce musée, vous apprendrez que la Terre a été créée il y a 6000 ans. Les dinosaures (qui plaisent tant aux enfants - très bonne stratégie marketing) ont été créés le sixième jour. Comme le souligne l'auteur de l'article, c'est déjà une évolution radicale des tenants du créationnisme qui ont longtemps ignoré les fossiles. Ces fameux fossiles, donc, sont en fait directement issus... du déluge bien sûr ! Et oui, il fallait y penser : les précipitations divines ont tué les animaux et les sédiments se déposant alors ont permis la fossilisation. D'ailleurs, des dinosaures étaient bien évidemment sur l'arche de Noé...

Le discours moral sous-jacent est à l'avenant. La légende veut que Darwin soit devenu athée en particulier en constatant la cruauté terrible de la nature, reposant sur la lutte pour la vie ("struggle for life"). Le musée de la Création offre au contraire une vision idéale, harmonieuse de la Nature, dans laquelle cohabitent en bonne intelligence toutes les espèces animales. Ainsi les dinosaures sont-ils tous herbivores dans le jardin d'Eden ! Et lorsque le musée nous montre un fossile d'un poisson en dévorant un autre, c'est pour mieux souligner comment s'est exercé le "jugement de Dieu" qui a décidé de noyer sous les flots cette nature pécheresse :

Meanwhile a remarkable fossil of a perch devouring a herring found in Wyoming offers “silent testimony to God’s worldwide judgment,” not because it shows a predator and prey, but because the two perished — somehow getting preserved in stone — during Noah’s flood. Nearly all fossils, the museum asserts, are relics of that divine retribution.

Pour tout vous dire, je n'ai qu'une hâte : aller voir cet ovni de mes propres yeux...

Al Gore et la raison

2007-05-27T15:36:00.000-04:00

Préambule : ce billet est tout à la gloire d'Al Gore et de l'Amérique qu'il représente.

Al Gore est partout en ce moment. En couverture de Time Magazine. Sur CNN interviewé par Larry King. Sur des chaînes locales du câble, participant à des débats (participatifs ?). Il sort en fait ces jours-ci un livre, intitulé The assault on Reason (suivre le lien pour un extrait), dans lequel il livre son diagnostic sur les années Bush, années qui ont coïncidé, selon lui, à une négation de la raison au profit... d'on ne sait trop quoi à vrai dire, une espèce de paresse intellectuelle, de facilité, de malhonnêteté dans l'analyse des événements aboutissant à des prises de décision absurdes aux motivations soit inavouables, soit bêtement irrationnelles. Attaque frontale contre tout un système, son livre sonne comme une alerte rouge :

American democracy is now in danger-- not from any one set of ideas, but from unprecedented changes in the environment within which ideas either live and spread, or wither and die. I do not mean the physical environment; I mean what is called the public sphere, or the marketplace of ideas.

Gore s'attaque violemment à la télévision, qu'il accuse, en gros, de n'être qu'une vaste entreprise de fabrique de crétins. Il livre également quelques anecdotes amusantes sur les "manipulations" des élections. Il raconte comment la politique américaine s'emploie aujourd'hui à "segmenter" les propositions, afin d'individualiser au maximum les propositions, ou encore comment les sondages "qualitatifs" ont été utilisés quotidiennement dans ses propres campagnes afin d'orienter son discours et de favoriser les sondages. A méditer après notre propre campagne électorale.

Les solutions proposées par Gore sont à la fois simples et novatrices : le développement de nouveaux agoras publics (notamment via internet) et la réhabilitation de la Raison.

As a result, our democracy is in danger of being hollowed out. In order to reclaim our birthright, we Americans must resolve to repair the systemic decay of the public forum. We must create new ways to engage in a genuine and not manipulative conversation about our future. We must stop tolerating the rejection and distortion of science. We must insist on an end to the cynical use of pseudo-studies known to be false for the purpose of intentionally clouding the public's ability to discern the truth. Americans in both parties should insist on the re-establishment of respect for the rule of reason.

Qu'il est bon de voir un appel à la raison (que je crois sincère), par un ex-homme politique qui n'a plus rien à démontrer sur ce plan [1] !

Le plus fascinant est qu'il se met en place au même moment le discours antisymétrique. L'Amérique bushiste fait bloc : Gore l'attaquant sur plusieurs fronts, elle contre-attaque aussi sur plusieurs fronts. Ainsi, uncommondescent, le blog central du mouvement du dessein intelligent (ID) mène actuellement une campagne ... dénonçant le discours sur le réchauffement climatique ! Il est assez fascinant de voir comment les partisans de l'ID s'attaquent maintenant aussi aux théories sur le réchauffement climatique, utilisant exactement les mêmes arguments rhétoriques et contre-expertises que dans leurs critiques de la théorie de l'évolution. En matière de discussion sur le climat, c'est d'ailleurs assez courant et assez facile : méconnaissance totale des ordres de grandeur, confusion entre corrélation/cause et conséquence, oubli volontaire ou distorsion des mécanismes de couplage et de rétroaction... Etonnant de voir comment, d'un côté comme de l'autre, les mouvements de pensées se structurent en blocs cohérents : face aux appels à la science et à la raison des "liberals" "pro"science et "anti" guerre en Irak, le mouvement du dessein intelligent veut pouvoir tranquilement croire en la Bible, rouler en gros 4x4 polluant et casser la gueule des ennemis désignés.

Pour conclure sur une note française, j'ai le sentiment qu'aujourd'hui la même cohérence semble émerger chez nous: ceux qui croient au gène de la pédophilie se rapprochent de ceux qui peuvent prôner un mode particulier d'interventionnisme extérieur, dénoncer le discours sur réchauffement climatique, tout en copinant avec les grands médias pourvoyeurs de saines distractions. Le discours politique ne fait plus appel à l'intérêt général, mais plus au souci individuel, privilégiant l'émotion sur la raison. OK, je concède qu'on a eu aussi la petite pique de Bayrou contre les médias, mais quel homme politique français oserait affirmer que TF1 n'est là que pour laver le cerveau des télespectateurs [2] ?

L'Amérique, au moins, possède un Al Gore [3], qui, s'il l'exclut pour l'instant, ne ferme pas la porte à une candidature pour la présidence 2008. Chose impensable dans la France de 2002-2007, il a même affirmé hier soir à Larry King sur CNN qui revenait de manière insistante sur le sujet qu'étant encore à 500 jours des élections présidentielles, toute cette agitation était bien prématurée, précisant qu'il était résolument opposé à cette espèce de campagne électorale permanente actuelle (sous-entendant peut-être - wishful thinking - que sa position sur sa candidature pourrait évoluer plus près des échéances). Ah, si seulement Al Gore était français... mais peut-être pour le monde est-il aussi bien qu'il soit américain.

[1] Gore est un des rares a avoir voté contre la guerre en Irak; je ne parle évidemment pas de son action permanente pour vulgariser le réchauffement climatique. Pas simplement un homme de discours, donc. N'oublions pas non plus que Gore valorise constamment ses études universitaires, racontant notamment sa prise de conscience lors de ses premiers cours sur le réchauffement climatique, ayant aussi rédigé des mémoires sur l'influence des médias sur la société.
[2] OK tout le monde le sait vu que Le Lay lui-même l'a reconnu... enfin, tout le monde, disons surtout tout le monde bien informé
[3] Al Gore lui même n'étant que la face émergée et visible d'un iceberg, d'un mouvement de pensée très vivace aux US ... mais totalement éteint et desorganisé chez nous ;(

Classique : la première "horloge circadienne"

2007-05-24T19:02:00.001-04:00

Pour la première fois sur ce blog, une publication complète ci-contre, tirée d'un compte-rendu de l'Académie Royale des Sciences !

En 1729, Jean-Jacques d'Ortous de Mairan remarque que les feuilles d'une plante, la sensitive, "se dirigent toujours vers le côté d'où vient la plus grande lumière" et surtout "se replient et se contractent vers le coucher du Soleil". Notre académicien a alors l'idée de l'expérience qui va le faire passer à la postérité : il place cette plante dans l'obscurité, et observe des mouvements des feuilles le soir en l'absence de lumière du soleil. "La sensitive sent donc le Soleil sans le voir en aucune manière". En moins de 350 mots, Ortous de Mairan généralise ensuite ses observations à certains patients atteints de troubles de sommeil, suggère de soumettre les plantes à des cycles de température et propose de regarder si on peut renverser artificiellement chez ses plantes l'ordre des "vrais jours et des vraies nuits". Un vrai programme de recherche ! Malheureusement, fort occupé (à rédiger des demandes de financement ?), monsieur d'Ortous de Mairan n'a pas eu le temps de creuser ...

Cette expérience très simple met en évidence un phénomène tout à fait remarquable. En effet, la plante en temps normale semble réagir très fortement à la lumière. Pourtant, privée de lumière, la plante continue à réagir, bien que plus faiblement; c'est donc que la plante, tout en étant contrôlée en temps normal par la lumière, "sait" aussi qu'elle devrait être exposée à celle-ci en son absence. Elle "sent" donc le moment où le Soleil doit se lever ou se coucher : ainsi la plante semble-t-elle disposer d'un mécanisme, d'une horloge interne lui permettant d'anticiper le rythme jour/nuit. Une telle horloge est aujourd'hui appelée "horloge circadienne". C'est un rythme biologique interne de 24h, présent chez de nombreux organismes et qui a la propriété d'être "réinitialisé" par la lumière.

C'est cette horloge qui est responsable du fameux "décalage horaire" . Ainsi les paupières des Parisiens visitant New York deviennent très lourdes aux alentours de 18 h (car l'organisme "se souvient" qu'il est minuit à Paris, comme notre sensitive), tandis que les New Yorkais visitant Paris peuvent faire sans problème la fête jusqu'à une heure avancée de la nuit... mais ont le sommeil très lourd le matin !

Aujourd'hui, le rythme circadien est de mieux en mieux connu. Sans rentrer dans le détail, on sait maintenant qu'il est présent dans toutes les cellules de l'organisme, et qu'il se traduit par des oscillations de concentrations de protéines dans les cellules. C'est également un exemple d'"oscillateur génétique" : c'est le jeu d'interactions entre gènes et protéines qui produit des oscillations dans l'activité ou la concentration de protéines, et qui crée ce rythme.

Le plus étonnant dans l'histoire de l'étude des horloges circadiennes est qu'aujourd'hui encore, de nombreux labos réalisent au quotidien (et dans sa totalité, cycles de température compris) le programme de recherche proposé par d'Ortous de Mairan. Par exemple, comme cette horloge est contrôlée par la lumière, le meilleur moyen d'avoir des informations sur son fonctionnement est de comparer les comportements des animaux (par exemple des drosophiles) exposés au rythme jour-nuit et ceux restant en obscurité constante. Chez certains mutants, l'horloge est littéralement cassée : en obscurité constante les mouches ont alors des comportements totalement arhythmiques, alternent des périodes de veille et de sommeil de façon complètement anarchique - ce qui peut même raccourcir leur espérance de vie !

Comme vous le pouvez deviner, l'étude de ces horloges est un sujet très chaud, pouvant avoir des retombées économiques potentielles importantes si un labo parvient à trouver le graal : la pilulle anti-décalage horaire. Détail amusant pour finir : j'apprends aujourd'hui via Rue89 que cette pillule pourrait être... le Viagra !

Référence:

De Mairan, J. J. d'Ortous. Observation botanique. Histoire de l'Academie Royale des Science 35–36 (1729) (in French).
Till Roenneberg and Martha Merrow. Nature Reviews Molecular Cell Biology 6, 965-971 (December 2005)

Source image : HMMI

Réponse à monsieur Fleury

2007-05-23T13:05:00.000-04:00

Vincent Fleury a gentiment répondu à mes critiques en commentaire d'un billet précédent. Je me permets de mettre mes réponses dans un billet indépendant. Je manque de temps malheureusement, je reviendrai sur certains points à clarifier pour moi et en fonction des réactions plus tard.

Pour être tout à fait honnête, je n'aime pas beaucoup ce genre de discussions scientifiques sur internet. Je trouve qu'en général on (moi ?) a tendance à manquer de mesure et de rigueur, ce qui est préjudiciable à l'échange, et on peut donner l'impression de prendre les choses de façon personnelle. Le format du blog, où on est plus dans l'action que la réflexion, n'est pas non plus idéal. Le ton est celui d'une conversation orale, mais c'est à l'écrit, il y a des ambiguités. Donc avant toute chose, je reconnais le fait d'écrire sans doute parfois des bêtises, même si je fais de mon mieux pour l'éviter. Comme V. Fleury m'a répondu, je me dois néanmoins de réagir :

Bonjour monsieur Fleury,
merci de votre visite et de vos commentaires. Et merci pour votre livre qui m'a beaucoup plu et fait réfléchir.

Je ne l'ai malheureusement plus sous la main, j'espère ne pas vous prêter des pensées que vous n'avez pas.

Pour les réponses, je ne parle que de mes propres observations, couplées avec des discussions avec des embryologistes. Je sens qu'il va être nécessaire d'aller plonger moi-même dans la biblio pour continuer, je le ferai et écrirai un billet plus tard, et ferai mon mea culpa si je me suis trompé.

Je ne veux surtout pas polémiquer ou "troller", je respecte énormément votre travail. Là encore, voyons cela comme une discussion, nécessitant d'être raffermie plus tard par des références à des publis en ce qui me concerne. En attendant, voici mes réponses :

franchement, je ne comprends pas vos interprétations à partir de ces manips. Vous manquez d'esprit critique

Bon, j'ai parfois l'impression d'être plutôt assez critique sur votre théorie par exemple. Quand j'ai lu votre livre, j'étais vraiment enhousiaste ! Après je me suis juste posé quelques questions et demande à être convaincu car j'ai l'impression que quelques trucs ne "collent" pas. Je suis peut-être au contraire trop fermé d'esprit, mais, convaincu, j'aurai alors la foi des convertis.

Sur ces manips, j'essaie juste de réfléchir un peu à voix haute sur ce blog; mes pensées sont peut-être parfois naïves je vous l'accorde, mais aucun de mes billets n'a vocation à être une publication scientifique. D'ailleurs, c'est aussi pour cela que je préfère rester anonyme : cela me donne une liberté de ton que je n'aurais pas autrement, même si je risque parfois d'en dire ou faire trop, quitte à passer pour un imbécile; j'essaie de faire attention et de me modérer dans tous les cas.

1) vous confondez les paramètres d'un problème et la loi générale évidemment que si vous changez des paramètres physiques ou chimiques, les contractions auront une allure différente

Mais en quoi dis-je le contraire ? Je ne comprends pas votre objection, si objection il y a.

2)Est-ce que vous obtenez un animal par ces manips? Si non, quelle conclusion cela vous permet de tirer par rapport au cas normal?

Non on n'obtient pas un animal. Mais on obtient un axe antéro-postérieur, et plus tard, des tissus différenciés (somites, muscles, coeur, entre autres, dixit l'embryologiste qui m'a montré cette expérience). Presque un tétard donc.

3)comment savez vous que les cellules étaient commises pour faire quelque chose; à partir du moment où un pli se forme, il a une allure de crête neurale, de toute façon

Ce n'est pas juste une question de forme ou de mouvement; c'est aussi une question de marqueurs génétiques. On sait aussi reconnaître tel ou tel organe... parce qu'il y a des expressions génétiques associées aux cellules de celui-ci.

4) qu'un signal chimique soit suffisant et nécessaire pour déclencher peut-être, mais ça veut dire quoi, exactement, dans ce cas, suffisant et nécessaire? Que ce soit le déclencheur, qu'est-ce que cela implique pour le mouvement lui-même? Et s'il y a des gradients dans l'animal réel, à quoi sont -ils dûs?

Pour les gradients dans l'animal, même si on ne comprend pas encore tout, vous savez aussi bien que moi d'où les premiers gradients viennent, chez Xenopus ou Drosophila : la mère localise des ARN dans l'oeuf, et une fois transcrits, ces ARN forment un gradient de concentration de protéine.

Pour le mouvement, je ne dis rien de plus que cela : l'expression génétique est nécessaire et suffisante pour déclencher le mouvement. Comme dans l'embryon complet le mouvement va lui-même être associé à d'autres expressions génétiques (par exemple la reconstruction du noeud de Hensen lorsqu'on l'enlève artificiellement), les expressions génétiques sont aussi capitales que les mouvements mécaniques. Les deux se parlent, et surtout l'un n'existe pas sans l'autre.

5)qu' on puisse faire un morceau ressemblant à un tube ou une patte sans la totalité de l'animal, peut être, mais vous ne ferez jamais le morceau tel qu'il est dans l'animal normal. C'est particulièrement vrai des pattes générées avec des facteurs de croissances ectopiques qui ne sont jamais des pattes exactement normales.

Donc si je comprends bien, on peut faire des pattes "à l'ordre 0" indépendantes de l'organisme, mais il faut tout l'embryon pour faire des pattes affinées "à l'ordre 1" ? J'ai l'impression que c'est quand même l'ordre 0 qui est le plus important.

6) les boules déformées de ces images ressemblent tout à fait à ce qu'on obtient d'un modèle hydrodynamique simple (ampoule) auto-organisé
sans la mécanique, aucun de ces mouvements n'existent, par définition.

Je n'ai jamais dit le contraire, mais sans la génétique, rien n'est là pour déclencher la mécanique. Encore une fois, c'est un jeu, un équilibre entre les deux.

comment pouvez vous dire que les cellules savent "indivuellement quoi faire" à partir d'une telle manip? Et ça voudrait dire quoi "savent individuellement quoi faire?" Précisez.

Je reconnais que l'expression est maladroite. Ce que je voulais dire, c'est que les cellules ont manifestement déjà une "destinée" encodée à ce stade (polarité incluse ?), un programme tout fait, puisque soumises à l'activine, elles déclenchent ces mouvements. Le point important ici est qu'à ma connaissance ce n'est pas le cas des autres cellules dans l'embryon; preuve que cette destinée est déterminée à ce stade.

je n'ai jamais dit qu'un tube neural nécessite des tourbillons, bien au contraire (voir par exemple les poissons en caoutchouc de mon livre) je dis que pour faire un quadrupède avec un tube neural au centre, il faut des tourbillons, un tube neural, c'est un pli, les pattes c'est les enroulement. La contrainte au centre plie le dos en forme de tube + crête neurale. Si ça s'enroule franchement vous avez en plus les pattes. J'ai plein d'images de ça, si vous voulez je vous en passe. Ces enroulements existent.

Je ne nie pas l'existence de ces enroulements chez certains vertébrés, je n'en sais pas assez. Je suis intéressé par toute image. Mais j'ai des doutes sur Xenope. Et j'aurais dû parler de l'axe A-P plutôt que du tube neural.

Ce que je comprends dans votre livre, c'est que c'est l'enroulement qui définit l'axe antéro-postérieur (et les membres). Je ne suis pas sûr de ça : ces manips montrent (à mon sens) qu'il peut y avoir axe sans enroulement.

Je ne vois pas en quoi cette manip contredit ma théorie, bien au contraire.

Cette expérience ne vous permet pas de dire que ce n'est pas un processus auto-organisé, une fois déclenché

Allez voir le film de gastrulation sur le site de Ray Keller lab (en haut à gauche), et dites moi ce que ça vous inspire, par rapport aux "inductions" et des cellules qui savent indviduellement où aller etc.

L'image de gastrulation que vous donnez sur votre site est mal faite, on voit bien que le dessinateur n'a pas compris le mouvement, il faut regarder le mouvement suivant une vue verticale pour comprendre.

Est-ce de cette image dont vous parlez ? Je suis d'accord qu'on ne voit pas grand chose - excepté l'involution- et qu'il vaudrait peut-être mieux avoir une vue dorsale, avec le blastopore au milieu (est-ce que vous voulez dire par vue "verticale" ?), mais elle est tirée de l'article de Keller ...

Si c'est le dessin que j'ai fait pour raconter vos théories, j'ai probablement dû mal lire votre livre alors. La vue que je proposais était une vue dorsale, avec la tête en haut, par analogie avec l'image de votre chat par exemple, et sans l'involution.

etc. etc.

Bien à vous et
Bon courage avec vos auditions.

vf

Merci pour votre réponse et vos critiques
Bien à vous
Tom

de Gennes

2007-05-22T07:04:00.000-04:00

Pierre-Gilles de Gennes est mort vendredi à Orsay.

Pour l'étudiant en physique que j'étais au début des années 2000, de Gennes représentait une figure tutélaire, un mythe, un génie touche à tout reconnu. Tous les physiciens théoriciens que je connais décrivaient de Gennes comme LE physicien français, ayant à lui tout seul fondé des domaines entiers. "Ah mais de Gennes, c'est de Gennes". J'ai lu quelques papiers de de Gennes, notamment sur les matériaux granulaires; j'avais été assez enthousiasmé par le fait qu'il avait trouvé un nouveau problème, et avait commencé à le théoriser, à l'aborder à la "physicienne". Il nous faudrait beaucoup de de Gennes pour aborder aujourd'hui le domaine à l'interface physique biologie; ces dernières années, lui-même s'était d'ailleurs intéressé au cerveau. Voici d'ailleurs l'abstract hallucinant d'un séminaire qu'il donnait récemment :

P.-G. de Gennes est atteint d’une maladie classique des physiciens âgés : prétendre étudier le cerveau. Les précédents (Crick, Josephson,…) sont peu encourageants, mais certains cas ont été favorables (L. Cooper). Dans le cas présent, de Gennes s’intéresse au nombre de neurones, M, qui est requis pour stocker un souvenir simple (une odeur), dans un système qui n’est pas précâblé. Sa conclusion (surprenante) est que M doit être très petit.

de Gennes avait été directeur de l'ESPCI. Ses étudiants pourront peut-être en parler mieux que moi, mais à l'époque il avait organisé une réunion entre élèves de différentes grandes écoles aux Houches, lieu de retraite mythique des physiciens théoriciens. J'avais eu la chance d'y participer et de découvrir certains aspects de la physique et de la matière molle, domaine que je ne connaissais alors pas du tout, naïf que j'étais fasciné par les hautes énergies. La série de conférences était également pas mal axée "applications industrielles", mais dans un dosage parfait avec la théorie, ce qui reste pour moi du jamais vu. Je dois dire que je ne l'avais pas réalisé sur le coup, mais cette retraite était rétrospectivement une grande réussite sur tous les plans (sauf le ski, les pistes étant un peu verglacées); j'espère sincèrement que ces réunions ont continué.

A cette époque, de Gennes lui-même était venu dans mon école présenter la réunion et inciter les étudiants à s'inscrire : je me souviens par exemple de son émerveillement devant ... la fermeture éclair ! Il expliquait que si des extra-terrestres venaient sur terre, et étudiaient notre technologie, ce mécanisme simple, robuste et fiable (et surtout inspiré de la nature) ne manquerait pas de les impressionner. Ainsi, de Gennes avait manifestement cet enthousiasme devant le monde, une curiosité qui manque peut-être aujourd'hui à la physique théorique moderne obsédée par "les hamiltoniens" et un peu éloignée de "la vraie vie". L'oeuvre de de Gennes n'est pas seulement scientifique; elle est aussi humaine : je suis persuadé qu'il a allumé pas mal de petites flammes et suscité des vocations.

Voilà mes quelques pensées personnelles sur de Gennes, un peu décalée par rapport à la nécrologie officielle. Je ne connaissais l'homme de Gennes que par ouï-dire; ce matin, je pense aussi à sa famille très nombreuse.

Génétique vs Mécanique : quelques indications chez Xenope

2007-05-20T09:12:00.000-04:00

Je poursuis ma série de billets sur le développement embryonnaire dans un billet qui va me permettre de compléter mes petites critiques des thèses de Vincent Fleury.

L'image ci-contre (source photo) représente des oeufs de Xenope, probablement juste avant la fécondation. Chaque oeuf n'est qu'une seule grosse cellule, avec beaucoup de matériel de base : rappelons que le tétard se développe presque entièrement avant d'être capable d'avaler quoi que ce soit. On voit très bien les deux pôles de l'oeuf : le pôle animal pigmenté et le pôle végétal plus clair. Après la fécondation, le pôle végétal devient plus dense (pour une raison mystérieuse pour moi) si bien que tous les embryons tournent leur pôle animal vers le haut; c'est d'ailleurs ce qui permet de savoir si un oeuf est fécondé.

S'ensuit alors une suite de divisions cellulaires par "clivage" : l'oeuf, grosse cellule unique d'1mm se divise en multitude de cellules, jusqu'à atteindre le stade blastula (voir dessin ci-contre, tirée d'un site illustrant toutes les étapes de la gastrulation). On reconnaît toujours le pôle animal pigmenté; de l'extérieur toutes les cellules ont l'air plus ou moins identiques.

Peu après commence la gastrulation qui aboutira à la formation du plan de base de l'organisme. Rappelons que c'est à ce moment que les choses sérieuses commencent : des mouvements cellulaires vont se produire, et en particulier, dans un ballet cellulaire complexe, les cellules du haut du pôle animal vont migrer, se déplacer le long de l'embryon, puis rentrer à l'intérieur de celui-ci, remonter le long du futur tube digestif pour former le système nerveux central.

Evidemment, l'une des questions centrales est de savoir pourquoi et comment tout ceci se met en place. Et certaines expériences tout à fait fascinantes nous éclairent déjà sur les rôles respectifs de la génétique et de la mécanique dans ce procédé.

Une expérience classique consiste à découper une partie du pôle animal de l'embryon, à le mettre en solution, et à observer les mouvements cellulaires qui suivent. Dans une solution saline simple, le pôle amputé se referme sur lui-même et reforme une boule de cellules (image de gauche) - source photo.

En revanche, lorsque l'on met une petite protéine appelée "activine" dans la solution, la situation s'anime. Après avoir formé la petite boule de cellules, un nouveau ballet cellulaire se met en place (image de droite). De façon étonnante, les cellules du pôle animal semblent littéralement enclencher leur propre programme de gastrulation, et finissent par former un espèce de tube, tout à fait similaire au tube neural qu'on observe dans l'embryon complet.

Les conclusions de cette expérience sont nombreuses. D'abord, il semble que bien avant la gastrulation, les cellules du pôle animal "savent" qu'elles vont donner le système nerveux. Comment, pourquoi, c'est un mystère. Ensuite, notons qu'un signal précis, l'exposition à l'activine, suffit pour déclencher le programme cellulaire de mouvements et de différentiation en tissu neural. Il faut savoir à ce stade que l'activine, dans l'embryon de Xenope, est un morphogène : c'est une protéine qui est présente à concentrations variables dans différentes parties de l'embryon et qui semble influencer la nature des destinées cellulaires. On a donc une preuve formelle avec cette expérience qu'un signal génétique est nécessaire et suffisant pour déclencher les mouvements cellulaires et les effets mécaniques liés à la gastrulation.

Par ailleurs, cette expérience montre qu'on peut avoir croissance du tube neural sans la totalité des mouvements cellulaires observés dans la gastrulation. Les cellules savent individuellement quoi faire, le développement est pour ainsi dire "modulaire" : le tube neural peut se développer indépendamment du reste, et ne semble pas nécessiter la formation de "tourbillons" dans l'embryon complet (contrairement à ce qui est suggéré par Vincent Fleury dans son livre). Autrement dit, la gastrulation ne résulte pas d'un effet collectif, autoorganisé; mais plus de la juxtaposition de comportements individuels. Il y a bien sûr quelques contraintes internes, mais cette expérience montre que potentiellement, des organes peuvent se développer seuls; tout n'est qu'une question de stimulation génétique adéquate.

Quelques trucs en vrac sur la réforme de la recherche...

2007-05-19T06:59:00.000-04:00

J'étais parti pour parler de nouveau de la gastrulation, mais je me suis laissé happé par l'actualité.

Valérie Pécresse est donc notre nouvelle ministre de la recherche. Si j'en crois sa biographie, elle est sortie d'HEC puis de l'ENA. Autant dire que sa connaissance de la recherche est tout sauf pratique. Ce n'est pas forcément un mal mais me laisse un peu dubitatif.

Pécresse a participé à l'élaboration du pacte pour la recherche. Sur son site web, on peut lire notamment les phrases suivantes, prononcées lors d'une intervention à l'assembée le 28 février 2006 :

Si la France se situait en 1993 au 5e rang mondial en pourcentage de la richesse nationale consacré à la recherche, avec 2,2% de son PIB, elle n’est plus que 13e aujourd’hui.

Ce constat alarmant rend nécessaire un effort financier de grande ampleur. Il nécessite aussi que les crédits affectés à la recherche soient utilisés de la manière la plus efficace possible.

Quand j'ai lu ces phrases, j'ai tout d'abord bondi, et je me permets de remettre ce fameux graphe de Nature, trop peu repris à mon goût, sur le financement public de la recherche en France. Où l'on voit que les amis de Mme Pécresse sont (et de façon chronique) les seuls responsables de cette baisse de moyens.

Puis, en surfant sur son blog, je suis tombé sur la page suivante, dans laquelle elle interpelle la ministre de l'époque, Claudie Haigneré :

Permettez moi de témoigner auprès de vous de l’inquiétude des nombreux chercheurs qui habitent dans ma circonscription. Ils se sentent menacés dans leurs travaux de recherche de grande qualité, engagés depuis plusieurs années, par le gel des crédits annoncés par votre ministère.

Cette dernière intervention était-elle téléguidée ? Elle permet à Haigneré d'annoncer des réformes à peu de frais dans sa réponse, au moment où la grogne des chercheurs commence à prendre de l'ampleur. Difficile de s'y retrouver...

Sur le fond, nous sommes néanmoins sans aucun doute dans la continuité des grands succès de la période précédente, que Sarkozy s'était attribué avec fierté dans Nature il y a quelques semaines.

Valérie Pécresse a aussi une "expertise" en matière de bioéthique. Elle a notamment participé à une cellule de travail sur le clonage, et en particulier le clonage thérapeutique. Extrait (à propos du clonage thérapeutique):

Ce qui nous a déterminés en définitive à adopter une position prudente en la matière, c’est que, pour l’instant, le clonage thérapeutique, c’est-à-dire la possibilité d’utiliser cette duplication de cellules dans des éprouvettes à des fins de santé publique, n’a donné aucun résultat sur les cellules animales ; On n’arrive pas encore à reproduire, par clonage, des tissus qui pourraient être greffés sur l’animal. Nous avons donc décidé d’attendre que le clonage thérapeutique réussisse sur l’animal avant de décider de l’autoriser pour l’être humain.

Ce passage souligne à mon avis des interrogations intéressantes sur l'organisation de la recherche, et là j'aurais besoin de vos lumières. Les labos que je connais travaillant sur les cellules souches travaillent (quasiment) exclusivement sur les cellules humaines. Est-ce général ?

L'une des raisons (il me semble) est que c'est tellement technique et difficile qu'il vaut mieux essayer de développer directement les techniques chez l'homme, plutôt que de commencer par l'animal et essayer ensuite chez l'homme en repartant (quasiment) de zéro. Les organismes modèles, c'est bien, mais si on veut faire des applications thérapeutiques, il vaut peut-être mieux travailler avec intensité dès le départ sur l'homme. Rappelons à ce stade que même parmi les insectes, les méthodes de développement peuvent être radicalement différentes; on ne comprend pas un ver de farine en étudiant seulement la mouche. Par ailleurs, il semble bien que les voies de signalisation impliquées dans le développement soient assez différentes entre l'homme et la souris par exemple. La stratégie "animal avant l'homme" ne me semble pas forcément très adaptée; on a peut-être là un exemple typique de problème posé par le partage du contrôle de la recherche entre politiques et chercheurs.

Par ailleurs, tout cela coûte extrêmement cher. Le corollaire est donc que si on décide d'attendre le clonage thérapeutique sur l'animal, il faut financer massivement à la fois les recherches sur l'homme et sur l'animal, donc doubler l'enveloppe financière (et non pas la couper en deux).

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Deux trucs glanés sur le site de SLR :

Physique française et PRL : quelques chiffres intéressants montrant qu'en physique au moins, la France fait mieux que tenir son rang.
Sarkozy : "Pour renforcer l’attractivité de la recherche, je proposerai aux jeunes docteurs des contrats de cinq ans" (phrase tirée des réponses à Sarkozy à SLR). Compte-tenu de l'état de la recherche actuel, de l'effondrement du nombre d'étudiants en science, du sous-paiement chronique, des spécificités de certaines disciplines, du fait qu'après ces cinq ans si cela se passe mal, j'imagine mal ce que deviendront ces docteurs, ce sera alors probablement sans moi. Plus que de renforcer l'attractivité, on risque surtout de renforcer le brain drain.

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Via Koz, cet article du Figaro :

Christian Prunier, créateur en 2003 du site clochers.org, destiné aux généalogistes, reconnaît, lui, que « pour se débarrasser d'un bâtiment, il suffit de le laisser pourrir 20 ans, de l'entourer ensuite de bandes rouges pour signifier son danger puis de faire établir un arrêté de péril. La démolition n'est alors plus une honte. Elle est conseillée ».

Cela ne vous rappelle rien ?

Ajout 14h50 : Les commentaires sont rétablis (merci Matthieu !)

Détente : Evolution et Science fiction

2007-05-17T18:03:00.000-04:00

L'actualité récente et mes voyages en avion aidant, je me propose de faire une petite liste (subjective et très incomplète) de mes romans préférés de sciences fiction ayant abordé l'évolution sous une forme ou une autre. N'hésitez pas à suggérer d'autres titres ou nouvelles : je suis toujours intéressé par ce genre de littérature !

Asimov dans son cycle Fondation aborde le sujet de manière détournée. L'apparition spontanée d'un humain évolué mutant, le Mulet, met complètement par terre le plan Seldon. C'est assez amusant comment l'évolution, aléatoire, imprévisible, s'oppose ici à la psychohistoire déterministe, sorte de super économie prédictive. Quant au Mulet, l'un des personnages les plus étonnants de l'univers d'Asimov, comme tout bon mutant, il ne peut avoir de descendance humaine, d'où son nom...
Dick a abordé le sujet dans une nouvelle, l'homme doré, ayant récemment inspiré un film (que je n'ai pas vu, mais qui n'a pas l'air très fidèle). L'homme doré dispose à la fois d'un instinct (qui lui permet d'anticiper le futur) et d'une puissance sexuelle surdéveloppée au détriment de son intelligence, ce qui lui assure une adaptation tout à fait remarquable. La nouvelle est très intéressante, et va complètement à l'encontre de la corrélation entre marche vers l'intelligence et évolution : Dick suggère explicitement que l'homme futur se débarassera ainsi de son intelligence, devenue totalement inutile.
Hyperion est l'un de mes cycles préférés. Simmons a manifestement été très inspiré par Teilhard de Chardin, inventeur notamment du concept de "Noosphère". Teilhard décrit l'évolution comme une marche vers ce qu'il appelle le "Christ Cosmique"; Simmons nous raconte en fait cette marche dans la deuxième partie du Cycle à partir d'Endymion. J'avoue que la première fois que j'ai lu Hyperion, ces références scientifico-mystico-religieuses m'avaient un peu échappées, mais après relecture d'Hyperion et lecture de certains livres de Teilhard, je n'ai plus aucun doute : Simmons est très sérieux, et Hyperion est probablement le premier roman qu'on pourrait labelliser "Intelligent Design" : par exemple, les Tombeaux Du Temps, Moneta et le Gritche, remontant le temps pour, en quelque sorte, "porter la bonne parole", ne sont pas sans rappeler certaines théories farfelues déjà évoquées dans ces pages.
Plus récemment, on peut citer L'Echelle de Darwin et les Enfants de Darwin de Greg Bear. Ces deux romans sont basés sur l'idée qu' un virus aurait pu faire évoluer Neandertal vers Sapiens, et réactivé, faire atteindre à Sapiens un stade encore supérieur. Romans distrayants à défaut d'être exceptionnels.

D'autres suggestions ?

Réforme Allègre ?

2007-05-15T05:11:00.000-04:00

Il paraît que Sarkozy prendrait Allègre pour le conseiller sur la réforme de la recherche. Pourtant, autant Allègre n'hésite pas à nous parler, livres à l'appui, de la physique ou du réchauffement climatique, autant il n'est pas réputé pour ses idées géniales sur l'organisation de la recherche qu'il a l'air de garder pour lui. Quelqu'un a-t-il des infos sur ses visions sur le sujet ? Son dernier fait d'armes semble être d'avoir essayé d'instituer, lorsqu'il était ministre, un pilotage de la politique scientifique du CNRS par le ministère, ce qui n'a pas heureusement pas été fait, et ferait sérieusement tâche à l'heure de l'autonomie des universités, vous en conviendrez.

Sur les nerfs...

2007-05-12T14:05:00.000-04:00

Je suis actuellement en plein milieu d'auditions pour des postes permanents en France.
Où il apparaît que :
- aujourd'hui, la concurrence est vraiment très rude, et l'offre de poste en nette inadéquation avec mon propre parcours (mon profil me semble trop marginal)
- résumer 5 ans de recherche en 10 minutes pour être embauché à vie n'a pas beaucoup de sens à mes yeux et est terriblement stressant
- sauf exception, tous les candidats se valent à peu près
- l'une des exceptions est qu'il y a de plus en plus de "vieux" candidats (doctorat +N avec N>5...)
- j'ai l'impression de me retrouver dans un cauchemar de prépasien, où toute la vie future dépend de dix petites minutes et d'un classement.

En tous cas, comme disent les Américains, je frôle le "burn-out", donc silence radio sur le blog de mon côté jusqu'à ce que je sois rentré dans mon cocon new-yorkais et que je me remette (je n'aurais jamais cru dire cela un jour).

Une campagne s'achève, une autre commence

2007-05-07T22:40:00.000-04:00

Via Crooks and liars, Primaire républicaine aux Etats-Unis...

"- Sénateur Mc Cain, cette question provient de machin.com, et était parmi les questions ayant remporté le plus de suffrages. Croyez-vous en l'évolution ?
- (surprise) n... Oui !
- Juste par curiosité, certains d'entre vous ne croient-ils pas à l'évolution ?"

Et bien, ça promet !

PS: je pars de New York assez longtemps; je risque de délaisser un peu mon blog (ce qui me permettra j'espère de mûrir quelques billets plus constructifs)

Live blogging : geekeries du dimanche spéciale présidentielles

2007-05-06T14:28:00.000-04:00

La Big apple est magnifique aujourd'hui. J'ai réalisé le rêve de notre nouvelle première dame en allant courir ce matin dans Central Park. J'ai fait deux tours de résevoir, je suis très content. Heureusement, comme je suis tout de même un geek français, j'ai bien vite rejoint mon laptop et me propose de vous donner mes sentiments sur la soirée présidentielle (avec l'heure new yorkaise). Je suis un peu décalé, mais je vais bientôt me synchroniser.

~10h : premières estimations, basées ... sur les résultats des DOM TOM (et j'imagine des français de l'étranger). Vaste fumisterie : un coup d'oeil sur le site de RFO vous montrera que ceux-ci ont voté massivement pour Sarkozy au premier tour. Quant aux français de l'étranger, j'ai dépouillé hier et ai découvert que l'upper east side était un repère sarkozyste : 65-35 !

~ 12 h-13h : premières estimations. De 53.5%, on passe à 54.5 %. Conforme aux derniers sondages à première vue. Notez que parmi les sources, on trouve... le ministère de l'intérieur !!

~15h00 : Gros problèmes de réseaux !!! Impossible d'accéder à mon blog depuis ma connexion locale. Voici ce que mon ordi m'indique :

We're sorry...

... but your query looks similar to automated requests from a computer virus or spyware application. To protect our users, we can't process your request right now.

We'll restore your access as quickly as possible, so try again soon. In the meantime, if you suspect that your computer or network has been infected, you might want to run a virus checker or spyware remover to make sure that your systems are free of viruses and other spurious software.

We apologize for the inconvenience, and hope we'll see you again on Google.

Complot ? J'ai piraté quelques minutes la connexion du voisin et tout semble rentré sans l'ordre. Mais difficile de faire du live-blogging dans ces conditions ! Je voulais des geekeries, je suis servi...

16h08 : Pour une raison mystérieuse, aucun problème pour regarder TF1 en direct sous linux : firefox ouvre un plug-in et lance mplayer. En revanche, gros problèmes avec France 2. Heureusement, ma tactique habituelle pour trouver le flux marche bien.

16h11 : Jean-Marie Bigard : "on peut être gentil et être de droite".
Je ne suis pas déçu de ma récupération informatique...

16h14 : PPDA annonce 52.7% pour Sarkozy. A comparer avec les 55% annoncés par le dernier sondage IPSOS. 2.3% de différence entre l'explosion du plafond par le haut dans les derniers sondages dont je parlais dans mon dernier billet et le résultat final. Je rappelle que la moyenne du baromètre quotidien IPSOS était d'environ 53.5%, soit une surévaluation d'environ un point. Les sondages IPSOS sont descendus "seulement" à 52% (-0.7%), mais sont donc montés à 55% (+2.3%). Le sens dans lequel les marges d'erreurs sont corrigées est assez clair : à ce stade, pour moi, il ne s'agit pas d'"erreurs" mais de véritables biais. C'est d'autant plus grave si les évolutions, elles, sont exactes : si Sarkozy a gagné 1 ou 2 points ces derniers jours à l'issue du débat comme l'ont affirmé les sondages, c'est qu'on était en réalité très très proche de 50-50 pendant toute la campagne.
Edit 17h48 : il faudra attendre le résultat final, mais pour l'instant Sarkozy est donné à 53.3 %. Donc j'ai été mauvaise langue, ce n'était pas si biaisé que cela vers le haut (un peu quand même, mais bon, pas autant qu'à première vue). De l'inconvénient des réactions live ;) . Le dernier sondage reste néanmoins anormal à mon avis.
Edit 22h27 : 53-47 tout rond. Sarkozy légèrement surestimé par IPSOS tout au long de la campagne donc, et surtout dans les derniers sondages.

16h22 : Déjà des sondages pour les législatives.

L'UMP obtiendrait 34% des voix au premier tour des élections législatives le 10 juin prochain, le PS 29%, l'UDF 12%, et le Front national 7%, selon un sondage Ifop pour Profession politique réalisé les 3 et 4 mai et rendu public dimanche.

Notez que le sondage a été fait avant le deuxième tour et que c'est en fait assez serré ! On verra l'impact des résultats de ce soir sur les futures intentions. Mais si ces sondages sur les législatives sont redressés comme les sondages sur la présidentielle, cela signifie que ça peut-être assez serré.

16h29 : Sondage Nouvel Obs. Devinez ce que j'ai répondu !

16h30 : PPDA évoque les reports des voix. Ces reports de voix ont beaucoup fluctué d'un sondage à l'autre mais permettaient d'avoir une bonne idée des "ordres de grandeur" de ceux-ci; preuve que même une information fluctuante permet de se faire une idée relativement précise de certaines tendances. Vivent les résultats bruts ! Notez d'ailleurs que compte-tenu des résultats, il a dû y avoir plusieurs "sondages bruts" à 50-50, voir quelques uns donnant Royal gagnante.

16h55 : A titre personnel, je suis assez inquiet de la réforme de la recherche qui devrait donc se faire. Cela ne m'empêchera pas de candidater en France cette année, mais il est clair que la recherche française devrait pas mal bouger. Encore une fois, j'ai un peu peur qu'on jette le bébé avec l'eau du bain. Si la France s'aligne sur les systèmes internationaux, en tant que chercheur, je la jugerai sur les critères internationaux; la France avait plusieurs avantages comparatifs : recrutement jeune, postes permanents offrant une certaine sécurité... Tout cela risque de changer. Mais à titre personnel, il me paraît difficile de faire de la recherche dans un pays n'offrant pas plus de possibilités à la recherche (nombres d'étudiants, salaires...) accompagnées de certaines garanties (probabilités raisonnables de trouver une tenure, et de se recycler si la recherche ne marche pas). Les coups de menton anti-fonction publique, cela va bien 5 minutes, mais si on veut s'aligner sur l'international, il faudra augmenter massivement les salaires, augmenter massivement les moyens. Et il reste le gros problème des étudiants. Je ne vois pas comment aujourd'hui inciter les étudiants à se lancer en thèse, surtout si le futur gouvernement continue de tenir les chercheurs en aussi piètre estime. S'il n'y a pas plus d'étudiants et que Sarkozy réforme la recherche comme annoncée, le système s'écroulera.

17h00 : le ministe de la culture a autorisé la berline de Sarkozy à traverser les jardins des Tuileries. Je trouve cela gonflé, mais cela doit être cela le respect de l'histoire et de la culture. Je suis sûrement trop engoncé dans la repentance.

17h00 : PPDA se satisfait des bonnes prédictions des sondages. Pas du tout convaincu à titre personnel. Je commence à réfléchir à un "toy model" d'interaction sondages/opinions pour essayer de tester quelques hypothèses.
Edit 17h33 : Veronis donnait 52.3% hier. Rappelons que cette estimation est basée... sur le nombre de citations des uns et des autres dans la presse, avait été étonnemment juste au soir du premier tour. C'est à la fois étonnant et très inquiétant de voir la précision de ces corrélations : serions-nous si influençables collectivement ?

17h12 : Problème philosophique : s'il peut se perdre, le respect se mérite-t-il a priori ? Avant d'avoir des droits, une chance, doit-on exercer son devoir ? N'est-ce pas plutôt le contraire : n'aurions-nous pas plutôt des droits, des chances a priori qu'on peut perdre si on n'exerce pas comme il faut ses devoirs ? C'est amusant, cela me rappelle le recrutement dans la recherche française : d'années en années, on nous dit qu'il faut faire plus de preuves, publier plus d'articles, et qu'ensuite peut-être, nous serons recrutés. Bien sûr je ne dis pas qu'il faut recruter tout le monde, mais force est de constater que l'effet net a été de repousser l'âge de recrutement, de bloquer le système en demandant des exigences disproportionnés comparées à la nature réelle des postes. Ce genre de pratique me semble plus être le signe d'une défiance envers l'autre qu'une reconnaissance de son mérite.

17h17 : Marseillaise de Mireille Matthieu

17h21 : "When Nicolas was born" dans "Oh happy day". Pincez-moi je rêve !
PPDA en reste dubitatif.

17h24 : Mireille Matthieu est déchaînée. J'ai des auditions à préparer. Fin du live-blogging.

Dernière ligne droite sondagière

2007-05-04T07:09:00.000-04:00

Avant, je soupçonnais juste les sondages de légèreté scientifique. Ce matin, je me pose sérieusement des questions. Tous les sondages donnent Sarkozy à plus de 54%. Un de ses scores les plus hauts. L'IFOP fait même un bon de 2.5 % (IFOP dont j'ai déjà expliqué que j'avais quelques réserves sur leurs résultats).

J'ai passé toute la campagne à expliquer comment il était évident que les sondages "lissaient" leurs courbes et rabotaient leurs marges d'erreur. Et tout d'un coup, à trois jours du vote, Sarkozy explose son score par le haut. Je suis sans aucun doute un peu partisan, mais je m'interroge.

Sur le fond, je suis très surpris que les sondages actuels soient capables de déterminer les reports de vote des électeurs de Bayrou, Le Pen, Laguiller. Prenons le cas de Le Pen. Il y a 10% d'électeurs de Le Pen, dans la réalité, comme je l'avais signalé il y a quelques jours, moins de 50 personnes par sondage votant Le Pen sont sondées. Si l'on en croit les scores actuels, environ 30 électeurs de Le Pen disent voter Sarkozy. Pas besoin de faire un dessin : la marge d'erreur sur ces reports est de quasiment 20 % ! Un basculement de 20% des voix d'un côté comme de l'autre des électeurs de Le Pen, l'extrême gauche ou de Bayrou ferait basculer le résultat du vote. Comment les sondeurs peuvent-ils faire des prédictions fiables ?

Nous verrons dimanche soir me direz-vous, mais le risque de prophétie auto-réalisatrice est grand. Un peu amer ce matin, je crois que je vais définitivement militer pour l'interdiction pure et simple des sondages.

Ajout 5 Mai : Et le dernier sondage IPSOS donne Sarkozy à 55%. C'est le plus haut score donné à Sarkozy depuis le début du baromètre quotidien. Ce n'est pas crédible de donner un tel chifffre juste à la fin de la campagne. D'autant plus que pour ce baromètre quotidien, IPSOS a changé sa méthodologie sur le dernier sondage en réalisant un sondage "classique" sur 922 personnes. Quelle rigueur scientifique !

Sondage inutile

2007-05-03T07:10:00.000-04:00

Une du Figaro en ligne à l'instant : Sondage Opinionway : Sarkozy remporte le débat (lien réparé)

"Plus d’un téléspectateur sur deux du débat (53%) de mercredi soir a jugé le candidat UMP «le plus convaincant», contre 31% pour Ségolène Royal."

Ce qui est amusant est la corrélation de cette opinion avec la phrase suivante :
"Au final, les sondés sont 52% (+4) à souhaiter la victoire de Nicolas Sarkozy à l’issue de ce débat, et 37% (+1) de plus à vouloir celle de son adversaire socialiste."

Avant le vote, la proportion était de 48%/36%. Quand l'échantillon de départ est pro-Sarkozy à la base, il estime Sarkozy le plus convaincant. Rien que de très normal. Autant dire que les lignes n'ont pas bougé, et que chacun a vu midi à sa porte. Pourtant, à n'en pas douter, ce sondage sera exploité politiquement...

[Notons aussi que ce sondage prétend être fait sur un échantillon représentatif. Mais cette enquête est faite sur internet. Les électeurs ayant une connection internet peuvent-ils être par nature représentatifs ? ]

Gastrulation, religion et cellules souches

2007-05-01T08:20:00.000-04:00

Tout comme Vincent Fleury, le processus de la gastrulation me fascine et m'émerveille. Rappelons que la gastrulation est cette étape incroyable du développement de l'embryon durant laquelle se met en place ce qu'on pourrait qualifier de "plan d'organisation de base" des organismes.

Chez Xenopus, qui est l'organisme modèle le mieux connu, cette étape est à la fois incroyablement complexe et extrêmement rapide. 7 h après la fécondation, l'embryon de Xenopus est encore au stade blastula et ressemble (en gros) à une boule de cellules (apparemment indifférenciées, si ce n'était la pigmentation du haut de l'embryon qu'on appelle pôle animal). Les fameuses cellules souches embryonnaires sont alors à l'intérieur de l'embryon. La gastrulation commence 8 à 9 h après la fécondation : une couche de cellules à l'extérieur de l'embryon va alors se replier à l'intérieur de celui-ci (un peu comme une chaussette qu'on retournerait), formant une cavité qu'on appelle archenteron et qui donnera le futur tube digestif. L'image ci-contre est une représentation de ce processus, tirée du site gastrulation.org. La première colonne est une vue externe, la seconde une vue interne, les deux dernières s'intéressant à des tissus particuliers. Le temps évolue de haut en bas. On voit comment les tissus violets, jaunes et verts passent de l'extérieur à l'intérieur de l'embryon. Au cours de ce processus se forme aussi l'axe antéro postérieur qui va structurer tout l'organisme : l'excroissance verte en bas à droite donne une idée de l'emplacement de la future tête ! Ainsi l'embryon se déforme et se structure au cours de ce procédé, si bien que 24 h seulement après la fécondation, on reconnaît déjà parfaitement des tétards dans ces embryons. 24h plus tard, le tétard commence à bouger, sort de son oeuf, et on peut déjà voir le coeur battre, les branchies se former. Pourtant, l'animal n'a encore ni bouche, ni estomac et vit toujours sur les réserves de l'oeuf ! Vu de l'extérieur, on a le sentiment que toute la suite n'est en quelque sorte que du fignolage, pendant lequel les organes se structurent et se complexifient.

Voir ainsi un organisme vivant se "former" en 24 h est une expérience (osons le dire) quasi-mystique. Et quelques interrogations philosophiques m'ont traversé : à quel moment le tétard devient-il "vivant" ? Au stade blastula, pour moi, pas de problèmes : l'embryon n'est encore qu'un amas de cellules (dont un certain nombre de cellules souches). Qu'en est-il quelques heures après ? Juste après la gastrulation, la structure est en place, mais concrètement ce n'est qu'une "réorganisation" des cellules de la blastula. Lorsque le coeur commence à battre, l'embryon vit toujours sur ses réserves, n'a pas estomac; mais lorsqu'on le touche, il réagit et se met à gigoter par réflexe de la même façon que lorsqu'il est sorti de l'oeuf. C'est comme si l'embryon marchait vers l'état final de tétard petit à petit, mais il semble difficile de définir clairement une frontière entre vivant et inerte après la gastrulation. C'est d'autant plus difficile chez le tétard que le développement précoce (que je définirais comme passage de l'inerte au vivant) et le fignolage (que je définirais comme le passage d'un embryon vivant à un tétard fonctionnel) sont complètement autonomes - au contraire des mammifères par exemple : l'oeuf est fermé, donc en théorie, une fois la fécondation effectuée, roulez jeunesse, le développement va à son terme.

Ce genre d'interrogations est en fait assez courant dans les labos d'embryologie et dérive quasiment instantanément sur les problèmes posés par la religion dans la science. Confrontés à la droite religieuse américaine, les embryologistes locaux, travaillant notamment sur les cellules souches, sont bien obligés de connaître à fond ces dossiers sensibles, à la fois sur le plan scientifique et religieux. La surprise est que les scientifiques ne manquent pas d'arguments religieux. Car si la religion catholique décrit l'embryon humain comme sacré dès la fécondation, il n'en a pas toujours été ainsi. Ainsi, Saint Augustin affirmait que "l'âme" ne pouvait venir dans l'embryon tant que le corps n'était formé (cliquer ici). Saint Augustin aurait donc normalement reconnu qu'il n'y a pas d'âme avant la gastrulation. Pendant longtemps, l'Eglise a également repris la tradition juive, qui stipule que "l'âme" n'entre dans le corps que 40 jours après la fécondation (Détail amusant révélateur de l'époque : Saint Augustin prétendait que c'était 40 jours pour un homme, mais 90 jours pour une femme). En cela, l'ancienne position de l'Eglise et celle de la religion juive ne sont pas si inconsistentes avec la science moderne : la gastrulation a lieu au bout de 20 jours chez l'homme, et les 40 jours correspondraient à peu près aux premiers battements de coeur (au bout de deux mois environ). Pour les autres religions, les interprétations divergent. L'islam est (là encore) plus proche du judaïsme et accorde une période de latence plus longue : environ 100 jours. Le boudhisme est comme le catholicisme "moderne" et considère que l'âme entre dans l'oeuf dès la conception. Cependant cette conception est à mon avis difficilement compatible avec les connaissances scientifiques : un seul oeuf peut aboutir en effet à deux personnes, que cela soit par l'intermédiaire d'une première division en deux oeufs indépendants aboutissant à des jumeaux, ou par un défaut de gastrulation donnant deux axes antéro-postérieurs dans le même embryon et aboutissant à la naissance de siamois.

On peut donc constater que :

la gastrulation est un processus très clair et très bien défini, avant lequel l'embryon est incontestablement non structuré. On ne peut parler d'être vivant avant la gastrulation, et cela rejoint la tradition de Saint Augustin
par ailleurs, l'exemple des siamois montre qu'un défaut de gastrulation, peut entraîner la formation de deux êtres vivants, donc que la définition de ce qu'est le futur être vivant est, il me semble, post-gastrulation.

Ces deux arguments, ainsi que la compatibilité avec certaines autres grandes traditions religieuses, me laissent penser que les scientifiques peuvent remporter la "bataille" sur les cellules souches embryonnaires (extraites avant la gastrulation), y compris sur le terrain philosophico-religieux.

Lecture : six impossible things before breakfast

2007-04-27T07:17:00.000-04:00

Lewis Wolpert s'interroge dans ce livre sur l'origine évolutive de la croyance. Qu'est-ce que "croire" ? Qu'est-ce qui dans l'évolution a pu sélectionner cette faculté de "croire" ?

Selon Wolpert, la croyance si spécifique à l'homme est intimement liée à une faculté spécifique qu'il appelle la "croyance causale" ("causal belief"). Piaget a autrefois montré que les jeunes enfants développent très rapidement cette faculté, qui consiste essentiellement en une compréhension intuitive de la physique : un jeune enfant comprend très vite que le monde est composé d'objet solides qui gardent leur cohésion, que si une balle est mise en mouvement, elle continuera a priori sur sa trajectoire sauf si on l'arrête, que deux objets peuvent interagir uniquement s'ils se touchent. Et oui, nous avons tous en fait une compréhension intuitive de la mécanique galiléenne !

Les animaux ne disposent en revanche pas de ce mécanisme de pensée, sauf rares exceptions. Par exemple Wolpert cite une expérience d'un certain Povinelli. Des chimpanzés devaient utiliser des bâtons pour faire sortir de la nourriture d'un tube. Les bâtons étaient de différentes formes, tailles, textures, et une compréhension basique de la "mécanique" permet de choisir le bon bâton. Les chimpanzés n'arrivent à trouver le bon outil qu'en les essayant tous un à un, au contraire d'enfants qui utilisent leur intuition du monde pour choisir directement le bon bâton. Wolpert cite ainsi plusieurs exemples qui montrent que si les animaux peuvent apprendre par essai/erreur, ils ne disposent pas d'une intuition physique du monde au contraire de jeunes enfants. Wolpert propose que cette intuition du monde est nécessaire et suffisante pour fabriquer des outils complexes : pour concevoir un outil, il faut en effet se projeter dans l'avenir, imaginer en amont comment les différentes pièces vont s'assembler pour former un outil efficace. Des singes peuvent apprendre assez facilement par observation et essais/erreurs à utiliser un caillou pour ouvrir des fruits, mais ils ne peuvent concevoir des outils complexes peu susceptibles d'être conçus "au hasard", ou des outils "secondaires" pour concevoir d'autres outils.

Wolpert propose que tout ce qui fait la spécificité de l'homme repose sur cette matrice de pensée causale. Par exemple, il explique que la conception d'un outil nécessite la maîtrise d'une grammaire : il faut ordonner, agencer les choses pour concevoir des outils. Du coup, il est possible que le développement du langage soit cosubstantiel de cette faculté de concevoir des outils : le langage ne ferait que recycler les structures cérébrales associées. Ainsi les enfants montrent-ils les objets avant de parler, ce qui signifie que la compréhension physique du monde précède la maîtrise de l'oral. Au contraire, le langage en lui-même n'est pas nécessaire pour concevoir des outils : dans une expérience, des chercheurs ont enseigné à deux groupes d' étudiants à fabriquer des outils préhistoriques. Dans un groupe, l'enseignant donnait des explications orales à ce qu'il faisait. Dans l'autre groupe, l'enseignant se taisait et les étudiants n'apprenaient la "grammaire" de la conception que par imitation. Aucun des deux groupes ne se distinguait particulièrement ensuite lorsqu'il s'agissait de reproduire l'outil.

Venons-en maintenant au sujet spécifique du livre : la croyance. Une fois que l'homme a intuité la causalité, il n'a pu s'empêcher de chercher des causes à tous les mécanismes (p83) :

Humans were now thinking about the causes involved in all sort of activities : hunting, food gathering, social relationships, illness, probably dreams, and even life and death itself. Thus (...) is the origin of what we now call beliefs.

Wolpert propose que l'homme ne peut s'empêcher d'utiliser sa compréhension de la causalité pour chercher des explications, et y croire, d'où la religion, la croyance au paranormal, mais aussi la science ! Les chapîtres qui suivent sont assez impressionnants et s'efforcent de démontrer comment notre fonctionnement cérébral est intimement lié à noscroyances. Quelques effets bien connus sont décrits : une fois que nous croyons quelque chose, nous avons tendance à éluder les éléments qui vont contre cette croyance et à exagérer les éléments qui vont dans ce sens. Plus impressionnant : nous avons une soif spontanée de croyance qui nous pousse à construire des nouvelles interprétations, de nouvelles causalités même si nous ne disposons que d'informations très partielles. Cet effet est si fort qu'il peut mener à la "confabulation" : l'existence d'une croyance irraisonnée (une "delusion"), fermement ancrée contre l'évidence amène à réécrire l'histoire et à créer spontanément de faux souvenirs, de fausses explications, des fables, pour coller aux croyances. Wolpert cite l'exemple d'un confabulateur convaincu d'être un maître des échecs russe. Aux docteurs qui lui faisaient remarquer qu'il ne savait ni jouer aux échecs, ni parler russe, le patient répondait qu'il avait été hypnotisé pour oublier sa langue maternelle ! Ce qui est effrayant est qu'il n'y a pas de ligne très claire séparant les croyances traditionnelles de ces "delusions", même chez des individus parfaitement normaux. Ainsi, 10 à 15% de la population ont eu des hallucinations, et 20% des gens ont des symptômes de delusions ... Un résumé de la puissance de notre faculté à croire se trouve en conclusion du livre (p220):

Our belief engine, programmed in our brains by our genes, (...) prefers quick decisions, (...) is bad with numbers, loves representativeness, and sees patterns where often there is only randomness. It is too often influenced by authority and it has a liking for mysticism.

Le développement spécifique de la croyance religieuse est selon Wolpert une conséquence de ce fonctionnement spontané du cerveau. Il propose une explication plus "évolutionniste" de l'existence d'une religion. Croire en un être suprême est gage de cohésion sociale, est bénéfique au groupe car il met en place des solidarités et donne un avantage évolutif à celui-ci. Même à l'échelle individuelle, il est avéré que les gens religieux sont plutôt plus heureux que la moyenne. Wolpert compare également les différentes religions, et soulève quelques lièvres intéressants. Ainsi, il observe l'existence de "convergences" religieuses, de la même façon qu'il existe des convergences évolutives. Il semble ainsi que les sociétés basées primitivement sur l'élevage (comme la société juive primitive) développent des théories religieuses similaires, s'intéressant plus au quotidien qu'à l'au-delà. Malheureusement, ce chapître potentiellement intéressant n'est à mon avis pas assez développé. (Sur un sujet un peu similaire, voire le billet récent de dvanw sur la coévolution gène-culture).

J'ai beaucoup aimé ce livre, très riche et bourré de références, même si je trouve que par moments il y a un effet "catalogue". Les théories sont intéressantes et interpellent vraiment sur la notion de croyance et de libre-arbitre. Il est fascinant de voir à quel point l'homme est esclave de ses propres croyances, ce qui est assez effrayant en période de campagne électorale !

Arithmétique électorale : traces de bidouillage dans les sondages ?

2007-04-26T20:49:00.000-04:00

Un petit billet sur un truc étrange dans l'enquête IFOP du soir du premier tour, qu'on peut trouver ici. Je ne sais pas si quelqu'un l'a déjà remarqué, mais cette enquête sent un peu le bidouillage, en particulier lorsqu'on la compare aux autres enquêtes parues depuis, en particulier TNS-Sofres, CSA, voire même le baromètre IPSOS-Dell.

Livrons-nous donc à un petit jeu d'arithmétique électorale, tout d'abord sur les trois derniers instituts, qui vont permettre de comprendre le problème du sondage IFOP. A l'heure actuelle, et selon les différents instituts, sur Royal se reportent 13 à 19% des électeurs de Le Pen, 39 à 46% des électeurs de Bayrou. Cela lui donnerait un score de base entre 34.5% et 36.4% des suffrages du premier tour. A cela s'ajoutent les "réserves" à gauche, oscillant entre environ 7% selon IPSOS et environ 10% si les reports de voix se font bien. D'où un score de Royal entre 41.5% et 46.4% en fonction des sondages actuels.

Sur Sarkozy se reportent pour l'instant entre 60% et 65% des électeurs FN, et entre 25 et 39% des électeurs de Bayrou. Cela lui donne un score de base entre 42.1% et 45.2%. A cela s'ajoute 3.38% de voix s'étant portées sur Villiers et Nihous. Au final, on trouve un score pour Sarkozy entre 45.48% et 48.58%.

La majeure partie des différences entre sondages s'expliquent en fait par les différences entre les estimations du report des électeurs de Bayrou sur Sarkozy : de l'ordre de 2.5% des suffrages exprimés au premier tour pour l'instant. En fait, ce sont les électeurs Bayrou qui s'abstiennent de voter Sarkozy qui peuvent le plomber dans les sondages. Plus que le report imparfait des voix, c'est le non-report, l'abstention qui explique les variabilités d'un sondage à l'autre. Ces considérations sondagières me ramènent à l'enquête publiée le soir du 22 avril par IFOP. Enquête qui donnait Sarkozy à 54% et à mon avis a été soit mal faite, soit un peu bidouillée. Quand on regarde les reports sur Royal, rien d'anormal a priori en comparaison des enquêtes ultérieures : 46% des électeurs de Bayrou, 17% des électeurs de Le Pen. Non, le problème est que si vous regardez les résultats p 5, tous ceux qui ont voté au premier tour... votent aussi au second tour. Du coup, 54% des bayrouistes se reportent sur Sarkozy, ainsi que 83% des électeurs du FN. Tout se passe comme si les non-électeurs de Royal avaient été automatiquement considérés comme des électeurs de Sarkozy ! Cela explique le score quasi-plébiscitaire de Sarkozy (calculette en main, on retrouve effectivement un peu plus de 54%), un score qui livré en pleine soirée électorale ne pouvait qu'impressionner. Par ailleurs, si quelqu'un peut m'expliquer par quelle opération du saint esprit 59% des électeurs ne s'étant pas prononcé au premier tour se prononcent pour Sarkozy au deuxième (dernière ligne de la page 5), et comment les abstentionnistes réapparaissent tout aussi miraculeusement sur la première page.... Evidemment, tout cela m'inspire quelque suspicion.

Autonomie des universités : qui connait l'Italie ?

2007-04-26T07:00:00.000-04:00

L'autonomie des universités est LA grande réforme de la recherche proposée par N. Sarkozy. A n'en pas douter, s'il est élu, ce sera l'une des premières réformes appliquées : réformer l'université lui permettra de se donner une image d'homme d'action et de réformiste à peu de frais (pour lui). Cependant, à force de vouloir copier le système américain sans réfléchir aux spécificités françaises, ne risque-t-on pas d'aller droit dans le mur ? Car il suffit de traverser les Alpes pour voir un système d'universités autonomes, depuis 60 ans...

Tout le dispositif d’enseignement supérieur italien repose sur le principe de l’autonomie des universités, inscrit dans la Constitution de la République Italienne de 1948, principe auquel les universités sont très attachées. L’autonomie s’exprime aux plans administratif, financier, comptable et, depuis 2000, didactique. Chaque université s’organise selon ses propres statuts et élabore ses propres projets de formation. Source : guide de l'étudiant français en Italie

Le rêve n'est-ce pas ? Pas très loin de ce que propose le favori des sondages en tous cas. Le problème, c'est que vous pouvez demander son avis à n'importe quel chercheur, il vous dira que le système de recherche italien est un désastre.
Quelques explications peuvent être trouvées dans cet article :

En Italie, l’autonomie des universités pour le recrutement a engendré un système selon lequel on est recruté seulement là où on a fait sa thèse, on est promu seulement là où on a déjà un poste. Quand à la mobilité des étudiants, moteur potentiel de la compétition inter-universitaire, je donne deux exemples paradigmatiques. La ville d’Ostie est à 20 Km de Rome et de sa principale Université : les mamans d’Ostie ont fait une manifestation (où un collègue doyen à Rome III était convié) pour réclamer une Université à Ostie, pour que leurs bébés n’aient pas à se déplacer. Pise, autrefois université au rôle national, ne recrute désormais qu’en Toscane (et à Florence il n’y a que des enseignants florentins, sic !). Où est la compétition des universités dans l’offre de qualification ?

Rapprochons ce dernier élément de l'article récent d'Hugues Serraf sur la désormais fameuse université de Nîmes :

Nîmes vient de se doter de « la plus petite université française ». Bel effort pour une ville dont les étudiants devaient, jusqu'à présent, parcourir plus de 50 kilomètres pour accéder aux lumières de l'enseignement supérieur.

Mais bien sûr, je suis sûrement mauvaise langue. Si les Français étaient des adeptes du mandarinat local, du népotisme, si les pouvoirs publics ne cédaient jamais au clientélisme, cela se saurait.

Car c'est bien le danger qui nous guette avec cette fameuse autonomie des universités. Les chercheurs italiens, comme de plus en plus de chercheurs français, s'expatrient en masse malgré cette autonomie tant vantée par nos réformateurs. La raison est assez simple : il est totalement impossible de trouver un poste de recherche viable en Italie, sans faire de basse politique ( sans "faire preuve de son potentiel" comme dirait Sarkozy ?). D'ailleurs, nombreux sont les Italiens qui dans les années récentes ont trouvé un poste en France ...

L'autonomie totale à l'échelle française aboutirait logiquement à creuser les différences entre les gros pôles existants (en gros Paris et al.) et les petites pôles universitaires. On imagine les cris d'orfraie des 70 et quelques autres universités françaises laissées sur la route, des élus et populations locales. Et on voit bien comment une logique protectionniste et clientéliste locale favorisée par le statut autonome (comme en Italie) se mettrait immédiatement en place, ayant pour effet de complètement plomber le système par la base.

Compte-tenu de la taille microscopique des universités française, de la France elle-même, un système efficace d'autonomie des universités tourné vers la recherche ne pourrait donc se faire qu'à coup de fusions à l'échelle européenne. Mais, un tel système est à mon avis aujourd'hui totalement utopique : l'Europe n'est pas l'Amérique, où la mobilité professionnelle est bien plus grande, pour des raisons plus culturelles que structurelles. Par ailleurs la nation a encore un sens : pourrait-il exister plus d'un pôle recherche au niveau du Bénélux ? Qui acceptera de deshabiller ses propres universités pour habiller le pôle du voisin ?

Enfin avant de modifier la structure des universités, peut-être serait-il aussi judicieux de réfléchir à ses missions. On demande aujourd'hui à toutes les universités françaises de produire à la fois une recherche et un enseignement de qualité. Est-ce raisonnable ? Ne faudrait-il pas mettre plutôt en place des universités spécifiquement destinées à l'enseignement, à l'image des multitudes de petites universités d'undergraduate américaines, à côté de vrais pôles de recherche ? Que je sache, personne ne se plaint de ce que les enseignants de classes préparatoires ne fassent pas de recherche, et la qualité de la formation n'en souffre pas.

Je suis également toujours étonné par le manque de recul critique sur le système de recherche et sur ses indicateurs (quantitatif, quand tu nous tiens). Passons sur l'évaluation de la qualité d'une université sur son nombre de Prix Nobel, qui n'a pas grand sens (l'article récent de Nature sur l'apparent "déclin français" remet quelques idées en place, je ne peux que vous le recommander). Le modèle "mondial" actuel a pour seul but de faire du chiffre, de produire des papiers, aboutissant au saucissonnage des résultats, à la multiplication des papiers sur le même sujet du même groupe, aux calculs théoriques "epsilonnesque" qui n'apportent rien, au brevetage de toutes les techniques et tous les gènes , au bullshitting voire à la fraude pure et simple. Ce modèle s'auto-entretient, puisqu'on juge son succès à l'aune des objectifs affichés (produire des papiers et des citations), et non pas au progrès de la connaissance plus difficile à mesurer. Le système français a ses défauts, mais au moins la liberté de recherche est-elle totale, et il est plus propice à des projets risqués sur le long terme (encore faut-il accepter de les financer). J'ai parfois l'impression qu'on oublie que la recherche est un domaine difficile, et que produire des résultats de qualité prend nécessairement du temps; à force de vouloir s'aligner sur le système américain, nous risquons juste de jeter le bébé avec l'eau du bain comme le disait très bien Nature.

Une victoire des sondages ?

2007-04-23T01:27:00.000-04:00

Hier sur France 3, le présentateur de la soirée électorale a félicité Roland Cayrol, de l'institut CSA, pour la pertinence de ses sondages. CSA qui anonçait il y a 4 jours que Le Pen passerait devant Bayrou...

Difficile pourtant de ne pas constater que les sondages ont plutôt bien réussi à reproduire l'ordre des candidats. Etait-ce difficile néanmoins ? L'écart minimal entre les cinq premiers candidats est de 5% entre Sarkozy et Royal, soit quasiment deux fois la marge d'erreur des sondages. Rappelons qu'en 2002, l'écart entre les trois premiers était de moins de 4 points, et moins d'un point entre Jospin et Le Pen; par ailleurs, les deux premiers candidats ont eu quasiment deux fois plus de voix qu'en 2002 (détail amusant : Bayrou a même eu plus de voix... que Chirac !). Autrement dit, cette élection était du pain bénit par rapport à la précédente : l'ordre était très facile à prédire. Pas de grosse surprise donc sur ce point-là (et l'erreur de CSA il y a quelques jours est assez impardonnable).

Lorque l'on compare néanmoins sondages et resultats, ont voit tout de même des biais certains. Sur la figure ci-dessus, j'ai dessiné les sondages IPSOS de ce dernier mois, comparés aux résultats du vote donnés ce matin par Le Monde. Si Sarkozy et Bayrou ont eu des resultats à peu près conformes aux sondages, on ne peut que constater que Royal a été fort sous-estimée depuis un mois (n'ayant jamais atteint dans les sondages son score réel), tandis que Le Pen a été très fortement sur-estimé (idem). L'écart entre le dernier sondage de Royal et son score est de -2 points, celui entre le dernier sondage de Le Pen et son score est de +3 points. C'est l'illustration des biais dont je parlais dans quelques billets précédents. C'est anormal que des candidats soient chroniquement sous ou sur-évalués, et révèle probablement des artefacts dans les méthodes des sondages. Claire Durand constatait par exemple sur son site que les scores de Royal et Le Pen étaient à peu près complémentaires dans les sondages. Je pense que tout vient encore une fois des fameuses méthodes de redressement, se basant notamment sur les élections de 2002, d'où un score mécaniquement beaucoup plus bas de Royal et plus haut de Le Pen...

A voté 2 !

2007-04-21T16:07:00.000-04:00

Je m'aperçois que la loi électorale française interdit le commentaire de sondage pendant le scrutin. Certes, je ne suis pas en France, mais comme je viens d'apprendre la loi, je republierai le billet intitulé "A voté" ... dimanche à 20 h ;).

A voté !

2007-04-21T14:43:00.000-04:00

Ce matin, j'ai voté au consulat de New York pour la première fois. Il y avait beaucoup de monde. Je vous livre mon sondage au doigt mouillé pour New York : un fort vote Sarkozy, mais pas autant qu'on s'y attendrait ;). J'ai trouvé dans l'isoloir plus de bulletins Sarkozy que de bulletins Royal ou Bayrou par exemple. Petit élément insolite : le dépouillement ne sera pas rendu public avant que les électeurs de France ne votent.
Pour finir sur les sondages avant le premier tour, quelque petits trucs. Claire Durand publie sur son site une étude/lissage des sondages électoraux avant le premier tour : cliquez ici. Evidemment, ce ne sont que des sondages... mais si j'étais, disons, Stéphane Rorol ou Roland Cayzes, je vous dirais qu'on voit très bien sur les évolutions qu'au début de la campagne, une partie des électeurs Royal ont basculé sur Bayrou, ce qui a entraîné une forte augmentation du score de Bayrou, qui a ensuite réussi à attirer quelques électeurs de droite. Au final, le vote Sarkozy et le vote Bayrou semblent complémentaires. Et si c'était un artefact des méthodes de redressement ?
Sur le blog "Geneviève Tabouis", on peut lire que les variations de fermeté de vote Le Pen semblent assez absurdes. En particulier, d'un jour à l'autre sur les sondages IPSOS la fermeté "brute" peut varier de... 48 points ! Je pense que c'est le signe que le nombre d'électeurs déclarés de Le Pen est tout petit. Si on considère que la marge d'erreur est de l'ordre de 25 points pour cette fermeté (la moitié de cette variation extrême), cela serait compatible avec un échantillon d'électeurs de Le Pen d'environ 20 personnes, ce qui donne un vote Le Pen d'environ 7% sur 300 personnes. Cela semble être effectivement le score de Le Pen non redressé, comme le montre cet article que nombre d'entre vous m'ont signalé (merci yogi et blop). En tous cas, je me demande du coup si on peut "remonter" aux données brutes en regardant ce genre de questions "annexes" : cela n'a pas l'air de très bien marcher sur les autres candidats, mais on voit quand même que là aussi, Sarkozy et Royal sont au coude à coude...
Pour conclure sur les sondages, mon opinion est que ceux-ci ont de graves problèmes méthodologiques, qui ne permettent pas en tous cas de se fier trop aux résultats bruts, et donc dès que c'est un peu serré, on ne peut rien dire. Par contre, je pense que les sondages sont sans doute capables de "capturer" les tendances individuelles sur le long terme (i.e. je pense que Bayrou est vraiment monté, maintenant peut-être pas aussi haut, ou peut-être au contraire beaucoup plus haut). La méthode de redressement de Le Pen qui consiste à multiplier le score brut d'un facteur 2 est, disons-le clairement, une vaste fumisterie. Quoi qu'on en dise, si on utilise les résultats de l'élection précédente pour appliquer des facteurs multiplicatifs, on risque surtout de tout redimensionner pour retrouver finalement à peu près les scores des années précédentes. C'est vraiment du doigt mouillé pour donner des résultats crédibles, mais je pense que ces résultats sont donc biaisés par construction. Et j'attends toujours qu'on me démontre que les électeurs de Le Pen mentent, et que ce n'est pas un problème d'échantillonage : je suis effaré d'un point de vue scientifique qu'on préfère appliquer un espèce de patch immonde qui consiste à multiplier les scores Le Pen plutôt que d'essayer d'avoir des échantillons/réponses plus fiables. Par ailleurs, une question m'assaille à quelques jours du premier tour : les sondages "sortie des urnes" sont-ils aussi redressés ? Les électeurs qui viennent de voter Le Pen refusent-ils de répondre ? Mentent-ils ? C'est très facile à savoir car il suffit de comparer les réponses aux sondages sortie des urnes au dépouillement.

Voilà, dans tous les cas, le blog restera silencieux pendant quelques jours, le temps de me remettre de la campagne et en attendant de vrais billets scientifiques.

Nature parle des Français

2007-04-19T10:33:00.000-04:00

Nature de ce jour publie un dossier spécial recherche française, à la veille des élections. L'article principal est une interview en parallèle de Royal, Sarkozy et Bayrou, est est disponible en accès libre ici, avec le texte original en français là. Le Monde consacre aussi aujourd'hui un article sur le sujet.

Les interviews sont très longues, l'article du Monde est une bonne synthèse à mon avis des discours. Pour ne pas faire redondant, je préfère citer et commenter quelques passages "à la volée".

A propos de la "fuite des cerveaux ":

Nicolas Sarkozy : J'observe également que la France exporte des compétences scientifiques à l'étranger, même si je regrette qu'un nombre croissant de nos jeunes chercheurs fasse le choix de l'expatriation parce qu'ils estiment ne plus pouvoir réussir dans notre pays.

Ce diagnostic est à mon avis en partie erroné. Il y a deux catégories importantes de chercheurs français expatriés : les "jeunes" à l'issue de la thèse qui font un premier post-doc, et les autres, en général plus âgés, qui ont soit un poste, soit des financements importants et une sécurité de l'emploi [1]. Mon point est que parmi la catégorie des "jeunes thésards" que je connais, le choix par défaut serait a priori de rester et de s'installer en France. L'expatriation est avant tout contrainte, et donc non choisie. Seulement, devant la pénurie des postes, les difficultés de tout ordre [2], il apparaît assez vite plus facile de faire carrière à l'étranger, où il y a une vrai offre d'emplois scientifiques, et une vraie politique de financement et d'incitation à la recherche. Le choix de l'expatriation permanente intervient une fois la frontière franchie, c'est plus un choix de continuité, lorsque les chercheurs n'ont plus tellement de liens avec le système français et se retrouvent à l'étranger. D'ailleurs, c'est ce qui explique aussi que le CNRS arrive à recruter des étrangers : bien souvent, ce sont des post-doc dans les labos français, qui une fois sur place, arrivent à trouver les appuis politiques et font le choix de rester. C'est aussi pour cela que je pense que le nombre d'étrangers recrutés n'est pas un indicateur fiable de l'attractivité du système français : il faudrait plutôt quantifier le nombre d'étrangers recrutés en France sans y avoir jamais travaillé.

A propos de la reconnaissance du doctorat :

Ségolène Royal : Ce que demandent nos jeunes, qui acceptent bien sûr que leur travail soit évalué, c'est une visibilité à long terme, des moyens de travailler, la reconnaissance du doctorat, des perspectives d'entrée à l'université dans les organismes de recherche ou dans le secteur privé après un poste de doctorat. Je favoriserai le développement des recherches originales avec prise de risques, tout en privilégiant l'emploi stable, comme chez nos partenaires.

Je me suis engagée pour une reconnaissance du diplôme de docteur (PhD) tant dans la fonction publique qu'au sein des branches professionnelles.

Rien à ajouter sur cette sortie, elle résume parfaitement mon sentiment exprimé ici ou là sur ce blog ou ailleurs. Bayrou est sur la même ligne :

Le retour des post doc de l'étranger sera facilité et leur intégration dans la recherche ou dans les entreprises innovantes développé. Les carrières devront ensuite faciliter les passages entre l'enseignement, la recherche et l'économie.

Je préfère une évolution forte, dont le premier pas est la reconnaissance du doctorat : celui-ci doit devenir un diplôme reconnu à l'embauche, comme cela se pratique dans le monde et être intégré dans le droit du travail. Ainsi les docteurs seront-ils à part entière les cadres de notre pays, dans les entreprises, l'administration, le monde politique

Sarkozy n'est pas en reste, mais contrairement aux autres, en reste un peu à mon avis au wishful thinking en ne proposant pas de geste politique en vue de la reconnaissance du doctorat dans les conventions collectives, comme s'il était un peu contre-nature que des docteurs n'aillent pas dans l'enseignement-recherche :

Je souhaite que les docteurs puissent accéder à d'autres débouchés que la recherche et l'enseignement. L'expérience professionnelle doctorale doit pouvoir ouvrir la voie à des responsabilités élevées dans l'administration et les entreprises.

A propos des carrières des chercheurs :

Nicolas Sarkozy : Je veux mettre fin à la situation indigne qui est faite aux jeunes chercheurs, doctorants et mettre en place une vraie politique post-doctorale en France. Après confirmation de leur potentiel, la revalorisation des rémunérations doit aussi s'opérer selon des critères prenant mieux en compte le mérite, la qualité des travaux scientifiques et les résultats obtenus. Je souhaite faire tomber les cloisonnements archaïques qui séparent en France chercheurs et enseignants-chercheurs. Chacun au cours de sa carrière doit comme dans la plupart des autres pays développés pouvoir se consacrer librement et à des degrés variables aux missions de recherche et d'enseignement.

Ce passage a suscité des sentiments tout à fait contradictoires chez moi. Je ne peux encore une fois qu'applaudir à une politique post-doctorale en France (même si je ne sais pas très bien ce que cela veut dire). Je suis personnellement assez favorable à ce que tout le monde fasse de l'enseignement (à dose modérée; cela permettrait de diminuer la charge des MdC et de revaloriser les carrières à l'université).
Mais ce qui m'a un peu gêné est ce petit passage de 5 mots, que j'ai grassés. Qu'est-ce que cela veut dire exactement "après confirmation de leur potentiel ?". C'est le genre de petites phrases vaches pleines de sous-entendus, qui sous prétexte d'objectivité, cache peut-être des intentions purement politiques. On entend très souvent des choses de ce genre lors des concours de recrutement. Quand vous avez fait une grande école d'ingénieurs, réussi des concours très difficiles, fait une thèse, un post-doc, que vous arrivez à la trentaine et qu'on vous dit encore que vous n'avez pas atteint votre maturité scientifique ou qu'il vous faut "confirmer votre potentiel", vous vous posez de vraies quesions sur vous d'abord, puis en vous comparant aux autres, rapidement sur le système de recrutement. D'autant plus que la plupart du temps, ceux qui posent ces questions ont eux-mêmes eu des postes très tôt, à une époque bénie et reculée pour la recherche française où on faisait confiance aux jeunes; d'autant plus lorsque vos camarades français ayant choisi d'autres études ont du boulot et des confortables revenus en France; d'autant plus lorsque vos amis chercheurs français avec des parcours similaires au vôtre décrochent très facilement des tenure track ailleurs. Le potentiel ne se révèle que dans un environnement favorable, lorsque les commanditaires de la recherche font confiance aux jeunes chercheurs; lorsque l'on fait face à de la défiance systématique (pour les chercheurs, pour les jeunes), on n'a effectivement qu'une envie : aller voir ailleurs.

A propos de la dualité université/grandes écoles :

Nicolas Sarkozy : Les grandes écoles et les universités sont complémentaires et nous devrons valoriser davantage demain ces complémentarités. Des salaires décents pour les doctorants devraient inciter plus d'élèves de grandes écoles à choisir la formation par la recherche. Il est important que la recherche pénètre davantage dans les grandes écoles et que les meilleurs étudiants des universités puissent accéder à celles-ci. Il faut associer étroitement universités et grandes écoles géographiquement proches dans des campus avec des services partagés. Les grandes écoles pourront faire bénéficier les universités de leur savoir-faire en matière de relations avec les entreprises et d'accès de leurs élèves aux emplois de responsabilités qu'elles proposent.

Amusant passage : Sarkozy veut revaloriser les universités en envoyant leurs meilleurs étudiants dans les grandes écoles. Plus sérieusement, l'idée de rapprocher Université et Grandes Ecoles semble raisonnable a priori, mais il y a un gros problème : la masse d'étudiants n'est pas comparable. Les Grandes Ecoles sont véritablement microscopiques (en termes internationaux) : ce rapprochement demande une vraie réflexion, qui ne peut se passer d'une injection massive d'argent dans l'université pour "rattraper" les moyens donnés aux Grandes Ecoles. Sur ce sujet, Sarkozy propose d'augmenter de moitié le budget des universités (cela paraît beaucoup, mais est-ce suffisant ? question ouverte, je ferai des recherches là-dessus) et propose la désormais classique "autonomie". Pour Royal et Bayrou :

Royal : Je prône une logique d'utilisation optimale des moyens, fondée sur l'évaluation, ce qui nécessite de donner des conditions de travail favorables à tous les enseignants-chercheurs qui sont engagés dans la recherche. Se limiter à soutenir une petite partie d'entre eux voudrait dire qu'on paie les autres sans profiter de leur potentiel de recherche : ce serait absurde.

Bayrou : Il faudra atteindre une dépense par étudiant égale à la moyenne de celle des pays de l'OCDE, continuer le rapprochement amorcé avec les grandes écoles et décider un changement de gouvernance. Et les initiatives comme la fusion des Universités à Strasbourg, prévue pour 2009, seront saluées et encouragées. Elles ne peuvent conduire qu'à la visibilité de la France et à l'amélioration de sa recherche.

Pour conclure ce billet déjà trop long et un peu subjectif, ce qui m'a frappé dans cette interview est le contraste entre la méthode Bayrou/Royal d'un côté, et Sarkozy de l'autre. On dit souvent que Sarkozy fait plus de propositions : en fait, quand on regarde dans le détail, Sarkozy propose de grosses réformes de structure, mais reste très vague sur tout ce qui concerne le financement, la reconnaissance des carrières scientifiques, du doctorat. Il est très clairement dans une logique de système auto-régulé, qui va produire de la bonne science de lui-même :

Sarkozy : Plus que les incitations financières de tous ordres, c'est avant tout la qualité de la recherche et le dynamisme de ses canaux de diffusion qui sont déterminants pour notre potentiel d'innovation.

Par ailleurs, phénomène étrange dans cette campagne, c'est la première fois à ma connaissance que Sarkozy s'attribue de manière insistante une politique gouvernementale :

Sarkozy : N'oubliez pas, outre l'ANR et le Haut Conseil, la création des pôles de compétitivité que j'ai initiée (...)
Les pôles de compétitivité que j'ai mis en place dans mes différentes responsabilités gouvernementales sont encore très jeunes....

C'est d'autant plus inquiétant quand on regarde la pratique des gouvernements de droite au pouvoir ces dernières années, reproduite dans ce graphique dans un article complémentaire de Nature qui met (enfin !) l'accent sur le problème essentiel derrière les difficultés de la recherche française : le manque de financement. Notez d'ailleurs qu'il n'y a que les imbéciles qui ne changent pas d'avis puisque lorsque Bayrou était ministre de l'Education Nationale, le budget de la Recherche a été sabré.

Bayrou et Royal sont certainement moins en parole dans la réforme structurelle, mais plus dans la régulation et l'augmentation des flux d'argents existants, avec quelques propositions réellement concrètes, intégrant plus la recherche dans la société civile:

Royal: Il faut arrêter de changer sans arrêt de cadre de référence et simplifier. Les mesures comme le crédit d'impôt-recherche doivent être mieux évaluées, l'accès au marché des capitaux pour le développement des 2ème ou 3ème tour de financement amélioré par le recours à une fraction de l'épargne défiscalisée (assurance-vie). Aujourd'hui, l'essentiel des aides profite aux grands groupes, il faut mieux aider les PME.

En fait, on a un sentiment de volonté de "tabula rasa" avec Sarkozy, sentiment probablement partagé par Nature qui livre une conclusion intéressante dans son editorial - en forme de Scud à l'intention de Sarkozy d'ailleurs (je reprends la traduction de l'article du Monde sur le sujet) :

"La France a besoin de changements pragmatiques, bien ciblés et durables dans des domaines comme la politique de recrutement et les grilles de rémunération, conclut Nature. La science française a de grandes forces, quoi qu'il en soit : les réformateurs potentiels doivent faire attention de ne pas jeter le bébé avec l'eau du bain."

[1] Peut-être Matthieu pourrait nous en dire plus, mais ma perception est qu'il n'y a pas beaucoup de jeunes français qui partent à l'étranger pour faire une thèse, je connais beaucoup plus de post-doc ou de professeurs français que de thésards
[1] un jour j'écrirai un billet récapitulatif édifiant de mes aventures au cours des concours de recrutement

HS : SPAM politique pour expatriés

2007-04-17T20:40:00.000-04:00

C'est la campagne électorale, y compris sur ce blog qui manque cruellement de billets purement scientifiques ces derniers temps. Il faut dire que je passe plus de temps à aller lire les divers journaux et blogs politiques, voire à les commenter, qu'à lire de vrais articles scientifiques et à bloguer dessus durant mon temps libre. Mea culpa; j'ai hâte que la campagne s'achève (tout comme j'avais hâte que la Coupe Du Monde s'achève l'an dernier; espérons que mon équipe favorite ne perdra pas en finale sur un coup de boule cette fois-ci :P).

En attendant, je tenais à faire part de mon étonnement concernant le spam aux expatriés. Petit rappel des faits pour ceux qui ne sont pas au courant : le 28 Mars dernier, comme beaucoup d'expatriés, j'ai la surprise de recevoir sur mon e-mail personnel une lettre de François Bayrou. Celui-ci sera suivi quelques jours après d' e-mails des trois autres candidats principaux -pour ne pas paraître has been j'imagine devant Bayrou le Révolutionnaire-, Nicolas Sarkozy, puis Ségolène Royal et enfin Jean-Marie Le Pen - je ne sais pas si vous avez déjà reçu un e-mail de Jean-Marie Le Pen, mais ça fait tout bizarre. Chacun de ces mails était rempli de considérations et de propositions spécifiques pour les français expatriés.

Ma première réaction... fut assez mitigée. Je n'ai pas envie de recevoir des e-mails politiques sur ma boîte mail professionnelle. Après enquête et recoupement, il est rapidement apparu que c'était le consulat de New York qui avait communiqué nos adresses aux candidats. Entre temps, je m'étais fendu d'un e-mail à François et Nicolas (maintenant qu'on se connaît par e-mail, je les appelle par leur prénom comme n'importe lequel de mes e-interlocuteurs). François m'a répondu par une nouvelle lettre de prop...ositions et m'indique en PS :

P.S. : vous avez été nombreux à vous interroger sur la façon dont l’UDF s’était procuré votre adresse électronique. Comme la loi le prévoit, le ministère des Affaires étrangères a remis à l’ensemble des 12 candidats à la présidence de la République la liste des Français immatriculés qui avaient eux-mêmes, lors de leur inscription sur la liste électorale consulaire, communiqué ladite adresse.

Je lis ensuite sur le web qu'étant donné l'éloignement, les expatriés ne peuvent recevoir leur petite enveloppe habituelle pleine de tracts électoraux, et donc tant qu'à faire, il valait mieux leur envoyer l'information par e-mail, et toujours tant qu'à faire utiliser les adresses e-mail communiquées au Consulat (NB : il y a un certain paradoxe à envoyer de l'information par internet, media d'information par excellence, à des gens sensés ne pas être au courant de ce qui se passe au pays en raison de l'éloignement. Sur Internet, aujourd'hui, on peut lire les journaux, les blogs et regarder la TV. On est donc tout aussi bien informé que le Français moyen sur la campagne; il manque juste le café du commerce - encore que sur certains blogs et foras, on peut convenablement se rattraper ).

A l'époque, je me dis que m'écrire sur mon adresse e-mail ne me semble pas équivalent à m'écrire par la poste. J'admets alors que je joue peut-être la vierge effarouchée, et au final j'accepte donc l'argument d'un haussement d'épaules.

Sauf que ce soir en rentrant chez moi, j'ouvre ma boîte aux lettres, pour découvrir le visage rieur de Frédéric Nihous, l'air goguenard de Le Pen et la fameuse affiche en papier recyclé de Schivardi. Donc cette histoire d'éloignement du pays empêchant l'arrivée de l'information, c'était juste du pipeau. Quelle est donc la logique de tout cela ? Au nom de quoi maintenant nos adresses e-mail ont-elles été communiquées aux candidats ? Car je vois dorénavant très clairement pourquoi mon adresse e-mail n'est pas équivalente à mon adresse courier. Les e-mail étaient spécifiquement adressés à des expatriés, avec des problématiques d'expatriés, des soucis d'expatriés; autrement dit, l'e-mail aux expats était une opération ciblée de marketing politique. C'est le ciblé qui me gène, car c'est ce qui distingue le légitime souci d'information du spam non sollicité pur et simple.

Sondages : le grand n'importe quoi de la dernière ligne droite

2007-04-16T23:07:00.000-04:00

La frénésie sondagière est de plus en plus pathétique. Les commentaires journalistiques sont à l'avenant. En témoigne cette capture d'écran du figaro.fr (je sais, on m'a souvent déconseillé de lire le figaro, ce serait mauvais pour mon coeur), avec deux commentaires de sondages totalement contradictoires...

IPSOS a attendu mon dernier billet sur les sondages pour publier des résultats... encore plus absurdes. Ainsi, pendant 7 sondages consécutifs la semaine dernière, Sarkozy a été donné à un score fixe de 54% ! Toutes mes félicitations à IPSOS qui semble donc être capable de réduire la marge d'erreur à quasiment zéro ! J'ai refait rapidement mon étude du billet précédent sur les sondages, on bat tous les records : ma statistique d'écart entre les maxima/minima me donne une plausibilité de la série de sondages de l'ordre de 0.05 %, i.e. 99.95% des séries de 38 sondages consécutifs montent plus haut ou descendent plus bas que la série IPSOS. La raison pour cette brusque décroissance dans la plausibilité est une série de sondages où Sarkozy est placé à un score très haut (54%) et très stable. Si Sarkozy est effectivement à 54%, les sondages devraient flirter par moments avec 56, 57 %, or ils restent "scotchés" à 54.5% au maximum, soit une marge d'erreur de l'ordre de 0.5% au plus. Cela sent plus que jamais la manip. Pour la beauté du geste, je redessine ma bosse gaussienne, je vous rappelle que la hauteur de la bosse est proportionnelle à la probabilité d'apercevoir un couple "maxima-minima" dans une série de sondages, la flêche rouge indique le score d'IPSOS. La série de sondages d'IPSOS tombe dans une zone à très fabile probabilité. Petit point technique en passant : je me suis aperçu que pour éviter tous les artefacts de discrétisation dans mes simulations, il fallait prendre un nombre d'électeurs multiples de 200 pour des sondages évalués au demi-point près. La raison est que dans le cas contraire, comme le nombre d'électeurs est fini, certains résultats de sondages deviennent plus improbables (par exemple avec 100 électeurs, on ne peut évidemment pas trouver un score de 53.5%). C'est ce qui expliquait que mes gaussiennes n'étaient pas totalement symétriques dans mon billet précédent (mais rassurez-vous, cela ne change absolument rien à l'étude).

Toujours sur les sondages IPSOS, je me suis amusé à comparer "à l'oeil" des simulations de protocoles IPSOS (un sondage de 400 personnes par jour, moyenne sur 3 jours) avec des simulations de sondages indépendants. Je voulais comprendre si les sondages moyennés sur 3 jours étaient vraiment plus "lissés". Les sondages IPSOS réels sont en rouge, les sondages simulés moyennés sur 3 jours en bleu, les sondages indépendants en vert, la moyenne des sondages réels en bleu clair (53.5%). On voit toujours assez clairement qu'il y a quelque chose qui cloche dans la variabilité des sondages IPSOS. On voit aussi clairement que la courbe bleue n'est pas plus lisse que la courbe verte : elle fluctue autant et est simplement plus "corrélée" dans le temps (c'est rétrospectivement assez compréhensible). En revanche, on voit aussi que ce protocole de moyennage sur trois jours fausse pas mal la perception des choses : la marge d'erreur sur 400 personnes est assez grande, et quand on a une ou deux fluctuations assez grandes dans un sens, les fluctuations persistent assez longtemps dans le temps. Cela peut donc fausser complètement la perception tirée de ces sondages... Encore une fois, je ne sais pas comment IPSOS a concilié tous ses effets complètement délétères qui sont assez clairs dans les simulations numériques.
J'ai soumis un article récapitulatif de tous mes billets sur les sondages à Agoravox. On verra bien; avec la chance que j'ai dans mes soumissions d'articles en ce moment, j'ai toutes les chances d'être refusé ;)

Ajout 18 Avril : l'article a été publié sur Agoravox, suivez le lien .

Physique vs biologie : la science doit-elle être jolie ?

2007-04-12T20:36:00.000-04:00

Un article de Nature de cette semaine [1] s'ouvre par cette phrase étonnante :

"The standard model is horribly ugly, but the data support it."

"Le modèle standard est horriblement laid, mais est confirmé par les données."

(Note de traduction : j'ai remis l'expression "modèle standard" suite à la remarque d'Eric C en commentaire)

Pour expliquer les observations cosmologiques, il est nécessaire de supposer l'existence de matière noire (dont nous avaient déjà parlé Matthieu et Sevene), et d'une "énergie du vide" ou "énergie noire", qui se traduit dans les équations par une "constante cosmologique" (voir en fin de billet pour plus de détail). Seulement, le problème, c'est que cette explication est, je cite l'article de Nature "a profound problem from the viewpoint of fundamental physics". Cette constante implique en effet qu'il est, en gros, possible d'extraire de l'énergie du vide, de créer quelque chose à partir de rien, et que cette création a lieu en tous points de l'univers en permanence ! Evidemment, c'est à la fois problématique théoriquement, et improbable scientifiquement; pourtant, cela marche très bien phénoménologiquement .

Naturellement, les physiciens théoriciens ne peuvent accepter cela. Quoi, un terme "ad hoc" dans un équation ! Quelle horreur ! De fait, on les comprend : la physique théorique s'est construite quasiment exclusivement sur l'idée de "beauté mathématique". Par exemple, tout le modèle standard (le vrai) a été construit à l'aide de considérations de symétries, amenant à utiliser la théorie des groupes pour décrire et prédire l'existence des particules. Dans un autre domaine, c'est l'extension du principe de relativité de Galilée qui a amené Einstein à proposer sa théorie de la relativité. C'est évidemment une version un peu romancée de l'histoire de la physique, mais il y a un fond de vrai : les physiciens théoriciens ont remporté leurs plus grands succès en dérivant le maximum de choses de premiers principes simples. Et aujourd'hui, certaines théories des cordes sont jugées à l'aune de leur "beauté" mathématique ...

La question se pose donc naturellement lorsque l'on vient de la physique théorique : la nature est-elle mathématiquement belle ? Entre deux théories scientifiques, la plus simple, la plus dépouillée mathématiquement (et donc la plus profonde) est-elle a priori la plus juste ? La science doit-elle être "jolie" ? Depuis que j'ai mis les mains dans le cambouis biologique, je suis bien obligé de constater que les physiciens font (parfois, mais pas souvent :P) fausse route.

La nature a en effet le mauvais goût d'avoir engendré des horreurs mathématiques. En particulier dans un de mes domaines favoris : le développement. L'image ci-contre représente l'expression d'un des gènes cruciaux de la segmentation de la drosophile: even-skipped, dit eve. Le motif observé naturellement est représenté sur les panneaux a à c.
Admirez l'espacement remarquable des bandes, leur caractère très homogène plutôt surprenant quand on sait le bruit existant dans toutes les interactions génétiques. Un physicien théoricien, voyant un tel motif, a un réflexe quasi-pavlovien : REACTION-DIFFUSION, MOTIF DE TURING ! Pour un théoricien, seul un processus "émergent", auto-organisé, peut aboutir à une telle perfection, à une répétition de motifs aussi réguliers : c'est d'ailleurs un tel processus qui est probablement à l'origine des bandes des zèbres. Tous, biologistes y compris, pensaient bien qu'un tel mécanisme physico-chimique était à l'origine des bandes de segmentation. Or il se trouve que Stephen Small et son équipe ont en fait découvert qu'il n'en était rien : toutes les bandes se forment de manière indépendante, utilisant toutes des mécanismes différents. Ainsi, a-t-on pu identifier un module génétique associé à la bande numéro 2, un autre module pour la bande numéro 5, un module pour les bandes 3 et 7, un autre pour les modules 4 et 6... Des modules différents, régulés par des protéines différentes, amènent à la formation d'un joli quadrillage parfaitement régulier et de bandes apparemment identiques. Si le résultat est très joli, le mécanisme, d'un point de vue purement mathématique, est sans aucun doute très laid !

La conclusion, c'est que dans certains domaines de la science en tous cas, rechercher la "beauté" peut très certainement vous amener à faire fausse route. L'exemple de la segmentation de la drosophile est d'ailleurs typique : non seulement on s'attend naturellement à ce que toutes les bandes apparaissent contrôlées par un même mécanisme, mais le fait de savoir que ce n'est pas le cas devrait nous interpeler davantage encore. En effet, s'il y a un mécanisme physico-chimique à l'origine de motifs, rien de surprenant à ce qu'ils soient réguliers; mais si on a un motif d'origine d'origine purement génétique, comment se fait-il que l'évolution ait convergé vers la construction d'un motif régulier ? Autrement dit, si la bande 1 et la bande 7 se forment indépendamment, pourquoi ont-elles la même taille ? N'est-ce pas l'indication que plus tôt dans l'évolution, les bandes devaient se former à l'aide d'un processus plus auto-organisé, comme la somitogenèse ? Ainsi, peut-être qu'en biologie, à la différence de la physique, c'est en interrogeant les laideurs de la nature que nous la comprendrons le mieux...

Référence :

[1] Physicists question model of the Universe, Jenny Hogan, Nature 446, 709 (2006)
[2] A self-organizing system of repressor gradients establishes segmental complexity in Drosophila, Dorothy E. Clyde, Maria S. G. Corado, Xuelin Wu, Adam Paré, Dmitri Papatsenko and Stephen Small, Nature 426, 849-853( 2003)

Gros PS sur la constante cosmologique :

On a longtemps cru que l'expansion de l'univers n'était due qu'à l'inertie du big-bang. L'action de la gravité, tendant à s'opposer à cette expansion, aurait dû normalement amener un ralentissement de cette expansion, puisque l'inertie du big-bang devrait se dissiper au cours du temps tandis que la matière, elle, est toujours présente. Or, l'expansion de l'univers semble s'accélérer, comme s'il y avait un apport continu d'énergie dans le système pour combattre et dépasser l'action de la gravité. Einstein en son temps comprit que les forces de gravité engendraient nécessairement un univers hautement dynamique, hors équilibre, pouvant même entraîner un big crunch, ce qui était non conforme à l'idée d'un univers statique et éternel. Il fut le premier à avoir introduit dans les équations du vide une constante cosmologique, équivalent d'une "énergie noire", pour contrecarrer l'action de la gravité et avoir un univers plus stable. Il confesserait plus tard que cela avait été la plus grande erreur de sa vie, faite là aussi au nom d'une croyance en la beauté de l'univers qui se devait d'être éternel !

Scientisme et politique

2007-04-10T06:45:00.000-04:00

En ce moment, je m'énerve beaucoup en lisant les journaux et en surfant sur le web. Est-ce dû à l'hystérie sondagière ? Toujours est-il que les billets, opinions, débats sur la science se multiplient en ce moment. C'est a priori très positif, sauf que la science est la plupart du temps totalement absente de ces débats, et qu'elle est utilisée soit comme outil rhétorique, soit comme argument d'autorité dans ces joutes oratoires.

Deux exemples récents. Via What's next, je suis tombé de ma chaise devant le graphique ci-contre, reproduisant la répartition idéologique des différents partis politiques suivant deux axes, tiré du site gauche liberale.org. Je suis pourtant plutôt fan d'habitude de ce genre de petit exercice tant qu'ils ne se prennent pas au sérieux. Mais là, ce diagramme n'est manifestement qu'un concentré d'a priori idéologiques.

Par exemple, pourquoi y a-t-il des zones d'exclusion théorique ? Qu'est-ce que cela signifie ? Si on en croit le site, on lit que :

La présence d'une zone d'exclusion théorique tient au fait qu'une société hautement libérale ne peut être "pilotée" ni vers la droite ni vers la gauche. Une société libérale d'extrême droite ou d'extrême gauche est donc par définition impossible.

Moi, quand je vois une zone d'exclusion de ce genre, je pense immédiatement aux diagrammes de Kruskal en relativité générale, à des horizons et des frontières. Bref, je pense "modèle théorique", testable et justifié. Or il n'y a pas de modèles théoriques ici : il n'y a qu'un a priori politique, à savoir qu'une société libérale ne peut être trop à gauche ou à droite. Cette frontière est une vaste fumisterie : comment la déterminer quantitativement ? Quelle est la définition derrière le "par définition" ? Comment détermine-t-on le degré de gauchitude, de droititude, de libéralisme d'une société ? Quel est le sens mathématique ? Le reste du diagramme est à l'avenant : ainsi les partis politiques sont-ils alignés le long d'une jolie courbe, suggérant que les partis français sont plus ou moins tous d'accord entre eux sur le dirigisme étatique. Mais sur la base de quels critères ces partis ont-ils été placés, alignés ainsi ? Comment les surfaces relatives sont-elles déterminées ? De la même façon, le placement du zéro dans un sens ou dans l'autre est un pur a priori idéologique. Des Américains décaleraient toutes les courbes vers la gauche, tandis que des chercheurs staliniens pourraient penser que toutes les courbes devraient être décalées vers le haut (à ce propos je ne connais personne ayant fait ce test n'étant pas dans le cadran en bas à gauche). Le but de ce graphe est uniquement politique : il s'agit de nous expliquer visuellement le manque de variété sur l'axe haut bas, et de nous expliquer que les partis français sont très dirigistes. Le problème c'est qu'il s'agit uniquement des a priori de l'auteur du graphe, qui se donne une apparence de sérieux et d'objectivité en utilisant des représentations scientifiques, mais il n'y a guère de science ici, c'est un pur discours politique. L'opinion est respectable en soi, là n'est pas le problème, ce que je n'aime pas beaucoup est cette habitude de plus en plus répandue de faire de la politique en s'abritant derrière un discours scientifique pour donner l'illusion d'objectivité.

L'autre affaire qui m'énerve est évidemment celle des gènes de la pédophilie. Les experts en génétique pulullent actuellement sur les blogs et autres fora. Des blogueurs commentent, ici ou là nous donnent leur avis sur la question :

je dirais qu’il ne me parait pas absurde de penser qu’il puisse y avoir effectivement un terrain plus ou moins favorable à la pédophilie, au suicide, à la dépression.

Des choses totalement fausses qui ne paraissent pas absurdes, l'histoire des sciences en est remplie. Ce qui est vrai pour le cancer ou le suicide, peut être totalement faux pour la pédophilie. Donc débattre là-dessus en tant qu'opinion, déconnectée de la connaissance scientifique, n'a pas de sens. La science n'est pas une philosophie chargée d'équilibrer thèse et antithèse : la science n'est pas une opinion politique qui se suffit par elle-même, le débat scientifique doit être sous-tendu par des faits et n'avance qu'en choisissant et en tranchant. Il y a des théories absurdes et fausses, point barrre, comme celle du gène de la pédophilie ou de la bosse des Maths.
Par ailleurs, et là je parle en tant que citoyen, tout le monde glose sur la prédisposition, mais quasiment personne ne parle sérieusement des facteurs qui révèlent cette prédisposition, alors qu'en tant qu'homme d'action revendiqué, Sarkozy devrait plutôt s'intéresser aux causes environnementales du suicide qui sont les seules sur lesquelles il puisse agir. Moi, c'est surtout ce manque qui m'étonne, ce renoncement au nom d'une théorie génétique fausse. Car quand on regarde l'action politique, force est de constater que ce corpus de théories se traduit effectivement en actions concrètes, comme par exemple le dépistage des jeunes délinquants dès l'âge de trois ans, sans parler des gamins "hyperactifs " drogués aux Etats-Unis. Preuve que ces préjugés se traduisent dans les faits par des actions sociales, au nom de la science, ce qu'il faut à mon avis combattre.

Effet Allègre

2007-04-08T19:38:00.000-04:00

La campagne électorale échauffe les esprits, et cette semaine a vu se succéder quelques déclarations scientifiques peu inspirées. Effet de mode, le réchauffement climatique semble être un terreau idéal pour ce genre de discours. Ainsi, Eric Le Boucher dans sa chronique du Monde, à propos des climatologues qui ont l'outrecuidance d'affirmer que le réchauffement climatique aurait un impact négatif sur l'économie, nous livre cet argument imparable :

"Pourquoi affirmer avec aplomb que 2 degrés de plus sont mauvais pour le commerce, alors qu'on observe sur le territoire de ces Etats-Unis un déplacement de l'activité vers le Sud et vers le soleil ?"

C'est vrai ça : le soleil, ça attire les retraités et c'est bon pour le tourisme. Et puis de toutes façons, les ouragans, ce n'est jamais que la forme naturelle de la destruction créatrice, et cela stimule le BTP au moment de la reconstruction !

Outre la manifestation d'ignorance relative du dossier du réchauffement climatique dont fait preuve ELB dans cette simple phrase -habitude d'économiste peut-être, il se focalise sur le réchauffement moyen en oubliant la variabilité potentielle énorme du réchauffement et surtout leurs effets locaux- on ne peut que constater que l'utilisation de contre-arguments aussi débiles décrédibilise totalement un discours qui peut par ailleurs être sensé...

Inné, acquis et évolution baldwinienne

2007-04-07T21:00:00.000-04:00

L'actuelle campagne électorale bruisse en ce moment de débats d'inspiration biologique (voir par exemple cette tribune d'Axel Kahn - pardon Enro !- sur la question), qui remettent sur la table l'éternel débat inné-acquis, et le rôle de l'environnement. L'occasion d'un petit billet sur certains mécanismes derrière la variabilité phénotypique en réponse à l'environnement, et de liens avec l'évolution.

En 1998, Rutherford et Lindquist ont publié une étude fascinante dans Nature d'une protéine appelée "Hsp90". Cette protéine est dite "chaperonne" : elle aide les autres protéines à se replier et à ainsi acquérir leur fonction dans l'organisme. Lorsque Hsp90 est mutée dans une population, différentes mouches exhibent tout d'un coup différents phénotypes plus ou moins sévères : certaines mouches ont des yeux déformés, d'autres des ailes de tailles différentes, d'autres encore des antennes supplémentaires. Bizarre si on suppose qu'à une mutation est associée un seul phénotype ! En fait, Rutherford et Linquist montrent que les mutations de Hsp90 révèlent des variabilités "cachées" dans le génome. Le mécanisme est schématisé dans la figure ci-contre. Dans le panneau A est représentée une mouche normale : le gène a produit une protéine fonctionnelle A, et tout va bien. Le panneau B montre le rôle joué par HSP90 : l'allèle a1 est différent de l'allèle a, et la protéine associée A1 a une fonction différente. Le rôle d'HSP90 est alors de jouer le rôle de "tampon génétique" et de "corriger" la fonction de A1, pour la transformer en protéine fonctionnelle A : elle va par exemple contrôler le repliement de A1 afin de la forcer à aller vers la même fonction que la protéine "normale" A. Du coup, si HSP90 est supprimé (ou si elle a trop de travail par exemple), il ne lui sera plus possible de corriger le repliement et la protéine A1 va être produite, jouant une fonction différente. La variabilité génétique cachée de l'organisme va être ainsi mise en évidence.

On voit donc qu'une mouche portant l'allèle a1 est en général tout à fait normale mais une variation de l'environnement (par exemple de la température) peut révéler la variabilité cachée. L'autre aspect fascinant est que Rutherford et Lindquist se sont ensuite amusées à faire de la sélection entre les mouches ayant le même phénotype une fois HSP90 muté, puis ont réintroduit une HSP90 normal. Surprise : HSP90 est alors cette fois incapable de corriger le phénotype ! Une expérience difficile à interpréter selon moi : cela suggérerait que Hsp90 pourrait agir en plusieurs endroits sur le même processus; en accumulant des mutations dans les protéines de celui-ci, peut-être Hsp90 n'arrive-elle plus à compenser toutes les micro-mutations, d'où la fixation du phénotype.

Evidemement, de tels mécanismes peuvent jouer des rôles capitaux dans l'évolution. Imaginez que pendant un certain nombre de générations, l'environnement modifie le rôle des protéines chaperonnes telles que Hsp90, si bien que les variabilités cachées peuvent être exprimées. Les invididus possédant une adaptation à ce nouvel environnement révélée par le stress vont se reproduire préférentiellement, et le caractère associé pourra alors se trouver fixé et exprimé dans la population, même après un nouveau changement d'environnement. On peut d'ailleurs aussi imaginer que les variabilités ne soient exprimées que de façon stochastique dans l'environnement modifié : la sélection parmi les adaptations va alors ressembler en quelque sorte à un processus d'apprentissage. Ce type de mécanisme d'évolution, où une simple prédisposition chez les individus est au cours du temps sélectionnée pour être fixée génétiquement se rapproche de ce qu'on appelle l'effet Baldwin , qui serait notamment impliqué dans "l'apprentissage" au cours de l'évolution de la tolérance au lactose.

Référence :

Hsp90 as a capacitor for morphological evolution, Suzanne L. Rutherford and Susan Lindquist,Nature 396, 336-342 (26 November 1998)

Résurrection pascale

2007-04-07T20:45:00.000-04:00

Hasard du calendrier, trois jours après son décès, Nausicaa est réssucitée ! J'ai plongé dans les entrailles de la bête, identifié et changé la pièce deffectueuse, et c'est reparti !
Espérons maintenant que l'esprit saint me visitera la semaine prochaine ;)

RIP Nausicaa (2003-2007)

2007-04-05T08:13:00.000-04:00

Mon vieil ordinateur vient de crasher splendidement, en conclusion d'une semaine assez difficile sur le plan professionnel. Comme je suis deja deborde en ce moment (vous avez deja pu remarquer que je parle peu de vraie science ces temps-ci pour y preferer l'exercice plus facile du commentaire scientifico-sondagier), et comme il me faudra aussi rattrapper le retard accumule a cause du crash (j'ai des auditions a passer dans un mois), le blog restera en suspens et/ou en activite reduite jusqu'a nouvel ordre.

Peut-on quantifier la pertinence d'un sondage ?

2007-03-30T22:33:00.000-04:00

Je continue mes interrogations sur les sondages. Après un regard venant de l'étranger, je reviens sur ce fameux "lissage" des courbes, et vous propose un petit exercice quantitatif. Toutes mes excuses à ceux qui en ont marre des sondages, je vous rassure : c'est probablement mon dernier billet sur le sujet ! (mais bon, comme j'ai fait joujou avec quelques simulations, autant les raconter ici).

On peut donc voir à l'oeil nu que les courbes des sondages réels semblent plus lisses que les courbes simulant un sondage fait sur un échantillon aléatoire. L'une des questions que je me suis posée ces derniers temps est de savoir si l'on peut déterminer la "plausibilité" d'une série de sondages. Si les sondages sont un peu truqués, un peu cuisinés, un peu arrangés, ils devraient normalement avoir des propriétés statistiques un peu biaisées. Comme l'a fait très bien remarquer FrédéricLN sur son blog, si tous les sondages se plantent de la même façon et dans la même direction, ce n'est pas qu'il y a erreur, mais un vrai biais. Ce qui a été anormal en 2002 n'est pas que quelques sondages se soient trompés, mais bien qu'aucun sondage n'ait jamais classé Le Pen devant Jospin (ce qui aurait dû arriver statistiquement ... dans au moins un sondage sur deux, compte-tenu de la faible différence entre leurs scores).

L'une des caractéristiques des sondages est, on l'a dit, que la marge d'erreur effective semble beaucoup plus faible que la marge d'erreur statistique normale (les fameux 3 pour cents). Qualitativement, cela se traduit par le fait que les courbes des sondages n'explorent pas assez le domaine autour de leurs valeurs moyennes. Théoriquement, on devrait pouvoir regarder la distribution de résultat autour des valeurs moyennes, et montrer qu'on a une déviation de la distribution gaussienne. Le seul problème est que pour faire cela, il faudrait avoir beaucoup, beaucoup de données pour faire de tels sondages... sur les sondages ;) . J'ai fait le test : même avec une vingtaine de sondages, on est encore assez loin de pouvoir récupérer toute la distribution. En revanche, peut-être est-ce déjà suffisant pour avoir des informations sur des paramètres de la distribution...

Il y a un mois maintenant, IPSOS a mis en place une idée originale : un jour, un sondage. Depuis un mois, tous les jours, je note scrupuleusement le résultat du jour. La méthodologie est la suivante : tous les jours, 300 à 400 personnes sont interrogées, et leurs réponses sont mises en commun avec celles des sondés des deux jours précédents pour faire un échantillon représentatif d'un peu plus de mille personnes. Aujourd'hui, nous avons donc un ensemble de résultats très intéressants à étudier : plus de 23 sondages consécutifs, réalisés dans une période assez courte, avec strictement les mêmes méthodes. Un banc d'essai idéal pour essayer de débusquer les "ajustements" des sondeurs !

A défaut de pouvoir tracer une jolie gaussienne, j'ai essayé de trouver un moyen de comparer l'évolution sur ce mois à une évolution qui serait "typique" d'un sondage. J'ai donc simulé un million de séries de 23 sondages suivant la même méthodologie (3 x 333 personnes donnant une réponse, le résultat au temps t est moyenné avec le résultat au temps t-2 et t-1, et arrondi au demi-point, je garde les résultats à partir de t=2, donc fais en fait 25 sondages), et ai essayé de caractériser certaines propriétés statistiques sur ces sondages, afin de voir si la courbe réelle partageait les caractéristiques "typiques" de sondages simulées. Pour caractériser le lissage des courbes, je me suis plus particulièrement intéressé à la distribution des scores minimaux et maximaux sur la série de sondages. Mon hypothèse est que le score "réel" de Sarkozy est à 53 % (qui est le pic de la distribution, la moyenne étant à 53.15 - ce qui est cohérent). Sauf erreur de ma part (qu'on ne peut jamais exclure, j'en profite pour dire que ceci n'est pas un article scientifique, je n'ai pas les temps de tout vérifier 50 000 fois comme je le ferais pour un vrai article et croyez-moi, j'y ai déjà passé du temps ;) !), la courbe bleue montre la distribution de scores minimas sur une série de 23 sondages, la courbe verte montre la distribution de scores maximas sur la même série, la courbe rouge est la distribution de résultats du sondage IPSOS. Ce que nous dit la courbe bleue, c'est que statistiquement, sur une série de 23 sondages centrés autour de 53%, 20% ont un score minimum de 50.5, 20% ont un score minimum autour de 50%. C'est bien normal sachant que la marge d'erreur est d'environ 3%. De la même façon, la courbe verte nous dit que dans 20% des séries de 23 sondages, le score du candidat monte à 55.5 ou 56 % (1).
Examinons maintenant la courbe rouge. En réalité, le score minimum de Sarkozy sur la série de 23 sondages est 52%, le score maximum, 54.5 %. On voit très bien sur cette courbe que ces deux scores sont dans les queues de gaussiennes respectives des distributions des scores maxima et minima. Plus précisément, dans mes simulations, seulement 4% des sondages ont un score minimum supérieur ou égal à 52 %, et seulement 15 % des sondages ont un score maximum inférieur ou égal à 54.5%. Cela voudrait dire que le sondage réel est dans une zone statistiquement insignifiante : seulement 0.6% des sondages réels ont des distributions similaires. Si vous préférez, si on refaisait cette série de 23 sondages plusieurs fois, théoriquement, plus de 99% des sondages devraient monter plus haut ou descendre plus bas que ce qui est effectivement observé. Admettons maintenant que je baisse ma tolérance d'un demi-point : dans mes simulations, environ 12% des sondages ont un score minimum supérieur ou égal à 51.5%, 32% des sondages ont un score maximum inférieur ou égal à 55%, cela donne à peu près 4% des sondages avec des écarts maximum-minimum similaires. Cela ne devient pas complètement improbable, mais reste assez faible...

Vous l'aurez noté dans ce petit exercice, ce qui rend la distribution improbable n'est pas tant la distribution individuelle du minimum et du maximum (qui sont ici en fait assez indépendants), mais le fait que les deux scores minima et maxima soient simultanément respectivement grand et petit. Je me suis donc amusé à représenter dans le graphique ci-contre le nombre de séries de sondages aléatoires donnant à la fois un pourcentage maximum et un pourcentage minimum donné. Sans surprise, on obtient une bosse à peu près gaussienne. La cote d'un point est proportionnelle à la probabilité d'observer un sondage avec un couple maximum, minimum donné. La flèche magenta indique la série actuelle IPSOS. Ce qui est intéressant est qu'on a immédiatement un point de comparaison avec tous les autres sondages : une région à cote zéro est très improbable , tandis que les sondages en haut de la bosse, s'ils sont individuellement relativement improbables (seulement 5% des sondages sont pile au sommet de la bosse avec mon choix d'arrondi) sont collectivement assez probables (par exemple 30% des sondages sont au-dessus de la ligne bleue ciel). On voit très bien que les sondages réels sont ... tout en bas de la bosse, dans une zone assez improbable.

En fait, on retrouve tout simplement l'effet décrit précédemment : l'exploration autour de la valeur moyenne est ridicule - avec un score "réel" d'environ 53%, le sondage descend au minimum à 52% et monte au maximum à 54.5%. Dans une série 23 sondages, 90% de mes simulations explorent l'intervalle 51%-55%, et une bonne fraction des sondages devraient même descendre à 50% et monter à 56%. On a donc en réalité dans le sondage IPSOS une marge d'erreur "effective" de 1 à 2% ici (à comparer avec les 3-4% annoncés sur le site); cela correspondrait à une population effective sondée d'au moins 2500 personnes. On parle beaucoup d'ajustements des scores au premier tour, mais à mon avis on voit très bien sur cet exemple que ces scores de deuxième tour semblent eux aussi très arrangés, malgré l'absence de vote Le Pen. Peut-être les sondeurs ont-ils des super méthodes statistiques qu'ils nous cachent (pourquoi alors annoncer une marge d'erreur de 3% ?): cette série de sondages est complètement conforme à un score de 53% de Sarkozy; ce qui est juste très étrange est cette marge d'erreur complètement rabotée. Peut-être les échantillons ne sont-ils pas assez variés (après tout, peut-être les sondeurs ne sondent-ils réellement que 2500 personnes, toujours les mêmes - cela pourrait expliquer bien des choses...). Peut-être les sondeurs ont-ils aussi un flair extraordinaire qui leur permet de jauger en permanence l'opinion publique réelle. Peu importe; dans tous les cas, pour répondre à la question du titre, pour moi, il est clair qu'on peut estimer la plausibilité de ce genre de séries de sondages et s'apercevoir qu'il manque quelque chose pour expliquer le résultat.

(1) Notez d'ailleurs que les deux distributions ne sont pas complètement symétriques par rapport à 53; j'ai fait pas mal de tests et pense que c'est un effet de la discrétisation.

Traiter le cancer... avec des bactéries !

2007-03-29T18:49:00.000-04:00

A la fin du XIXième siècle, un médecin new yorkais, William Coley, a étudié l'évolution des taux de succès de traitements des cancers. A sa grande surprise, il s'est aperçu que les récidives de cancer chez ses propres patients étaient bien supérieures à celle des patients du XVIIIième siècle. La raison est assez surprenante : les conditions d'opération au XVIIIième siècle n'étant pas hyper hygiéniques, les patients développaient souvent des infections bactériennes. Cancer + infections bactériennes : le cocktail semble explosif a priori, et les chances des patients très basses. Et bien pas du tout : les infections bactériennes semblent être redoutablement efficaces pour éradiquer les cellules cancereuses. Deux mécanismes seraient à l'oeuvre :

un effet indirect tout d'abord : l'infection bactérienne provoque une réponse de l'organisme, qui stimule le système immunitaire. Celui-ci arrive alors à se débarraser des cellules cancereuses. Ceci a ammené Coley à traiter des cancers avec des injections de bactéries neutralisées (Toxines de Coley). Il semble néanmoins que ce traitement ait été depuis abandonné (oublié ?), et qu'il n'y ait plus aucune étude sur le sujet...
un effet direct : les bactéries vont avoir tendance à se reproduire préférentiellement dans les endroits hypoxiques ce qui est exactement le cas de certaines tumeurs. Du coup, les bactéries se reproduisent et entrent en compétition localement avec les cellules cancéreuses, allant jusqu'à les affamer !

Le problème est évidemment qu'il y a quand même toujours un risque dû à l'infection bactérienne. Avec l'essor de la biologie moléculaire moderne est venue une nouvelle idée : pourquoi ne pas utiliser des bactéries, dont la toxine aurait été neutralisée, pour détecter et rentrer en compétition avec les cellules cancereuses ? C'est l'expérience à laquelle se sont livrés Dang et al.

Sur la photo ci-contre, on voit le traitement d'une tumeur chez des souris. On leur a injecté une bactérie neutralisée (mais vivante - une bactérie OGM en quelque sorte) en accompagnement d'une drogue anti-cancer. En une journée, les bactéries arrivent à ébranler sérieusement la tumeur, déclenchant des hémorragies (la tâche brune)... Le système immunitaire et les drogues font le reste : en 30 jours, la tumeur a disparu !

Les perspectives thérapeutiques semblent assez extraordinaires. Car certains groupes sont déjà en train de réfléchir au moyen d'utiliser les bactéries pour non seulement détecter les tumeurs, mais libérer des médicaments pile au coeur de celles-ci. En particulier, il est envisageable d'utiliser les méthodes de plus en plus rodées de biologie synthétique pour fabriquer de véritables portes logiques détectant un environnement cancereux...

Pour conclure, je me souviens qu'un des grands thèmes à la mode il y a quelques années lié aux nanotechnologies était la conception et la fabrication de nanorobots, qui pourraient nous soigner et délivrer des substances thérapeutiques de façons très précise et très contrôlée. Il apparaît que ces nano-robots existent en quelque sorte déjà sous la forme de bactéries depuis 3.5 milliards d'années : tout ce que nous avons à faire est de trouver un moyen de les reprogrammer...

Références :

Forbes NS, Nature Biotechnology - 24, 1484 - 1485 (2006)
Dang et al, PNAS, 98, 26,15155-15160 (2001)

Leçons canadiennes sur les sondages gaulois

2007-03-24T14:17:00.000-04:00

Plusieurs médias ont récemment tenté de discuter et de décrypter les méthodes derrière les sondages (notamment Arrêt sur Images, le 7/9.30 de France Inter...). Un aspect assez fascinant dans ces émissions est qu'en général, les animateurs invitent d'un côté des membres des instituts, des spécialistes de politiques et des médias, ceux ci étant "opposés" à des journalistes. Ainsi les sondeurs délivrent-ils leur bonne parole sans contradiction sur le fond de leur travail. Par exemple, les journalistes cherchent à comprendre les méthodes de redressement : mais, au-delà du fait qu'ils n'obtiennent pas de réponses précises, ne faudrait-il pas en contester le principe ? Malheureusement, il semble impossible de remettre scientifiquement en question la parole des instituts de sondages ou de critiquer leurs méthodes : n'y a-t-il donc aucun sociologue ou statisticien en France capable de nous parler des sondages et de leur validité scientifique ?

Heureusement, dans d'autres pays, les spécialistes indépendants des sondages ont pignon sur rue, et peuvent informer le grand public sur la qualité ou la pertinence des sondages. Claire Durand est l'une de ceux-là. Et dans un article intitulé 'The polls in the 2002 French election : an autopsy", elle se penche sur les sondages français (qu'elle autopsie, donc), et sur leurs méthodes. Et on en apprend effectivement de belles.

Je me permets de reproduire (et de traduire) certains extraits de son article. Si vous avez suivi les différentes émissions parlant des sondages, les sondeurs se sont souvent abrités derrière le secret professionnel pour éviter de donner leurs méthodes dans le détail. Première surprise pour le citoyen français que je suis, au détour de cette phrase :

Although the law requires that all the methodological informationbe made available to citizens, the researcher in charge of obtainingthe information encountered many difficulties.

Bien que la loi exige que toutes les informations sur la méthodologie soient disponibles pour le citoyen, la chercheuse chargée de recueillir ces informations a rencontré de nombreuses difficultés.

Ainsi donc, j'apprends qu'en France existe une loi qui oblige les instituts de sondage à donner leurs méthodes. Où donc est la limite du secret professionnel ? Voilà un aspect que j'aurais aimé voir aborder dans les différentes émissions sur les sondages. Rassurons-nous, ce secret est bien protégé, vues les difficultés rencontrées par la chercheuse, dont voici un aperçu :

She was required to ask for an appointment and to specify inadvance the files she wanted to consult. The personnel wouldnot let her photocopy any document, so she had to write downthe relevant information. Finally, she was informed that partof the information—the results obtained before adjustment—thoughrequired by law, would not be available unless the pollstersgive their permission. We asked the pollsters for that permission,and we received a positive answer from one.

La chercheuse a dû demander un rendez-vous et préciser par avance les documents qu'elle souhaitait consulter. Le personnel ne l'a pas laissé faire de photocopies, si bien qu'elle a dû écrire à la main toutes les informations. Enfin, on l'a informé qu'une partie de l'information - les résultats obtenus avant ajustements- bien que devant être disponibles d'après la loi, ne pouvaient l'être sans la permission des instituts de sondage. Nous avons demandé aux instituts cette permission, et (seul?) l'un d'entre eux nous a donné son accord.

Je regrette de ne pas être en France pour aller chercher quelques données brutes à mon tour ! Résumons donc ce paragraphe édifiant : les instituts de sondage sont tenus par la loi de rendre publics à la fois leurs méthodes et les chiffres bruts avant redressement. La commission des sondages a manifestement tout fait pour mettre des bâtons dans les roues à cette chercheuse, exigeant un accord des instituts avant de livrer les seules informations valables : les chiffres bruts des sondages.

Toutefois, elle a pu finalement avoir quelques informations sur les fameuses méthodes de redressement. Voici un extrait de l'article à ce propos :

One pollster,who requested anonymity, explained in this way the process bywhich he decides on published estimates: "The statistician providesme with estimates according to different adjustments (...). I look at the different columnsand at the published estimates for the last week in order tofigure out the most likely figure. Say a candidate had 2 percentthe previous week and has 4 percent in most adjustments thatweek, I will put him at 3 percent. If he still has 4 percentin the next poll, then I will put him at 4 percent."

Un sondeur, qui a demandé de conserver l'anonymat, explique ainsi la méthode employée pour traiter les données : "Le statisticien me livre des estimations après divers ajustements. Je regarde alors les différentes colonnes et les estimations publiées la semaine précédente afin de déterminer le chiffre le plus probable. Supposons qu'un candidat soit à 2 pour cent la semaine précédente, et 4 pour cents après estimations de cette semaine, je le mets alors à 3 pour cent. S'il a encore 4 pour cent au sondage suivant, je le mets alors à 4 pour cent.

Voilà en quelques phrases l'explication de nos fameuses courbes lissées et confirme mon hypothèse exprimée dans un billet précédent. Ces petites corrections n'ont l'air de rien à première vue, mais d'un point de vue scientifique, c'est clairement une hérésie. C'est en effet considérer toute variation a priori comme une fluctuation statistique. Or, on ne peut se débarrasser des fluctuations statistiques : comment alors les distinguer des évolutions ? Il faut donc potentiellement dans ce cas de figure au moins deux sondages pour avoir le bon résultat. Imaginons qu'une fluctuation statistique aille dans le mauvais sens après une évolution effective : il faudrait alors 3-4 sondages pour voir l'évolution réelle. Soit de 2 à 4 semaines de campagne. C'est donc à mon sens extrêmement grave de modifier ainsi les données brutes alors que les évolutions des sondages sont pile poil dans la marge d'erreur, car cela fausse complètement l'analyse des évolutions. Par ailleurs, ce genre de méthodes est-il neutre politiquement, traite-t-on tous les candidats de la même façon ? N'y a-t-il pas par construction un effet "prime au gagnant" ... des semaines précédentes ?

Jules de diner's room critiquait Schneidermann qui préconisait d'interdire purement et simplement les sondages, arguant notamment du fait qu'on a droit à l'information. Or, il apparaît que :

les données brutes, qui sont la véritable information, ne sont manifestement pas facilement accessibles alors qu'elles devraient l'être
par ailleurs, les sondeurs s'arrogent le droit (sous le contrôle de la commission des sondages) de décider ce qui constitue une information d'une fluctuation statistique, alors qu'ils n'ont aucun moyen de le faire.

Avec cela, rien d'étonnant à ce que 62 sondages parmi les 63 derniers aient donné Sarkozy gagnant. Mais est-ce une information ?

Je vois déjà les arguments de certains : et le vote Le Pen ? Car bien sûr, nous sommes tellement bien pensants, tellement intoxiqués (moi y compris) que nous y croyons à cette histoire : les gens mentent forcément au téléphone, tous confits de honte à voter Le Pen. Roland Cayrol nous expliquait donc sur le plateau de "Arrêt sur Images" il y a deux semaines, que, pour les confondre, il suffisait de leur poser des questions annexes. Comme exemple (que D. Schneidermann a dû se battre pour obtenir) il citait: "est-ce que vous êtes parfois en accord avec les thèses de M. Le Pen ?". Ainsi, les sondeurs auraient une méthode infaillible pour confondre les électeurs honteux du FN, qui sont bien sûr des menteurs. Mais ceci prouve qu'il n'y a pas de remise en cause de leur méthode d'échantillonnage. Et s'ils n'arrivaient tout simplement pas à interroger suffisamment d'électeurs FN ? A quoi serviraient alors ces questions annexes ? Du coup, on utilise un artifice pour améliorer le rendement d'un machine bien rouillée. Vous croiriez, vous, à la compétence d'un informaticien qui vous explique qu'il a un bug, et que donc il est obligé d'ajouter un autre bug pour corriger le précédent ? Car si j'en crois cet article de Durand et al., le problème est essentiellement un problème de la méthode des quotas, qui semble bien connu ... depuis au moins 15 ans ! Ainsi, lors des élections de 1992 au Royaume-Uni, les sondages, basés sur la méthode des quotas, se sont plantés lamentablement :

Though the British ElectionPanel Study arrived at a good reconstitution of the 1992 voteusing a random sample, the reconstitutions by pollsters usingquota samples differed substantially from the actual vote.

Bien que le "British ElectionPanel Study" permettait une bonne reconstitution des résultats de 1992 en utilisant un échantillonage aléatoire, les reconstitutions des instituts par la méthode des quotas différaient substantiellement des résultats observés.

Notez que la désormais fameuse méthode des quotas est dépassée sur cet exemple précis par une simple interrogation aléatoire. Dans la suite, on apprend même qu'on sait depuis 1995 qu'ajuster les résultats en fonction des élections précédentes (ce que CSA dit faire aujourd'hui pour redresser - Roland Cayrol ayant même déploré que ces têtes de linottes d'électeur oublient ce qu'ils ont voté à l'élection précédente - in "Arrêt sur Images" sur les sondages) peut même dégrader l'estimation. La difficulté est d'autant plus grande qu'on ne sait pas forcément en France quelle élection utiliser pour cette reconstitution.

Laissons la conclusion à Durand et al., ou plutôt à Jowell et al. :

One would be tempted to issue the same recommendationas Jowell et al.: "Our recommendation to pollstersand their clients, the mass media, is that they should investin a program of methodological work as soon as possible. Samplingmethods need to be improved, and the rather primitive methodsof forecasting employed by the polls need to be supplementedby more sophisticated techniques that draw on the massive bodyof data about voting behavior and political attitudes that isfreely available."

Nous serions tentés de suggérer comme Jowell et al. : " Notre recommandation pour les instituts et leurs clients, les mass-media, serait de rapidement se lancer dans un programme de travail méthodologique. Les méthodes d'échantillonage doivent être améliorées, et les méthodes de prédiction plutôt primitives utilisées par les sondeurs doivent être accompagnées de techniques plus sophistiquées se basant sur les masses de données à propos des habitudes de votes et des attitudes politiques librement disponibles".

Référence :
Durand, Blais & Larochelle, Public Opinion Quarterly 2004 68(4):602-622

Add 28 Mars: Sebastiao Correia indique sur son blog un lien vers l'article en question en accès libre.

Vote électronique et fraude

2007-03-21T20:27:00.000-04:00

On m'a signalé ce site, luttant contre le vote électronique :
http://recul-democratique.org/

Il y a des films de démonstration de fraudes; c'est assez effrayant. De la même façon, on peut assez facilement savoir pour qui vous votez en temps réel en captant les ondes radio émises par la machine.

Je ne peux que souscrire à ce genre d'arguments :

Dans une élection traditionnelle, pour limiter le risque de fraude, il suffit de surveiller les urnes le jour de l’élection (et quelques jours après s’il y a des litiges). Mais les ordinateurs de vote, c’est en permanence, à longueur d’année et vingt-quatre heures sur vingt-quatre, qu’il faut les surveiller, comme l’explique l’informaticien Pierre Muller [2] : « On a beau mettre sous clé l’ordinateur de vote dans les jours qui précèdent les élections, la machine peut être piratée à tout moment, par exemple six mois ou un an avant le scrutin. » Une telle surveillance étant quasi impossible, il suffit d’avoir la clé du local des ordinateurs et la complicité d’un informaticien, et hop, je t’embrouille. Ni traces, ni soupçon, ni contestation possible. De plus, poursuit Pierre Muller, « les composants informatiques sont standards et programmés à l’identique sur toutes les machines. Il suffit d’en modifier un, de le dupliquer, d’en préparer un lot à l’avance qu’il suffirait d’installer dans les ordinateurs de vote et toutes les conditions sont réunies pour une fraude massive ».

Deux trucs que je ne comprends pas bien :
- on est nécessairement obligé de reprogrammer la machine à chaque élection (vu qu'on ne vote pas pour les mêmes à chaque fois), qui s'occupe de cette programmation ? Comment être sûr qu'il n'y a pas de fraudes au moment de la reprogrammation ? L'avantage de l'urne transparente et des assesseurs des différents partis politiques, c'est que là au moins, il y a plusieurs témoins, ayant des intérêts divergents qui doivent s'équilibres,
- même sans intention de fraudes, on peut laisser des bugs dans des programmes. Après chaque programmation, j'espère que quelqu'un vérifie les programmes. Et vérifie au sens mathématique : il faut être absolument sûr que la machine donne réellement le résultat, quel que soit la séquence des votes. Je pense qu'il y a des méthodes standards (encore que ces méthodes sont nécessairement approchées, puisque la prédiction de l'issue d'un programme est il me semble indécidable, cf ce billet). Peut-être un informaticien peut-il m'éclairer, mais comment fait-on pour vérifier de tels programmes ? Le fait de savoir a priori si la machine donne le bon résultat quelle que soit la séquence des votes est-il mathématiquement décidable ?

Le "bêtisier" des partisans du vote électronique est lui aussi assez gratiné...

Des couples en science...

2007-03-20T19:17:00.000-04:00

Une fois n'est pas coutume, nous allons parler ici ... d'amour.
Mais bien sûr d'amour et de sciences !

Un article récent de Nature décrivait très bien le "problème à deux corps" posé en science : d'après l'article en question, la moitié des scientifiques sont avec d'autres scientifiques (1). Cela pose d'énormes problèmes logistiques : compte-tenu de la difficulté d'avoir un poste à un endroit donné, comment donc avoir deux postes dans des domaines différents au même endroit ?

En fait, la plupart du temps, c'est quasiment impossible, tout du moins au début :

A physicist friend of mine, Diandra Leslie-Pelecky, says: "If you both want to be high-powered researchers, you are limited in your choice of jobs, because there may not be many places with strong programmes in both areas."

La première solution est donc de faire des concessions "scientifiques". Le problème, c'est qu'il est impossible de faire trop de concessions : chacun sait que le choix de l'endroit où vous travaillez a au moins autant d'importance que votre travail lui-même. L'article cite l'exemple d'une scientifique qui a suivi son mari en prenant une position non permanente à ses côtés : après quelques années, n'étant pas dans un endroit idéal, qui n'avait par ailleurs pas forcément la volonté de développer plus avant sa discipline, elle s'est retrouvé au chômage. La solution s'impose alors d'elle-même : le célibat géographique

So when Ball State University in Muncie, Indiana, offered her a full-time position, she accepted, even though it meant living in different states while her children were quite young. "In those days, if you told people you were going to have a commuter marriage, they assumed you were getting a divorce," she says. "So we were a little ahead of the curve." But the Howeses made it work for 25 years by following two rules: "Talk every day, no matter what, and have a home for both partners on both ends. Both places should be home," says Howes, who now chairs the physics department of Marquette University in Milwaukee, Wisconsin.

Après quelques années de vie séparée, on peut espérer que les CV seront assez fournis pour pouvoir arriver à trouver des postes au même endroit. L'autre problème est qu'évidemment, les endroits concentrant le plus de variétés scientifiques (pour des couples dans des disciplines différentes) sont également les endroits les plus courus ! Evidemment, de telles situations sont assez difficiles à vivre. Une étude est en cours pour déterminer si les scientifiques vivant ainsi divorcent plus souvent que la population générale.

Ce que je peux dire en tous cas (avertissement aux jeunes couples se lançant dans la science), c'est que je ne connais pas de couples de scientifiques n'étant pas passés par cette étape de séparation forcée. Le problème majeur, c'est que le marché de l'emploi scientifique est maintenant mondial; il n'est donc pas rare de devoir alors traverser la frontière et de prendre l'avion pour aller voir son/sa chérie (2). Je peux vous dire que j'accumule en ce moment même beaucoup de miles sur mes diverses cartes, et que les douaniers commencent à me connaître ;). Exemple typique:

Douanier : Bonjour, que venez-vous faire dans notre beau pays ?
Moi : je viens voir ma femme qui travaille ici
Douanier : ah oui, elle fait quoi ?
Moi : elle est chercheuse à l'université !
Douanier : et vous, vous faites quoi ?
Moi : je suis chercheur
Douanier : et vous travaillez où ?
Moi : à New York !
Douanier : mais dites-moi, votre femme, elle est française aussi ?
Moi : oui oui
Douanier : et bien dites-donc, vous en voyez du pays !
(Le Douanier cherche alors de la place sur mon passeport pour me tamponner un visa temporaire).

Et on n'est pas à l'abri d'une mauvaise surprise : j'ai maudit la tempête de neige qui s'est abattue sur New York vendredi soir et qui m'a fait passer un triste week-end en célibataire... Le plus effrayant à vrai dire est que cette situation peut rapidement devenir permanente. Mon chef est marié, sa femme est professeure dans une autre université à 5 h de voiture. Evidemment, dans ces conditions, peu de couples de scientifiques ont des enfants (de ce côté-ci de l'Atlantique en tous cas). En fait, ce qui arrive très souvent est que l'un des deux laisse tomber la recherche...

Heureusement, les universités commencent à se décarcasser un peu (aux US en tous cas). Lors d'une job interview, le sujet du conjoint est -parfois- abordé. Dans certaines universités, il y a même une cellule spécialisée pour trouver un boulot au conjoint du scientifique presitigeux qu'on souhaite attirer , particulièrement dans les universités "qui montent" et qui essaient d'attirer des jeunes prometteurs pour monter encore plus haut. Mais c'est loin d'être la règle - pas la peine d'attendre quoi que ce soit d'Harvard ou de NYU qui n'ont aucun mal à recruter-, et encore une fois, compte-tenu du petit nombre de postes créés chaque année quel que soit l'endroit, cela reste très difficile et très aléatoire.

Je suis sûr que de nombreux lecteurs de ce blog (scientifiques ou non) ont beaucoup à dire sur ce sujet. Je vous invite donc à laisser quelques commentaires pour partager vos expériences. Même si le but n'est pas de m'apitoyer sur mon sort, tout ce que je peux dire est que je trouve assez malsain cette espèce de "fuite en avant", qui ne concerne pas seulement les boulots scientifiques, et qui consiste à considérer tout un chacun comme de purs individus, sans racine, sans famille, devant chercher à tout prix l'optimum professionnel individuel (comme gage de sérieux et de motivation) dans l'espoir de simplement pouvoir exercer son boulot - car c'est de cela dont on parle la plupart du temps en science. Même pour les couples solides, qui l'ont choisi et anticipé, travailler loin de sa femme dans un domaine hyper compétitif où votre avenir à court terme (un à deux ans) est incertain, c'est très très dur; je connais des gens qui sont allés jusqu'à la dépression. Et évidemment, dans ces conditions, le boulot s'en ressent aussi, ce qui peut bien vite vous faire rentrer dans un cercle vicieux... Comme partout, un bon chercheur est un chercheur heureux !

(1) détail amusant : l'auteur de l'article a rencontré son mari... via un blog scientifique !!
(2) Pour être un scientifique écologique, soyez célibataire ...

Référence

Scientists in love: When two worlds collide,Jennifer Ouellette, Nature 445, 700-702 (15 February 2007)

Geekeries du dimanche IV

2007-03-18T09:10:00.000-04:00

Et c'est partie pour une nouvelle fournée de petites choses diverses et variées...

C@fé des sciences

Vous l'avez peut-être noté, mais le c@fé des sciences s'est récemment agrandi, et a accueilli sa première c@fetière ! Ainsi prouvons-nous que ne sommes pas un club de scientifiques machos ;). Sevene nous parle de notre plus bel organe, le cerveau. Bienvenue sevene !!

Subtilité dangereuse du C++

Considérons le bout de code C++ suivant :

int main(){
int i = 5;
for ( int i ; ...)
}

(Note : j'ai voulu mettre un exemple plus explicite, genre "print i", mais je n'ai pas réussi à dire à blogger de ne pas interprêter le code !!!)
Le code s'en sort parfaitement : en sortie de boucle, i vaut 5, même si i est modifié dans la boucle ! Ainsi est-il possible de définir en C++ une variable locale dans une boucle portant le même nom qu'une variable globale, et le compilateur s'en sort très bien. Cela fait froid dans le dos, non ?

Du bourrinage en informatique

En ce moment, je travaille avec un vrai informaticien pour apprendre à optimiser mes codes. Extrait de conversation :

Informaticien : ce machin, ça fait quoi ?
Moi : oh, c'est une petite astuce mathématique pour calculer ci ou ça. Cela me permet d'économiser un peu de mémoire, et c'est plus clair pour moi.
Informaticien : économiser de la mémoire ? Mais c'est complètement con ! ça ne sert à rien d'économiser de la mémoire ici ! La mémoire, on en a beaucoup, tu peux gérer sans problèmes des tableaux avec des tailles typiques de plusieurs gigas...
Moi : ah... mais moi ça me paraissait plus élégant...
Informaticien : l'élégance, on s'en fout, ce qui compte, c'est l'efficacité !

Je me rends donc compte que
1- je suis un vrai bleu en programmation,
2- je raisonne trop comme un pur théoricien.

Sondages

Connnaissez-vous la fameuse nouvelle d'Asimov, qui raconte qu'un jour, un ordinateur (Multivac) serait à même de choisir UN seul électeur représentatif qui déciderait seul du choix du Président ? Voir ce billet pour un extrait. C'est la méthode des quotas, poussée à son paroxysme !

Multivac est d'ailleurs omnipotent : dans une autre nouvelle, son descendant inverse l'entropie et créé un nouveau big-bang...

Conservapedia, a conservative encyclopedia you can trust.

(Via Nicole, qui ne bloggue plus mais n'en est pas moins toujours vivante)
Les "conservateurs" ont leur encyclopédie sur le web : conservapedia ! Les articles sont à l'avenant, mais moins caricaturaux qu'on ne pourrait le croire. Cependant, on sent bien la "patte" des mouvements conservateurs américains, voir par exemple le premier paragraphe de la page "abortion" :

Abortion is the induced termination of a pregnancy.^[1] The father of medicine, Hippocrates, expressly prohibited abortion in his ethical Oath long before Christianity. Today abortion is a billion-dollar industry^[2]^[3] in the United States and Western Europe except for Ireland, Malta, Poland and Portugal, where it is generally illegal. Here is a discussion of the position of the United States National Cancer Institute on Abortion.

Plus loin, l'article affirme qu'il y a corrélation entre avortement et cancer du sein, affirmation totalement fausse qui fait partie de la propagande des mouvements anti-avortement aux Etats-Unis (voir aussi cet article récent de Time magazine). Site très surprenant donc : au milieu de choses tout à fait vraies et de réalités objectives, se terrent des mensonges éhontés... Probablement le meilleur moyen de faire passer un message.

Wikiality

Conservapedia est un peu trop molle à mon goût. Les vraies valeurs de l'Amérique vraie sont bien mieux défendues sur wikiality.com. Wikiality est un terme forgé par Stephen Colbert pour désigner la "réalité " forgée sur internet, et en particulier sur wikipedia. Ainsi a-t-on tendance à considérer ce qui est lu sur internet comme parole d'évangile; dans ce cadre la réalité objective n'existe plus, elle est remplacée par une "wikialité". Et pour qu'une chose devienne vraie, il suffit de modifier la page wikipedia correspondante : Stephen Colbert avait ainsi proposer de "régler" le problème de l'extinction des éléphants en modifiant la page wikipedia correspondante (Francis Pisani avait raconté la chose bien mieux que moi). Le site est à l'avenant, et dans le style de son émission. J'adore !

The Baby Satan has a special place in hell for
Charles Darwin
and YOU just for visiting this internets tube!

Les physiciens sont fous ...

2007-03-16T13:54:00.000-04:00

En surfant sur uncommon descent, je suis tombé sur un abstract d'article hallucinant :

ABSTRACT: We argue that the cosmic microwave background (CMB) provides a stupendous opportunity for the Creator of our universe (assuming one exists) to have sent a message to its occupants, using known physics. Our work does not support the Intelligent Design movement in any way whatsoever but asks, and attempts to answer, the entirely scientific question of what the medium and message might be IF there was actually a message. The medium for the message is unique. We elaborate on this observation, noting that it requires only careful adjustment of the fundamental Lagrangian, but no direct intervention in the subsequent evolution of the universe.

Evidemment, l'article est une demi-blague. Il contient des passages cocasses (je recommande vivement la première colonne) :

That the universe was started by superior Beings is not only the province of religious thoughts from the earliest days of the human race, but has also been a staple of science fiction. In one of our favorite scenarios, our universe is a school-assigned science experiment carried out by a high school student in a meta-universe. Perhaps he or she or it even started an assortment of universes like ant farms and stashed them away somewhere in the basement, out of his or her or its parent’s way. Perhaps by now he has lost interest and forgotten about the universes, leaving some to expand, others to collapse, in complete futility and silence. But, perhaps not without leaving a message for the occupants...

Le pire, c'est que Dembski s'insurge du fait que les physiciens aient dû rajouter la phrase sur l'intelligent design, sous l'odieuse pression des méchants éditeurs !!

Sinon, pour ceux que ça intéresse, voici le message du créateur :

The next question is what might the message be. We thought of various possibilities and decided that the best choice would be the following. We now know, and we suppose that any civilization advanced enough to detect Cl in the comic microwave background would also know, that three of the four fundamental interactions are governed by gauge theories, based on the Lie algebras U(1) C SU(2) C SU(3) C SU(5) C SO(10) C E(6) (Nd Tom Roud : j'ai mis des "C" pour les inclusions). Thus we suggest that the coded message would simply be an announcement along the line “Hey guys, the universe is governed by gauge theories, and the relevant algebras are such and such.”

Référence :

http://arxiv.org/abs/physics/0510102

Title: Message in the Sky
Authors: S. Hsu and A. Zee

En finir avec le "Darwinisme"

2007-03-14T20:05:00.000-04:00

According to Darwinism, undirected natural causes are solely responsible for the origin and development of life. In particular, Darwinism rules out the possibility of God or any guiding intelligence playing a role in life's origin and development. Within western culture Darwinism's ascent has been truly meteoric. And yet throughout its ascent there have always been dissenters who regarded as inadequate the Darwinian vision that undirected natural causes could produce the full diversity and complexity of life.William Dembski 98

Au-delà de cette profession de foi pro-Intelligent Design, j'attire votre attention sur le fait qu'en quelques lignes, le nom de Darwin est prononcé quatre fois, et toujours sous une forme dérivée. Anecdotique me direz-vous ? Pas si sûr... Les termes "darwinisme", "darwinien" sont certes parfois utilisés par les scientifiques mais vous remarquerez que les adversaires de la théorie de l'évolution les emploient systématiquement. Plusieurs raisons à cela, une première est de "dégrader" la théorie de l'évolution pour la connoter "philosophie" ou "spiritualité" :

The term Darwinism has been used by Darwin's critics to describe the beliefs of those who promote evolutionary biology. In this usage, the term has connotations of atheism. For example, in Charles Hodge's book What Is Darwinism?, Hodge answers the question posed in the book's title by concluding: "It is Atheism." Likewise, modern creationists use the term Darwinism, often pejoratively. Casting evolution as a doctrine or belief bolsters religiously motivated political arguments to mandate equal time for the teaching of creationism in public schools.(Extrait de la page wikipedia)

D'ailleurs, il n'y a pas nécessairement de "malice" ou de manipulation là-dessous car les créationnistes et autres Intelligent Designers (ID) voient vraiment la théorie de l'évolution d'abord et avant tout comme une philosophie matérialiste :

Debunking the traditional conceptions of both God and man, thinkers such as Charles Darwin, Karl Marx, and Sigmund Freud portrayed humans not as moral and spiritual beings, but as animals or machines who inhabited a universe ruled by purely impersonal forces and whose behavior and very thoughts were dictated by the unbending forces of biology, chemistry, and environment. This materialistic conception of reality eventually infected virtually every area of our culture, from politics and economics to literature and art.

Notez d'ailleurs qui cohabite avec l'ami Charles...

Employer le vocable "darwinisme" permet également de donner une patine XIXe siècle, et donc de la caricaturer comme une vieille théorie passéiste, n'ayant pas elle-même évolué. C'est un trait assez courant, en particulier de la part des scientifiques non biologistes qui s'intéressent au sujet. C'est en fait très malvenu et révèle plutôt à mon avis une mauvaise interprétation de la théorie ou des connaissances de la discipline. C'est typiquement le genre d'exercice auquel se livre Dembski sur Uncommon descent. Voir par exemple ce billet : Dembski affirme que le fait que certains organismes aient des moyens de contrôler leur taux de mutation contredit le "darwinisme". Autant reprocher à Galilée de ne pas avoir introduit la notion d'espace-temps ! Ce que Dembski ne reconnaît pas, c'est que la théorie de l'évolution proposée par Darwin est avant tout un cadre conceptuel : ce n'est pas parce que Darwin n'a pas anticipé les découvertes récentes de la biologie que sa théorie ne colle pas à ces découvertes.

Enfin, dans la même veine, d' aucuns "reprochent" au "darwinisme" ne pas être prédictif, notamment à la lumière de ce qui existe dans d'autres domaines scientifiques. C'est vrai : la théorie de l'évolution est une théorie qu'on peut qualifier pour l'instant de "rétrospective", elle permet d'expliquer les observations a posteriori. C'est déjà un gros progrès, après tout, il y a deux siècles, personne ne croyait que les espèces évoluaient. Mais surtout, il faut bien voir que la proposition de Darwin n'est évidemment qu'un début. Si on compare à la physique (ce que certains ID n'hésitent pas à faire dans leur style habituel tout pétri de bon sens et de mauvaise foi) , d'un point de vue théorique, la biologie en est encore au XVe siècle : nous n'en sommes qu'au stade des observations, de la description de la mécanique des corps. Darwin, c'est Copernic : il a compris que la Terre tournait autour du Soleil, il a compris le cadre général et qualitatif; la théorie de l'évolution attend néanmoins toujours son Newton qui saura mettre tout cela en équations.

Pour conclure, les adversaires de la théorie de l'évolution ont adopté (consciemment ou non) une stratégie assez simple : plutôt que d'attaquer le fond de la théorie telle qu'elle existe aujourd'hui, beaucoup se focalisent sur Darwin, l'homme du XIXe siècle. Cela passe par l'emploi d'un vocabulaire particulier ("darwinisme") et par une lecture faussement naïve et non actualisée de ses théories à la lumière des connaissances d'aujourd'hui. Pour cela, il serait donc préférable d'en finir avec la terminologie "darwinisme"...

Critique I : de l'oeuf à l'éternité

2007-03-12T18:53:00.000-04:00

Comme promis, quelques critiques sur le livre de Vincent Fleury. J'avais prévu de faire un seul billet, mais je vais être obligé de le diviser en plusieurs parties. On commence par une partie assez technique tout d'abord, que je vais m'efforcer de vulgariser au maximum.

Je précise que cette critique est faite relativement rapidement, à chaud, et uniquement à la lumière de mes connaissances. Tout comme Fleury, je suis physicien, intéressé à la biologie, mais je ne suis pas omniscient. J'invite tout le monde à me corriger le cas échéant, et je serai heureux de discuter de toute cela, y compris et surtout (pourquoi pas) avec Vincent Fleury.

Le thème récurrent du livre de Vincent Fleury est une opposition que je qualifierai de "génétique-mécanique". Il développe une théorie de l'évolution très déterministe, en affirmant que la génétique ne décide quasiment rien, que la mécanique décide de quasiment tout.

Je concentrerais mes critiques/questions sur ce point, tout d'abord en expliquant pourquoi cette affirmation me semble en partie fausse en ce qui concerne les vertébrés dans un premier temps.

Les déterminants génétiques de l'embryogenèse des vertébrés

Le problème de base rejoint à mon sens une vieille controverse de la biologie du développement : comment des embryons (ou des gamètes) ne possédant aucune structure apparente peuvent-ils donner naissance à un être vivant hautement complexe et organisé ?

Aristote fut l'un des premiers à répondre à cette question (Wolpert p3). Il considéra deux possibilités : soit toutes les parties du corps existent déjà dans l'embryon et ne font ensuite que grossir, soit les nouvelles structures naissent et s'organisent progressivement. Il pencha pour la seconde idée. Cependant, c'est la première qui rencontra le plus grand succès, aboutissant au cours du XVIIème siècle à la théorie de l' homoncule. Cette théorie proposait que le corps humain était déjà préformé dans le spermatozoïde, et ne faisait ensuite que grossir. D'où la fameuse théorie scientifico-religieuse des "reins d'Adam", stipulant que toute l'humanité devait être contenue dès la création dans la semence du premier homme, emboitée telle une poupée Russe !

Aujourd'hui bien sûr on sait qu'il en est tout autre et qu' évidemment les structures apparaissent les unes après les autres. On sait en particulier que différents gènes sont exprimés successivement à différents endroits dans l'embryon, donnant naissance aux différentes structures. Cependant, Fleury nous explique ce qui le gène dans la biologie du développement moderne (p20):

La biologie actuelle "se rattrape" en supposant que les parties les plus complexes, un bras ou une tête d'homme, sont obtenues par des successions de bandes de produits chimiques s'organisant dans toutes les directions de l'espace.

Cette description de la formation de l'organisme est une description de la théorie dite "mosaïque", version moderne de la théorie de l' homoncule. Les structures finales ne préexistent pas, mais l'embryon serait quadrillé pour donner naissance aux futures structures. D'une certaine manière, si l' homoncule n'est pas présent, il serait déjà esquissé et prêt à surgir. Fleury y préfère une théorie purement mécanique, que j'interprète comme basée sur l'auto-organisation (ce qu'il appelle le mécanisme physique sur son site lorsqu'il parle de la segmentation). Il est physicien : il connaît très bien la littérature sur la formation de structures complexes à partir de règles simples, lui -même a proposé des modèles de formation de vaisseaux sanguins. Pour lui il me semble, les structures vivantes ne peuvent se réduire à des quadrillages plaqués sur l'embryon : trop compliqué, pas assez robuste. La seule façon réaliste pour que ça marche est que les choses s'auto-organisent d'une certaine façon. Ainsi, on sait très bien que les tâches des léopards ou les bandes des zèbres ne sont évidemment pas codées individuellement génétiquement : en fait, il y a un processus physique sous-jacent (type mécanisme de Turing) qui créée ses structures spontanément. Dans un domaine différent, l'embryogenèse, il propose qu'un mécanisme simple de mouvements cellulaires locaux aboutit à la formation naturelle de la structure globale des tétrapodes (de même que de simples molécules qui diffusent à des vitesses différentes localement peuvent créér de jolis motifs à l'échelle globale).

Bien évidemment, tout est en fait question de dosage entre ces différents processus (mosaïque vs auto-organisé). Le premier reproche que je ferais à Vincent Fleury est d'omettre certains faits de bases : oui certaines structures sont codées génétiquement dès le départ, oui l'embryon a besoin d'un "quadrillage" génétique pour savoir ce qu'il va faire. L'exemple canonique est l'embryon du xénope dont j'ai déjà parlé dans un billet précédent. Il a été démontré sans ambiguité que des déterminants purement génétiques, des gradients de substances chimiques sont nécessaires pour définir les futures structures de l'embryon. La meilleure preuve est donnée par la fameuse expérience de Spemann : en transposant des cellules de la future région "dorsale" de l'embryon (qu'on appelle depuis organisateur de Spemann) sur le ventre de l'embryon, l'effet est de créer un deuxième dos, et en fait un deuxième axe tête queue qui aboutira plus tard à la formation de siamois. Ceci montre que les cellules ne sont pas interchangeables, qu'il y a des déterminants moléculaires contenus dans la cellule, et que donc les mouvements cellulaires dépendent en premier lieu d'une information purement génétique.

Là vient la deuxième critique que je ferais à ce livre : j'ai été très étonné de constater que Fleury passe totalement sous silence des faits expérimentaux... qui collent très bien à sa théorie ! Car oui, il y a effectivement des flots cellulaires qui définissent un axe tête queue. L'expérience qui le montre a été réalisée par Joubin et Stern, qui ont montré comment la notocorde se formait par la rencontre de deux jets de cellules précisément au niveau de l'équivalent poulet de l'organisateur de Spemann. Seulement, Joubin et Stern ont également montré que la formation de cet organisateur était dirigée génétiquement. Donc encore une fois, c'est un signal génétique qui dirige la formation de cette structure. J'ai été très surpris en lisant ce livre de ne voir absolument aucune référence à cette expérience, et je me demande pourquoi... D'ailleurs, il n'y a pour ainsi dire aucune référence à d'autres travaux scientifiques (à part la fameuse Anne Dambricourt), ce qui me semble être un choix un petit peu étrange compte-tenu de la quantité de littérature assez facilement vulgarisable sur le sujet, surtout que par ailleurs des illustrations tirées d'autres articles (Barabasi, Davidson...) sont utilisées, et que j'aurais beaucoup apprécié une discussion des "autres" travaux.

Venons-en donc au point suivant : la formation des membres et la segmentation. Je mets les deux exemple ensemble car il semble que là-encore, les mécanismes soient assez similaires. Fleury le répète plusieurs fois dans son livre : il n'y a pas de gènes associés à une vertèbre donnée. C'est vrai, mais ce que Fleury ne dit pas est qu'il y a au contraire sans aucun doute le même gène exprimé plusieurs fois définissant plusieurs vertèbres. De la même façon, il y a des marqueurs génétiques précis correspondant à l'avant et à l'arrière des vertèbres : si l'on tue ces gènes, toutes les vertèbres sont fusionnées et perdent leur structure. Donc là encore, la génétique a un grand rôle. Par ailleurs, comme je l'ai expliqué sur ce blog, la formation de ces structures est un mécanisme essentiellement génétique : une horloge génétique agit dans une zone de croissance déterminée génétiquement par des facteurs de croissance et définit un front de différentiation qui génère des zones d'expression génétiques régulières des marqueurs correspondant. Pas ou peu de mécanique ni de processus de Turing là-dedans, juste une expression temporelle de gènes un peu compliquée dépendant des interrégulations et du processus dynamique de croissance. La formation des membres semble obéir aux mêmes lois : une horloge de segmentation similaire a récemment été mise en évidence chez la poule (Pascoal et al.). Par ailleurs, à l'image de ce qui a été fait pour l'organisateur de Spemann, il y a de nombreuses expériences de transfert de cellules, montrant que si l'on met les bonnes cellules au bon endroit, on peut littéralement faire pousser un bras (Wolpert p 460 Fig. 13.7 pour les organismes capables de se régénérer) ou une colonne vertébrale (Wolpert p 169 Fig. 4.20 au stade embryonnaire) n'importe où... Cela montre bien selon moi que les mouvements cellulaires ne contraignent pas le plan d'organisation final et que tout est jeu d'expression localisées.

Pour finir cette partie, juste un mot sur la symétrie gauche-droite. La symétrie bilatérale ne va pas de soi chez les vertébrés. En fait, plusieurs expériences récentes ont montré que cette symétrie était spontanément brisée (ce qui explique d'ailleurs que les structures à l'intérieur du corps ne soient pas symétriques), et qu'en fait certaines molécules étaient là pour littéralement rétablir la symétrie pour les parties importantes devant être symétriques, comme la colonne vertébrale (Vermot & Pourquié). Ainsi, une substance appelée "acide rétinoïque" est chargée de rééquilibrer la brisure de symétrie gauche-droite pour avoir des somites de même tailles des deux côtés. Ceci ne colle pas du tout avec la théorie de V. Fleury pour qui les organismes sont symétriques "par construction". Maintenant, cela ne dit pas que les animaux primitifs n'étaient pas effectivement symétriques, mais si l'évolution a été capable de briser la symétrie globalement tout en la conservant pour le squelette, cela donne un contre-exemple à mon avis flagrant du fait que l'évolution du plan du corps des bilatériens est contrainte.

Références :

Lewis Wolpert, Principles of development, third edition, oxford (excellent bouquin, accessible aux profanes)
Joubin K & Stern CD, Molecular interactions continuously define the organizer during the cell movements of gastrulation. Cell. 1999 Sep 3;98(5):559-71.
Pascoal S, Carvalho CR, Rodriguez-Leon J, Delfini MC, Duprez D, Thorsteinsdottir S, Palmeirim I.,A Molecular Clock Operates During Chick Autopod Proximal-distal Outgrowth. J Mol Biol. 2007 Feb 9
Vermot J, Pourquié O, Retinoic acid coordinates somitogenesis and left−right patterning in vertebrate embryos, Nature 435, 215-220 (12 May 2005)

Lecture : de l'oeuf à l'éternité

2007-03-10T21:00:00.000-05:00

Je me suis procuré le dernier livre de Vincent Fleury : de l'oeuf à l'éternité. Un livre intéressant et stimulant intellectuellement (même s'il va certainement trop loin, surtout sur la fin), qui contient de la matière pour plusieurs billets. Comme je suis un peu paresseux, je vais commencer par une présentation de ce que je comprends de ses thèses et garderai le reste pour plus tard.

Vincent Fleury s'attaque dans ce livre à un problème gigantesque : l'émergence du plan d'organisation des animaux, et son évolution. Il essaie de prendre de la hauteur et de considérer le problème dans sa globalité, en héritier de chercheurs comme d'Arcy-Thompson, qui en son temps, avait montré comment on pouvait facilement passer d'un poisson à l'autre à l'aide de simples transformations géométriques.

Fleury propose que le plan moderne des animaux modernes, et en particulier des tétrapodes (animaux à quatre pattes), a pu apparaître extrêmement rapidement en l'espace de quelques générations. Sa théorie est essentiellement mécanique : il propose de voir l'embryon comme une espèce de "pâte" plastique. A l'intérieur de cette "pâte", ce sont les flots de cellules, les mouvements qui créent les structures du corps. Il illustre cette idée en décrivant son idée du chemin d'évolution des "tétrapodes".

Le schéma ci-contre est adapté de son livre et décrit comment on peut passer d'un embryon rond à un tétrapode. Je schématise, mais si j'ai bien compris, l'idée est qu'à partir d'un embryon rond, deux flots de cellules allant dans des directions opposées se heurtent de plein fouet, cintrant l'embryon en forme de 8, créant une fissure dans lequel le flot de cellules s'engouffre (futur axe tête queue, la tête est en haut sur mon schéma) , et formant du coup quatre "tourbillons", deux pour les "fesses" et deux pour les "épaules". Le mieux à ce stade est d'aller jeter un coup d'oeil sur les images de son site web (ou d'acheter le livre). La photo la plus parlante est celle de son chat "Sushi" vu du dessus, illustrant sa théorie des enroulements dans l'embryon. L'autre image explicative est la photo de sa chemise à carreau plus bas, où l'on voit comment les tourbillons créent cette structure bien précise. Ce schéma d'organisation aurait pu apparaître très vite au cours de l'évolution : il suffit de "déclencher" deux flots de cellules, et la mécanique fait le reste pour créer le plan de base. A partir de là, des bourgeons de tête, de queue et de membres sont créés, qui ont pu ensuite se spécialiser de plus en plus, se structurer au cours de l'évolution. Ce plan très contraint impose donc un cadre très strict à l'évolution (voir sa théorie personnelle ici) :

[L]'espace des animaux possibles est extrêmement limité. Les caractéristiques tels que : allongé, avec une queue derrière, une tête à l'avant, un tube creux à l'intérieur, des nageoires ou pattes qui battent comme il faut pour que l'animal avance (brisure de symétrie induite par l'enroulement) sont une conséquence physique du phénomène. Evidemment, [il] faut des molécules pour faire tout ça, mais le résultat est automatique "de même" que la plupart des troncs d'arbres sont cylindriques malgré les différences génétiques.

En ce sens, on n'est d'ailleurs pas très loin de la théorie des noyaux de Davidson. Par ailleurs, Fleury est du coup extrêmement critique sur ce qu'il appelle le "trompe-l'oeil moléculaire", l'idée qu'un gène est associé à une partie du corps donné, et qu'il y a autant de gènes que de structures. A la théorie du "tout" génétique, Fleury oppose un "presque tout" mécanique.

A l'image de Darwin, Fleury parachève sa théorie de l'évolution par une discussion dans le dernier chapitre du livre sur l'évolution de l'homme. Sa thèse est relativement simple : l'homme évolue naturellement par le "prolongement" de tous ses mouvements tourbillonnaires. Voilà résumée sa théorie de l'évolution, une fois le plan des tétrapodes fixé : le sens des tourbillons impose naturellement un axe antéro postérieur car il fixe des articulations opposées entre les coudes et les genoux, et donc un sens de déplacement privilégié de l'animal. A l'avant, il est donc très favorable de développer une "tête" chargée d'absorber la nourriture, et donc acquérant peu à peu les facultés de perception et d'analyse (bref une bouche, des yeux, des oreilles et un cerveau). Des tourbillons plus développés au niveau des membres impliquent la bipédie, des tourbillons plus importants au niveau de la tête entraîne son grossissement, un aplatissement et un agrandissement du front au détriment de la mâchoire qui recule, ainsi que le recul du fameux sphénoïde qui a suscité une polémique récente. Gros cerveau, grosse tête : voici l'homme ! Deux prédictions (très très osées) sont faites dans le livre : les tétrapodes pourraient tous évoluer vers l'intelligence et la bipédie dans un même mouvement du fait du mécanisme de formation de l'embryon (et quiconque a un chat recevra peut-être cet argument favorablement ;) ). L'autre prédiction, c'est que si on découvre une race extraterrestre intelligente (donc avec un gros cerveau) sur une autre planète un jour, elle ressemblerait nécessairement à un tétrapode bipède, avec une tête bien développée tout en haut, une petite mâchoire et un joli sourire. Elle serait donc humanoïde !

Comme je le disais plus haut, le livre est intéressant, mais certainement pas exempt de critiques. Au delà des extrapolations osées sur la fin, il faudrait discuter ses piques (1) contre la théorie de l'évolution et ce qu'il appelle "le trompe-l'oeil moléculaire", et également remettre sur le tapis certaines choses qu'il ne discute pas et qui vont à l'encontre de sa théorie à mon avis, comme le développement de la drosophile par exemple (contre-exemple du "tout" mécanique), ou encore le fait que le plan d'organisation des tétrapodes est certainement dérivé par rapport aux autres animaux.

(1) qui relèvent à mon avis un peu du procès d'intention à l'encontre des biologistes

Demande de bourse pour un post-doc

2007-03-06T13:16:00.000-05:00

Quelques champs à remplir dans une demande de bourse en France :

Nom :
Prénom :
Date de Naissance :
Profession des parents :
...
Ressources financières : Aide des parents :
...
Directeur de thèse :
Numéro de portable du directeur de thèse :

C'est sympa, on ne se sent pas infantilisé du tout. Et oui, si vous avec 28 ans, êtes bardés de diplômes et voulez faire de la recherche relativement de haut niveau, une seule solution : empruntez de l'argent à vos parents, et surtout, soyez bien avec votre directeur de thèse !

A part ça, le blog restera probablement silencieux cette semaine, vu que je ne suis pas sûr d'avoir une connexion internet avant lundi prochain.

Du baptême en science

2007-03-03T12:15:00.000-05:00

Mettons-nous un instant dans la peau d'un découvreur, un vrai. Un scientifique qui vient de découvrir un nouvel phénomène, et qui a la lourde et honorable tâche de le baptiser. Comment donc procéder ?

Les physiciens sont des gens sérieux. Héritiers d'une tradition millénaire (le terme "atome" remonte à Démocrite) , où les vraies découvertes sont rares, ils ne peuvent se permettre de plaisanter. Ils respectent le passé : soit de nouveaux termes descriptifs sont forgés avec sérieux (supraconductivité ), soit il s'agit de rendre hommage aux découvreurs, voire aux grands anciens (bosons, fermions, télescope Hubble, paires de Cooper ...). Ainsi les noms des Grands génies de la science physique sont-ils gravés dans le marbre pour l'éternité... Il ne s'agirait pas de renouveler l'expérience du "big-bang" - donné par Fred Hoyle par dérision; à peine s'est-on permis quelques fantaisies pour baptiser les célèbres quarks à partir d'un poème de James Joyce (parce que bon, il faut bien que cela reste illisible par le commun des mortels ;) ).

Le contraste avec la biologie est grand. Admettons-le : le baptême des phénomènes en biologie relève très souvent du grand n'importe quoi. Bien sûr, il y a quelques personnes sérieuses, mais la concaténation de racines grecques sur de l'Anglais a produit des monstres chimériques (comme spliceosome). Quant aux noms des gènes, disons que les biologistes sont très facétieux, et n'hésitent pas à faire appel à la culture populaire. Mon petit classement des noms de gènes préférés :
- le gène groucho chez la drosophile, appelé ainsi en référence à Groucho Marx, car il donne de gros "sourcils" à la drosophile,
- le fameux gène Sonic Hedgehog, homologue du gène hedgehog, dont la mutation hérisse la mouche de petits piquants. Le Sonic n'est qu'un juste retour des choses puisqu'il s'agit de l'homogue chez les mammifères,
- le gène bric à brac (bab), référence au désordre créé dans les ovaires des mouches chez les mutants...
Et j'en passe : shaggy, millepattes, hunchback ...
Cela me fait toujours un peu drôle d'entendre des noms si originaux lors de conférences très sérieuses. Bien sûr, il y a beaucoup plus de choses à nommer en biologie, mais cela ne révèle-t-il pas une façon très différente dans les différents domaines scientifiques d'envisager la science et le passage à la postérité. Qui se souviendra dans 200 ans des découvreurs de tous ces gènes ?

(Sur un sujet un peu similaire, voir aussi ce billet d'Enro)

Hérésie scientifique, épisode II

2007-03-02T11:54:00.000-05:00

L'épisode I

Avant tout, toutes mes excuses pour le billet précédent, qui n'était effectivement qu'une parodie de ma main comme certains l'ont deviné ... Ce blog n'est pas près de devenir une annexe de uncommondescent !

Les propositions de Davidson et Erwin ont un parfum d'hérésie, toute autant religieuse que scientifique. Sans remettre en cause l'évolution, ils affirment en effet que certains niveaux d'organisation des organismes ne peuvent évoluer par nature et sont invariants depuis le Cambrien. Evidemment, une telle assertion ne peut que réjouir les Intelligent Designer (voir par exemple ce billet), d'autant que Davidson et Erwin se permettent ce genre de phrases dans leur article de Science.

Classic evolutionary theory, based on selection of small incremental changes, has sought explanations by extrapolation from observed patterns of adaptation. Macroevolutionary theories have largely invoked multi-level selection, among species and among clades. But neither class of explanation provides an explanation of evolution in terms of mechanistic changes in the genetic regulatory program for development of the body plan, where it must lie.

Davidson et Erwin sont donc de grands taquins, et ont provoqué une levée de bouclier. Ils se sont faits souffler dans les bronches dans un commentaire de Coyne, toujours dans Science :

Finally, Davidson and Erwin claim that neither micro nor macroevolutionary theory explains the evolution of "the genetic regulatory program for development of the body plan". If one accepts the view that differences between phyla or between other higher level clades involve the accumulation of lesser differences between lower level clades over long periods, then microevolutionary theory (i.e., adaptive accumulation of micro-mutations through natural selection) does explain the evolution of different body plans. Indeed, there can hardly be another explanation.

Ce à quoi Davidson et Erwin ont répondu, avec tout d'abord quelques petits procès en incompétence :

Coyne's conflict is not with our review as much as with developmental biology and its implications for evolutionary process.

(...)

Here again, Coyne's conflict seems to be with much of modern molecular biology and its explanatory potency rather than with our paper.

Puis une ligne de défense des plus classiques : vous m'avez mal compris !

Coyne's final point creates a false dichotomy. Abundant evidence from the Ediacaran-Cambrian fossil record has established the rapidity of morphologic change. Coyne fails to address this pattern and presents as the only "reasonable" view the position that differences between phyla reflect long periods of evolution. As paleontologists have been pointing out for decades, however, this is simply not the pattern that we observe, and for many durably skeletonized groups it is clear that one cannot invoke inadequacies in the fossil record. Nowhere in our paper did we reject natural selection, because we support it.

L'Evo-Devo est un petit monde bien animé... Toujours est-il que ces travaux ouvertement provocateurs peuvent être très facilement interprêtés comme des confirmations de l'Intelligent Design, comme j'ai essayé de le démontrer dans le billet parodique précédent, d'où des réactions passionnées et un peu violentes de certains biologistes comme Coyne. De fait, Davidson a raison : Coyne a probablement mal compris le papier original. D'un autre côté, la position de Davidson et Erwin est assez inconfortable : il est osé d'affirmer brutalement que des réseaux construits par l'évolution s'en retrouvent tout d'un coup exclus. Malheureusement, Davidson et Erwin ne nous font pas part de leurs explications sur ce sujet, ce qui est assez fâcheux et leur vaut scepticisme et réactions courroucées de la communauté. Pourtant, ils ont sans aucun doute une explication (en fait, j'ai vu une conférence de Davidson, où il prévoyait clairement de parler de l'évolution de ces kernels, mais il n'a pas eu le temps d'aborder ce sujet... A mon avis, ils en feront un prochain papier dans Science !). Dans tous les cas, toute cette histoire est l'illustration même que, contrairement à ce qu'affirment les religieux de tout poil, la science n'est pas figée, et que même des théories fondatrices comme celles de l'évolution peuvent être questionnées et affinées, y compris et surtout dans des revues comme Science.

Sinon, le "Snowball creationnism" est une totale invention de ma part, basée sur l'hypothèse de la Snowball Earth. En fait, Davidson pense effectivement que l'explosion Cambrienne a été initiée par le réchauffement climatique qui a suivi et qui a permis d'augmenter la concentration d'oxygène dans l'océan, tout en libérant de nouvelles niches écologiques du fait de la fonte des glaces. Encore un exemple du couplage très fort entre climat et évolution.

Références

Comment on "Gene Regulatory Networks and the Evolution of Animal Body Plans", J. A. Coyne, Science 313, 761 (2006);
Response to Comment on "Gene Regulatory Networks and the Evolution of Animal Body Plans", Douglas H. Erwin1,and Eric H. Davidson, Science 313, 761 (2006);