Geekeries du dimanche III

Aujourd'hui nous sommes dimanche, un peu de détente, un billet sur tout et rien et ce que j'ai glané d'amusant ces dernières semaines. En ce moment, je suis un peu débordé (mon chef m'a même donné RDV à 9h ce matin pour travailler, c'est dire), donc je manque un peu d'entrain bloguesque, même s'il y a plein de choses dont j'aimerais parler...




Sondage 1 (sérieux)

J'ai renoncé à faire des statisiques quotas par quotas sur les sondages. En particulier car les résultats par quotas ne semblent pas disponibles, à l'exception notable des sondages CSA. Sur 10 sondages que j'ai recueillis, on observe effectivement beaucoup plus de variabilités à l'intérieur des quotas, mais je ne pense pas pouvoir en tirer quoi que ce soit... La seule chose notable (d'un point de vue politique) est que Ségolène Royal est plutôt très majoritaire chez les gens de moins de 30 ans, alors que c'est Sarkozy qui est très largement majoritaire chez les plus de 50 ans (de l'ordre de 60-40 dans les deux cas). Ces proportions sont assez stables dans le temps (même si elles fluctuent). Les âges intermédiaires sont légèrement à l'avantage de SR sur la durée (SR-NS sur 10 sondages dans l'ordre chronologique : 56-44, 52-48, 56-44, 62-38, 50-50, 47-53, 46-54, 55-45 - on voit d'ailleurs assez bien que cela fluctue beaucoup plus). Je ne sais pas si c'est rassurant ou non, mais sur le dernier sondage CSA, Ségolène Royal est très largement en tête chez les 18-30 ans (61-39) et les 30-50 ans (55-45), mais très distancée chez les plus de 50 ans (38-62), ce qui donne ce résultat final de 49-51. Autrement dit, le poids des plus de 50 ans a l'air assez énorme pour un tel scrutin...

Sinon, je ne sais pas si vous avez relevé cette nouvelle coquetterie, mais le dernier sondage JDD est donné avec une précision de 0.5 %. (50.5 - 49.5 pour Sarkozy). J'avoue m'interroger beaucoup sur ce soudain désir de précision. Pourquoi donner des chiffres ronds pour tous les sondages, sauf celui-ci qui est dangereusement près de 50-50 ? Qu'en pensez-vous ?


Sondage 2 (pas sérieux)

Je parle ici du sondage interne de ce blog dans la colonne de droite.
Un peu plus de succès que mon sondage précédent. Sur 20 réponses, 18 préfèrent l'exploration à l'exploitation. Je constate donc que les lecteurs de ce blog sont de grands explorateurs. Si nous faisons références à certaines discussions sur ce blog liées aux algorithmes d'évolution, j'en déduis que la vie est comme un paysage aléatoire, dans laquelle nous sommes en mouvement perpétuel en recherche de quelque chose et que bien peu sont ceux qui ont la possibilité de pouvoir prendre une pause et profiter des bienfaits de la vie (ce qui serait typiquement une phase d'exploitation). Ma foi, c'est bien triste, non ?

Un nouveau sondage est disponible...




White and Nerdy

Mawashi m'a envoyé cette vidéo intéressante...



J'aime beaucoup la coupe à la Bill Gates. Un poster de Star Trek pour le premier qui trouve le nom de l'équation qu'on voit dans le fond autour de 1:25 (évidemment, j'exclus les physiciens du concours ;)).

Super post-doc ?


Via Béné...

J'ai peut-être exagéré un peu sur certaines réponses (mais comment résister à Do you like to fly? et Do you like to wear a cape?), et j'aurais préféré être Spider-Man ou Batman mais bon...

Your results:
You are Superman

Superman 90% Robin 65% Green Lantern 60% Spider-Man 60% Catwoman 55% Supergirl 50% Batman 50% Hulk 50% Wonder Woman 35% The Flash 30% Iron Man 30%

You are mild-mannered, good, strong and you love to help others.

Click here to take the Superhero Personality Test


Sinon, pour les supervilains, je crois que j'aurais dû mentir sur la densité de ma chevelure ...

Your results:
You are Mr. Freeze

Mr. Freeze 47% Mystique 41% Dr. Doom 36% The Joker 35% Venom 34% Dark Phoenix 29% Apocalypse 28% Riddler 26% Lex Luthor 26% Magneto 26% Green Goblin 25% Juggernaut 21% Poison Ivy 19% Catwoman 11% Kingpin 7% Two-Face 5%

You are cold and you think everyone else should be also, literally.

Click here to take the "Which Super Villain are you?" quiz...

Platon, l'apprentissage et l'évolution

Extrait d'un ouvrage résumant l'héritage de Kolmogorov en physique :

Nous sommes capables d'apprendre par l'exemple et de classifier une multitude d'objets extérieurs en des catégories distinctes. (...) En deux mots, la difficulté qui se présente est la suivante : si une règle ne peut être logiquement déduite des exemples, comment se fait-il que nous puissions la trouver ? La solution mise en avant par Platon était que la règle est déjà contenue par le cerveau humain et que les exemples n'ont d'autre effet que de sélectionner la bonne règle parmi toutes celles qui sont admissibles.
Le point de vue opposé (Aristote) soutient que cette question est mal posée et que le cerveau humain est vide (tabula rasa) avant toute expérience sensible du monde extérieur.

Pour être plus concret, considérons la suite suivante : 01010101010101010. Si je vous demande quel est le prochain chiffre de la suite, tout être humain normalement constitué devrait en toute logique répondre 1. Le problème, c'est que cela n'a en fait rien de logique : il y a une infinité de suites différentes commençant par cette séquence, et la connaissance du début de cette séquence ne nous dit absolument rien sur ce qui suivra. Simplement, nous imaginons une règle : un 0 est suivi d'un 1, un 1 d'un zero. Nous testons ensuite cette règle sur l'exemple donné : elle marche à tous les coups. Donc cette règle nous paraît valable, et nous décidons (un peu) arbitrairement de la tenir pour acquise.

Cette méthode de pensée a l'air assez mécanique, voire un peu stupide quand on y réfléchit. Cependant, c'est un problème redoutable que de faire réaliser cet exercice simple à un ordinateur. A dire vrai, la seule méthode qui me paraît réellement efficace dans l'absolu est d'utiliser l'idée de Platon : générons des règles aléatoirement, puis testons-les sur nos exemples, et on devrait pouvoir arriver à trouver une (la?) véritable règle sous-tendant l'exemple. L'idée de "tabula rasa", si elle paraît au début plus élégante et moins arbitraire, apparaît dans la pratique bien peu réaliste : il paraît trop difficile d'un point de vue purement computationnel de créer quelque chose à partir de rien ...

Il est assez étonnant pour moi de constater les ponts entre ce débat Platon/Aristote, qui est en fait un débat inné/acquis, l'informatique et bien sûr la biologie. Luria et Delbruck ont en fait posé exactement la même question dans leur fameuse expérience : les bactéries sont-elles des "tabulae rasae", apprenant à resister à un stimulus, ou au contraire seules les bactéries ayant déjà la potentialité de resistance sont-elles effectivement sélectionnées ? Cette reformulation de l'idée de Platon est incroyablement proche du principe même de la sélection darwinienne : une règle admissible serait une mutation aléatoire, toutes deux étant sélectionnées par confrontation au réel. La théorie aristotélicienne serait au contraire une version lamarckienne de l'apprentissage. D'où une question qui se pose naturellement : le processus d'évolution ne serait-il pas d'avantage un processus d'apprentissage qu'un processus d'optimisation ?

La conséquence obervable de cette vision de l'évolution est l'existence d'étrangetés assez frappantes pour ceux qui considèrent la nature comme modèle de perfection : par exemple, ils est bien connu que l'oeil des mammifères est conçu en dépit du bon sens. Simplement, l'évolution de l'oeil a été longue et laborieuse, et des chemins de traverses ont été empruntés aboutissant à un instrument efficace sans être optimal. Qui n'a jamais utilisé des moyens détournés pour apprendre et retenir quelque chose ? En quelque sorte, la phrase mnémotechnique est à l'apprentissage ce que les organes vestigiels sont à l'évolution...

Maintenant, j'imagine qu'on peut généraliser cette idée à des processus plus actifs, comme par exemple la pensée même. Après tout, peut-on vraiment prétendre que nous sommes capables de concevoir une pensée originale par nous mêmes ? L'exercice de la pensée elle-même n'est-il pas plutôt un processus de mutation aléatoire/recombinaison/sélection ? Et si notre cerveau n'était qu'un bon gros générateur aléatoire couplé à un filtre éliminant les pensées les plus stupides ;) ?

Précision sur les sondages

Je suis un peu débordé (car hors de mes murs pour trois semaines) et je n'ai pas énormément de temps pour écrire des billets en ce moment. Le billet précédent a eu énormément de succès et a fait exploser la fréquentation du blog pendant deux-trois jours.
Je compte poursuivre ma petite enquête sur les sondages, en regardant plus particulièrement comment varient les réponses des différents sous-quotas d'un sondage à l'autre. Cela risque de me prendre un peu de temps, surtout pour recueillir les données. Mais je compte mener à bien cette étude qui devrait me permettre de me faire une idée plus définitive sur les sondages...
Je me permets néanmoins de reproduire dans le cadre de ce bref billet une de mes réponses à certains commentaires. Je ne considère pas que tous les sondages se trompent lourdement. Je dis simplement que la faible variabilité des résultats entre sondages ne me paraît pas compatible avec la marge d'erreur intrinsèque au procédé d'échantillonnage derrière les sondages, et donc avec la prétendue méthode scientifique employée. Ces fameux 3% de marge d'erreur sont d'ailleurs reconnus par les instituts de sondage eux-mêmes à partir précisément de l'approximation gaussienne qui sert manifestement de base à tous leurs calculs (en particulier celui pour la marge d'erreur des résultats plus éloignés du 50-50). Donc la plupart des résultats sont me semble-t-il un peu "arrangés".

Plus exactement, je vais me livrer à des spéculations un peu gratuites (et peut-être totalement fausses), mais je suppute que les sondeurs ne font pas exactement ce qu'ils disent faire. Par exemple, il est possible qu'ils utilisent les données de leurs concurrents (qui sont de fait plus ou moins publiques - modulo la petite cuisine interne) pour diminuer cette fameuse marge d'erreur. La conséquence est que les sondages au temps t ne représentent pas l'opinion au temps t contrairement a ce qu'ils disent, mais l'opinion sur un temps caractéristique de l'ordre de la quinzaine ou du mois. A mon avis, c'est la raison pour laquelle les sondages ont une grosse inertie qui permet de réduire la marge d'erreur, mais dans ce cas certains phénomènes commentés par les sondeurs :
- deviendraient des artefacts de la méthode de sondage (par exemple les fameux retournements),
- n'auraient carrément aucun sens, par exemple toute évolution des cotes sur des courtes périodes ( moins d'1 mois)

En attendant la suite, je vais revenir à mes préoccupations habituelles, en particulier l'évolution.

Sondages et marges d'erreur

Avouons-le : si nous essayons de ne pas y croire, nombreux sont ceux qui suivent avec attention les sondages. Les uns sont grisés quand un candidat atteint des sommets, les autres vont nous sortir la fameuse marge d'erreur pour essayer de discuter les sondages. Tiens tiens, une marge d'erreur... Mais bien sûr, mon sang de physicien ne fait qu'un tour : si tout sondage, tout échantillon statistique comporte bien une marge d'erreur, celle-ci est intrinsèque à la mesure. Il est impossible de faire des statistiques vraiment fiables sur des petits nombres : si on fait deux fois la même mesure sur le même ensemble (la même photographie comme disent les sondeurs), il est relativement peu probable de trouver deux fois le même résultat à cause de cette marge d'erreur intrinsèque.

Or que se passe-t-il lorsqu'on compare les différents sondages ? Les échantillons réduisent comme peau de chagrin : un sondage récent concernait 870 personnes, dont seulement 678 exprimaient un vote au second tour. La marge d'erreur est de l'ordre de 1 sur la racine carrée de l'échantillon : on frise donc dans la plupart des sondages au second tour les 4% d'erreur. D'un sondage à l'autre, on devrait donc voir une danse des courbes "explorant" ces 4% d'erreurs. De fait, je me suis amusé à faire quelques petites simulations par ordinateur, en considérant 678 électeurs, votant au hasard soit entre Ségo, soit entre Sarko (et arrondissant à l'entier le plus proche (1) pour Sarko, déduisant par différence le score de Ségo, par ailleurs je n'ai pris qu'une seule série de nombres aléatoires pour mes sondages). Les simulations sont dans la figure, avec les cotes associées (j'ai pris Sarko gagnant à tous les coups puisque lui-même pense qu'il a déjà gagné). J'ai sondé mes électeurs 20 fois de suite. On voit clairement que les intentions de votes fluctuent énormément et s'inversent plusieurs fois : même à 51-49, Ségo atteint 53 par moments, à 53-47, on arrive à 50-50, mais on a aussi une pointe à 56 pour Sarko ! La courbe indexée "Réel" représente l'évolution des enquêtes depuis le fameux discours de Sarko (j'ai trouvé 12 sondages consécutifs où il était gagnant, mais il paraît qu'on est pas loin de 20 maintenant, source : sondages 2007). Or on voit à l'oeil nu que les courbes varient extrêmement peu d'un sondage à l'autre : on a même 4 sondages consécutifs avec à peu près le même score, ce qui n'arrive jamais dans les simulations aléatoires (une fois 3 fois le même score pour 53-47). Les sondeurs me diraient qu'ils ont une façon de corriger, pour lisser les courbes. C'est tout bonnement impossible : encore une fois, l'erreur est intrinsèque au processus même de la mesure ! (sinon, j'engage les sondeurs à immédiatement soumettre leur technique à Nature, cela peut intéresser pas mal de monde). A dire vrai, j'ai l'impression que la fameuse méthode des quotas ne peut même qu'amplifier ces erreurs (puisqu'on échantillonne par tranche sur des populations encore plus petites, et donc je ne vois pas comment les erreurs sur une population peuvent compenser celles faites sur une autre population puisque celles-ci sont différentes).


Histoire de quantifier un peu plus tout cela, j'ai fait travailler ma cellule de sondage virtuelle d'arrache-pied pour lui faire faire 100000 sondages sur ma population à 52% sarkozyste. La courbe ci-contre donne le pourcentage de sondages donnant un résultat donné (on retrouve évidemment une gaussienne). On voit très clairement qu'à peine 20% des sondages donnent le "bon" résultat, qu'au contraire 40% des sondages se trompent de plus de deux points, et 20% donnent Sarko à 50% ou moins. Cela relativise considérablement les disours du genre "Ségo s'écroule" quand elle perd 1 point par rapport au sondage précédent. De plus, on voit que dans une période où l' opinion est à 52-48, 1 sondage sur 5 donne carrément le mauvais résultat, tandis qu'un autre sondage sur 5 donne une victoire à plates-coutures du bon candidat. Le tout au même moment, sur le même échantillon, je vous le rappelle ! Evidemment, cela ferait désordre si les Instituts de sondages donnaient des résultats si contradictoires...
Pour conclure, il me semble que la multiplication des sondages actuellement est potentiellement très mauvaise pour les instituts, car comme ils donnent tous les mêmes résultats à un point (deux ?) près, cela révèle sans ambiguité à mon avis qu'ils sont complètement truqués !



(1) et pas la partie entière comme je l'avais fait pour la première version de ce billet

Dupliquer son génome ?

La comparaison entre des génomes entièrement séquencés de différentes espèces permet d'avoir beaucoup d'informations sur les modifications de séquences liées à l'évolution. En particulier, la comparaison des génomes entiers nous donne des informations sur la dynamique de l'évolution à l'échelle des chromosomes. La figure ci-contre montre une comparaison bioinformatique entre les séquences de deux espèces de levures, la bien connue levure de boulanger (S. Cerevisiae) et Kluyveromyces waltii. Cette comparaison révèle une propriété tout à fait étonnante : à chaque région chromosomique de K. Waltii correspondent deux régions chromosomiques de S. cerevisiae. Cette propriété est par ailleurs vérifiée pour tous les chromosomes de K. Waltii. Un seul scénario peut expliquer cette correspondance : quelque part dans la lignée de S. cerevisiae, peu après sa divergence avec K. Waltii, un véritable cataclysme chromosomique s'est produit et les chromosomes d'un ancêtre de S. cerevisiae se sont en fait tous dupliqués, formant une levure avec un génome deux fois plus grand qu'un génome de levure "standard" ! Du coup, tous les gènes de cette levure ancestrale se sont retrouvés en double. Beaucoup d'entre eux ont ensuite disparu car ils étaient redondants (ce qui a permis de retrouver ensuite une taille de génome "normale"); d'autres sont restés en "double" et ont pu se spécialiser; les comparaisons entre ces gènes redondants, les gènes environnants (dont l'ordre dans la séquence a peu changé au cours de l'évolution) entre les deux espèces permettent de mettre en évidence sans ambiguité ce phénomène de duplication du génome entier ("whole genome duplication" en anglais, ou WGD). Evidemment, il n'est pas très difficile de comprendre comment une telle duplication du génome peut "booster" l'évolution d'une lignée, en permettant d'évoluer des pans entiers du génome tout en gardant sous la main une copie des gènes essentiels (non mutés) : il y a là une potentialité d'évolution quasiment gratuite !

Très bien me direz-vous, c'est bien joli tout ça, mais la levure est peut-être un organisme trop simple pour généraliser ce mécanisme d'évolution à d'autres espèces; en plus on sait que la levure a un cycle de vie à la fois diploïde et haploïde, donc doit être assez robuste à la variation de ploïdie. Dans un organisme plus "évolué", on pourrait penser qu'une duplication du génome serait léthale. Que nenni ! La figure ci-contre montre le génome d'un poisson Tetraodon nigroviridis,. Chaque nombre correspond à un chromosome. Les liens rouges relient des copies de gènes identiques dans le génome. On voit immédiatement que des régions entières du génome s'alignent deux à deux : par exemple, le chromosome 14 s'aligne très bien avec le chromosome 10. Là encore, la seule explication plausible est qu'un ancêtre des poissons a connu une WGD. Encore plus intéressant : si on compare maintenant avec le génome d'un mammifère (typiquement le génome humain), on voit très clairement une correspondance deux pour un, exactement comme S. cerevisiae et K. Waltii. Sauf que c'est bien le poisson qui a vu son génome dupliqué par rapport à la lignée menant aux mammifères !

Allons encore plus loin dans l'analyse : évidemment, les blocs communs aux mammifères et aux poissons étaient forcément présents dans leur ancêtre commun. Il est donc possible a priori de reconstruire les chromosomes de cet ancêtre commun, l'ancêtre commun de tous les vertébrés osseux (ou osteichthyen). L'image ci-contre montre en haut une reconstruction de cet ancêtre commun, avec la duplication, puis le retour à un génome de taille normale pour les poissons. On voit également très clairement que peu de réarrangements chromosomiques ont eu lieu après la duplication : seulement 10 réarrangements à grande échelle permettent de décrire toute l'évolution entre la duplication et les poissons modernes. Le génome humain, au contraire, semble être beaucoup plus éclaté, et ressemble davantage à une mosaïque de morceaux de chromosomes de l'ancêtre des vertébrés. L'honneur est sauf : même si notre génome n'a pas été dupliqué, les multiples réarrangements chromosomiques supplémentaires (probablement dus à la présence de nombreux transposons comme Alu) indiquent que nous sommes "plus évolués" ...

Références et sources des images :

"Proof and evolutionary analysis of ancient genome duplication in the yeast Saccharomyces cerevisiae", Kellis et al., Nature 428, 617-624 (8 April 2004)

"Genome duplication in the teleost fish Tetraodon nigroviridis reveals the early vertebrate proto-karyotype", Jaillon et al., Nature 431, 946-957(21 October 2004)

Organismes modèles et au-delà ...

Devant la multitude d'espèces vivantes et la complexité des divers mécanismes impliqués, les biologistes ont dû faire des choix drastiques : afin de concentrer la force de frappe scientifique, il est apparu plus raisonnable de limiter l'étude des phénomènes biologiques à certaines espèces particulières. Ces organismes sont appelés "organismes modèles". Citons quelques un de ces petits noms latins qui agrémentent gaiement les pages des articles scientifiques :

• Escherichia coli est le petit nom de la bactérie modèle. Il s'agit d'une bactérie qui peuple nos intestins,
• Saccharomyces cerevisiae est le nom de la levure du boulanger. Nombreux sont ceux qui préfèrent l'odeur des labos travaillant sur la levure à celle des labos des fans de bactérie,
• Caenorhabditis elegans est l'organisme modèle pour les nématodes (les vers). Sydney Brenner, prix nobel de physiologie et de médecine, a proposé d'étudier ce ver transparent qu'il avait recueilli dans son jardin.
  
• Drosophila melanogaster est le roi des organismes modèles. Cette petite mouche est probablement l'un des organismes les mieux connus...
• Citons enfin la souris domestique, Mus musculus, l'organisme modèle utilisé pour étudier les mammifères.

La première question qui se pose (enfin, je me la suis posée en tous cas) est de savoir pourquoi ces organismes ont été choisis et pas d'autres. La levure a un intérêt économique certain, vu toutes les applications agroalimentaires potentielles. Plus surprenant, E. Coli est, paraît-il, aussi utilisée dans l'agro-alimentaire. Un avantage commun à toutes ces espèces est aussi leur temps de génération assez court, qui permet de faire de la génétique assez facilement. De 20 minutes pour Coli à une dizaine de jours pour la drosophile et quelques semaines pour la souris...

Des progrès extraordinaires ont été faits en étudiant ces organismes modèles. Par exemple, les adultes C. elegans ont tous le même nombre de cellules, et on connaît cellule par cellule tout le procédé de formation du corps depuis l'embryon jusqu'à l'animal adulte ! De la même façon, toutes les études sur le développement ont commencé chez la drosophile. Les souris, quant à elles, sont extraordinairement resistantes à la cosanguinité. Il existe ainsi des lignées congéniques de souris partageant exactement le même génome (ce qui constitue un business assez lucratif pour les sociétés fournissant de telles souris). L'intérêt expérimental est énorme : cela signifie qu'on peut étudier avec précision l'effet d'une mutation dans un background génétique très bien contrôlé.

Cependant, il me semble que les organismes modèles ont en quelque sorte les inconvénients de leurs avantages. Par exemple, souris, drosophile et C. elegans sont en fait des espèces hautement singulières, avec en particulier des taux de mutations très élevés par rapport aux autres espèces. Les rongeurs en général ont un "rythme" de mutation trois fois plus élevé que les autres mammifères. On s'aperçoit aussi que les nématodes, après avoir été considérés comme des animaux très primitifs, sont en fait des animaux très évolués, ayant eux aussi muté très rapidement. La drosophile fait partie, à ma connaissance, des animaux les plus singuliers : certaines protéines, certains modes de développement, sont hautement dérivés et représentent des inventions très récentes dans l'évolution (les diptères en général sont par exemple beaucoup plus évolués que les abeilles ou les guêpes). Ce qui est particulièrement flagrant dans le cas de la mouche est que cet organisme a été en partie sélectionné pour son temps de développement rapide (pour l'anecdote, certains mille-pattes par exemple ont des temps de génération de plusieurs années) : or on s'aperçoit que ce développement rapide est évidemment hautement singulier d'un point de vue des mécanismes globaux de développement, et donc que ce critère de sélection des "organismes modèles" nous a en fait amenés à étudier des espèces très évoluées et donc pas forcément typiques. D'où le besoin aujourd'hui de s'intéreser à d'autres organismes que les organismes modèles, pour essayer de vraiment découvrir ce qui est général dans le vivant...

Avant de partir....

Un essai du Nature de demain à propos des relations actuelles entre physique et biologie - le titre est explicite : A clash of two cultures

In the past, biologists have been little concerned about whether their findings might achieve the status of a law. (...) Physical scientists, however, come from a different tradition — one in which the search for universal laws has taken high priority. Indeed, the success of physics has led many to conclude that such laws are the sine qua non of a proper science, and provide the meaning of what a 'fundamental explanation' is.

Peut-être que je devrais effectivement changer de métier ;)

La recherche, c'est génial...

Parfois, je me dis que j'aurais mieux fait de faire autre chose... Exemples en vrac :

• J'apprends dans cet article du monde que le CNRS reste attractif pour les étrangers. Vous noterez que tous les exemples concernent des chercheurs qui sont venus faire leur post-doc en France (post-doc qui ne sont que d'un renouvelables une fois... je reste perplexe devant cette durée extrêmement réduite pour certains domaines). Cela confirme ma petite constatation personnelle comme quoi il est bien plus facile de trouver un poste près de votre post-doc, et donc le manque de cohérence à laisser partir les jeunes chercheurs français (si on espère qu'ils rentrent). Précision : quasiment aucun professeur américain de ma connaissance n'a fait de post-doc à l'étranger; pour certains collègues post-doc new yorkais, la mobilité scientifique consiste à passer de NYU à Columbia (voire Princeton ou Rutgers, mais bon, à ce stade, c'est quasiment le Mexique). A propos d'expatriation, je vous signale ce sondage effectué par Pascal Riché sur le blog de superfrenchie.
  
• Plus je lis des articles de bio, plus je discute avec des professeurs biologistes, plus je me dis que la recherche scientifique consiste de plus en plus en production pure et simple de papiers (sans nécessairement de contenu scientifique pertinent). Après tout, comme disent les économistes, "tout n'est qu'incitation". On nous demande de publier, on publie quel que soit le contenu. C'est particulièrement flagrant dans mon domaine. Le pire est que si vous ne jouez pas le jeu, on vous le reproche : pourquoi s'embêter alors ? Publions mes amis, et surtout citons-nous, citons les autres, c'est bon pour l'indice d'impact ! Même en biologie moléculaire, des revues très prestigieuses publient des articles sans réel contenu scientifique intéressant : j'entends par là que faire des manips techniquement très lourdes et irreproductibles, c'est bien, mais le but du jeu est quand même au bout du compte de faire avancer la science. Combien de fois me suis-je dit en lisant un papier de Nature : so what ? Fait-on vraiment avancer la biologie lorsqu'on regarde les expressions simultanées de 1000 gènes dans un organisme ? Quel est le plan général ? Où va la recherche ? Le pire, c'est que tout concourt à ce que les choses empirent : personne n'a d'intérêt réel à ne pas publier pendant quelques années pour s'accorder le temps de la réflexion, pour essayer de réfléchir à de grandes questions. Il sera toujours plus facile de dépenser des millions pour faire et étudier telle ou telle construction ou enzyme plutôt que d'essayer de comprendre réellement ce qui se passe. Les physiciens n'auraient jamais compris la physique statistique en étudiant les interactions entre molécules, ou en simulant la dynamique de 10000 molécules individuelles : c'est pourtant la tendance lourde en biologie moléculaire actuellement. La seule façon de faire des choses profondes à mon avis est d'essayer de prendre du recul, de comprendre qu'il ne sert à rien d'avoir trop de données, et de réfléchir cinq minutes aux problèmes posés et à la façon de les résoudre.
• Parfois, vous faites des modèles un peu compliqués. Vous vous embêtez à être pédagogique : surtout pas d'équations, pas de gros mots compliqués, pas de graphique abscons, pas d'insistance sur la difficulté théorique rencontrée. Et un biologiste lit votre modèle et vous dit : j'ai tout compris à ton modèle, c'est donc qu'il est vraiment trop simple. De toutes façons, ton approche est vraiment trop naze : tu ferais mieux de prendre en compte les 30 pathways connus et les 150 ligands, ainsi que leur évolution temporelle ! Là je comprendrais quelque chose ! (sourire ironique du physicien théoricien qui a déjà bien du mal à comprendre parfois les systèmes à trois variables et qui se fait la réflexion exposée au deuxième point ci-dessus)

Je termine par un mea culpa auprès des lecteurs de mon blog : pikipoki expliquait récemment qu'un blog permettait d'évacuer son stress; aujourd'hui j'ai écrit ce billet pour en finir avec la sale journée que je viens de passer... Je pars demain donner une conférence. Le blog restera donc probablement léthargique quelques jours.

Geekeries du dimanche II

Dimanche, jour de détente et de tuning informatique :

• Je suis passé en debian testing. J'ai donc été "victime" de la guéguerre entre mozilla et debian autour de la sacro-sainte "debian policy", et mon beau renard de feu s'est transformé en charmante belette de glace...

• Les scientifiques partent souvent en conférence dans des endroits reculés au bout du monde. Evidemment, Internet est alors le seul lien avec le labo; les organisateurs de conférences l'ont bien compris et offrent en général le Wifi sur place. Problème : comment on fait quand on a en guise de portable une antiquité pré-wireless ? Solution : on s'achète un dongle Wifi USB (dans mon cas le ZyXEL G-202)! Tout irait pour le mieux dans le meilleur des mondes si les drivers de ces dongle existaient pour linux, ce qui n'est évidemment pas le cas. Heureusement, la solution tient en un mot : ndiswrapper. Ce module merveilleux vous permet de prendre le driver windows et de l'installer sur votre distribution favorite. Il m'a fallu hier seulement deux heures pour apprendre l'existence du module, l'installer correctement et faire marcher mon dongle USB tout neuf - ce qui constitue pour moi un exploit. Pour ceux que ça intéresse et de futurs visiteurs google, voici ce que j'ai fait :
• D'abord, installation de tous les outils debian pour le wireless (wireless tools et tous les trucs qui m'ont l'air un peu général et pratique pour le Wifi)
  
• Installation de ndiswrapper (avec synaptic) et des modules associées (ndiswrapper-utils) ainsi que des sources (importantes sources pour le module plus bas)
  
• Récupération des drivers windows sur le CD (dans un répertoire appelé "Driver" et contenant des fichiers du genre " WlanUZG.inf", il faut copier tout le répertoire en local)
• Dans ce répertoire nouvellement copié, lancer "ndiswrapper -i WlanUZG.inf"; ceci installe le driver sur la machine. Pour vérifier, lancer un petit "ndiswrapper -l" qui doit détecter votre driver nouvellement installé
• Ensuite, il faut charger le module ndiswrapper pour pouvoir détecter et utiliser votre dongle ("modprobe ndiswrapper"). Cela a l'air d'être l'étape délicate sous debian compte-tenu du nombre de messages sur les fora associés : le module ne s'installe pas correctement. Après 30 minutes de recherche, j'apprends qu'il faut les headers compatibles avec le kernel pour installer correctement les modules. Seulement, les headers de mon vieux kernel n'étaient plus disponibles sur les repository debian; qu'importe, j'installe un nouveau kernel avec les headers associés !
• ensuite, un simple "module-assistant auto-install ndiswrapper" et le tour est joué (merci à cette page tout de même !- n'oubliez pas d'installer module-assistant...)
• donc normalement, à ce stade, "modprobe ndiswrapper" doit détecter votre dongle (la led doit clignoter)
• Ensuite, wlan0 doit être détecté par votre ordi; utilisez votre logiciel en mode graphique préféré pour vous connecter au réseau Wifi de votre choix et rentrer les paramètres de connexion (dans mon cas network-admin...)
• Très fier de vous, vous pouvez alors la ramener sur votre blog en rédigeant un billet connecté sur le wireless du voisin (tout en vérifiant périodiquement que vous n'avez pas laissé le câble éthernet branché vu qu'il vous paraît impossible que cela ait si bien marché ;) ).
  

• Requêtes diverses :
• Une cup de farine pèse environ 120g; donc pour 250 g de farine, il faut un peu plus de deux cups. De la même façon, une cup de sucre pèse environ 200g. 360 °F représentent à peu près 180°C (température de cuisson de la plupart des gâteaux...).
• L'adresse du flx pour regarder les guignols sur Internet est : "
  mms://vipmms.canalplus.fr/canalplus/guignols_070201_a.wmv". Les chiffres à la fin correspondent à la date de diffusion 070201 signifie premier février 2007. Marche aussi pour d'autres émissions (par exemple "zapping" à la place de "guignols").
• Mon sondage en bas à droite n'a pas eu beaucoup de succès. Beaucoup se demandent donc qui est Dumbsky, auteur de commentaires assez originaux sur l'évolution. Dumbsky est une déformation du nom d'un des "papes" de l'Intelligent Design, William Dembski (et vous savez probablement ce que signifie "Dumb" en Anglais). Quant à la véritable identité de "Dumsky", elle reste un mystère pour nous tous (bien que je soupçonne l'un de mes amis du côté de Tokyo...). Sinon, j'ai mis un nouveau sondage à la suite des débats passionnés sur les algorithmes d'optimisation sur ce blog...
  
• Le Doc a terminé bibtex2html ! C'est ici !
• L'ultime Harry Potter sort le 21 Juillet ! Yeahhh !
• Vous savez peut-être que la fameuse Wii est en rupture de stock quasi-mondiale. Par curiosité (hum, hum...) je suis allé voir le Nintendo world de New York hier pour savoir où en était la production (par simple curiosité, hein !). Et bien le Nintendo World est alimenté en priorité et reçoit chaque matin 50 à 100 Wii toutes neuves (écoulées dans l'heure en général). Amusant, non ?

Voili voilou, assez de geekeries pour aujourd'hui, je vous laisse, j'ai peut-être du shopping à faire d'ici une heure...

Intelligent design : la France atteinte

On parle beaucoup de dangerosité des religions en ce moment sur certains blogs, particulièrement des nouvelles religions "scientistes". Heureusement (via Pierre Assouline), l'actualité vient nous rappeler que les religions plus traditionnelles aiment parfois à se livrer à des opérations de propagande "anti-scientifiques". Ainsi apprenons-nous qu'un bel ouvrage en couleur, s'appuyant sur le Coran et appelé "l'atlas de la création" a été envoyé à de nombreuses écoles françaises, visant à démontrer que « Les êtres vivants n'ont pas subi d'évolution, mais furent bien créés », dénonçant « l'imposture des évolutionnistes, leurs affirmations trompeuses ». On apprend également que Charles Darwin serait « la réelle source du terrorisme ». Hervé le Guyader explique plus loin que la stratégie de ce mouvement est bien plus insidieuse que la stratégie un peu bêta des ID américains : en effet, illustrations à l'appui, ce livre montre des exemples de convergence évolutive entre plusieurs espèces différentes, affirmant qu'ils représentent des specimens de la même espèce (voir par exemple http://www.fossilesvivants.com/). De plus, l'auteur du livre ne remet pas en cause l'âge de la Terre par exemple, mais simplement l'évolution. Très malin en effet...
Il faudrait réfuter point par point les arguments développés dans ces pavés, mais on y trouve de la littérature assez classique, du genre (source : http://www.harunyahya.com/fr/20questions01.php):

Même en laissant l'intelligence et la logique de côté, la probabilité de la formation d'elle-même d'une seule des millions de molécules composant la première cellule vivante, est démontrée scientifiquement inexistante. La théorie de l'évolution s'écroule donc dès sa première marche, incapable d'expliquer la formation de la première cellule vivante.

Argument assez classique, qui n'en est pas moins fallacieux, et a déjà été discuté sur ce blog ici et là.
Et comme le Figaro, je m'interroge sur la puissance financière de ces organisations : tapez "une invitation à la vérité" dans google, et vous tomberez sur les sites web associés, les livres en téléchargement libre, ces gens ont incontestablement des ressources. Vous trouverez également (comme par hasard) des liens vers les sites créationnistes américains. Compte-tenu de cette puissance financière, de cette référence un peu étrange au terrorisme, du ciblage des écoles françaises, je me lance dans cette hypothèse audacieuse : et si les créationnistes américains financeaient cette entreprise destinée à l'islam de France ? Il est par exemple frappant de constater lors de dîners en ville aux US à quel point les "émeutes" de l'automne 2005 ont frappé les esprits, et sont immédiatement associées aux musulmans (réflexe raciste...); cela ne m'étonnerait donc pas que nos amis ID aient eu l'idée de cibler spécifiquement l'islam de France.